132 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1253 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1253  lipoprotein signal peptide  100 
 
 		 273 aa  561  1.0000000000000001e-159  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.651554  normal  0.894371 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1173  polysaccharide deacetylase  88.89 
 
 		 276 aa  479  1e-134  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.741999  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1081  polysaccharide deacetylase  85.61 
 
 		 277 aa  468  1.0000000000000001e-131  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2067  polysaccharide deacetylase  72.13 
 
 		 291 aa  366  1e-100  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2063  polysaccharide deacetylase  70.21 
 
 		 283 aa  334  1e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1438  polysaccharide deacetylase  53.68 
 
 		 278 aa  286  2e-76  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.776491 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2784  polysaccharide deacetylase  51.87 
 
 		 293 aa  279  4e-74  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.863394  hitchhiker  0.00301468 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2080  putative polysaccharide deacetylase  57.76 
 
 		 271 aa  277  2e-73  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.569831 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1628  polysaccharide deacetylase  53.56 
 
 		 270 aa  276  2e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0331931  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5006  polysaccharide deacetylase  52.08 
 
 		 272 aa  272  4.0000000000000004e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1259  polysaccharide deacetylase  50.4 
 
 		 259 aa  268  5.9999999999999995e-71  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.226981  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1803  polysaccharide deacetylase  53.69 
 
 		 255 aa  268  8.999999999999999e-71  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000258009 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1105  polysaccharide deacetylase  51.37 
 
 		 278 aa  265  7e-70  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1185  polysaccharide deacetylase  50.59 
 
 		 279 aa  258  8e-68  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.471915 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3158  polysaccharide deacetylase  47.69 
 
 		 285 aa  247  1e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1449  polysaccharide deacetylase family sporulation protein PdaB  24.46 
 
 		 251 aa  60.5  0.00000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1847  polysaccharide deacetylase  25.23 
 
 		 286 aa  58.2  0.0000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1295  polysaccharide deacetylase  22.97 
 
 		 305 aa  57.8  0.0000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0475838  normal  0.758896 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2699  polysaccharide deacetylase  22.93 
 
 		 274 aa  57.8  0.0000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000565788  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4797  polysaccharide deacetylase  25 
 
 		 277 aa  56.2  0.0000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2787  polysaccharide deacetylase  26.76 
 
 		 404 aa  56.2  0.0000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2673  polysaccharide deacetylase  23.96 
 
 		 413 aa  55.8  0.0000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0653115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1411  polysaccharide deacetylase  33.33 
 
 		 375 aa  55.1  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1438  polysaccharide deacetylase  33.33 
 
 		 375 aa  55.1  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2943  polysaccharide deacetylase  33.33 
 
 		 375 aa  55.1  0.000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.567771  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2122  delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase  21.93 
 
 		 265 aa  54.3  0.000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1829  polysaccharide deacetylase  22.12 
 
 		 300 aa  54.7  0.000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000043926  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5401  polysaccharide deacetylase  24.35 
 
 		 413 aa  53.5  0.000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1836  polysaccharide deacetylase (nodulation protein NodB)  21.49 
 
 		 265 aa  53.5  0.000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0269701  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1402  polysaccharide deacetylase  32.41 
 
 		 375 aa  53.5  0.000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1557  acetylxylan esterase  26.11 
 
 		 275 aa  53.1  0.000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.956674  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0410  Delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase  25.63 
 
 		 260 aa  53.1  0.000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1497  polysaccharide deacetylase  26.11 
 
 		 275 aa  53.1  0.000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.507826  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1306  delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase  27.19 
 
 		 271 aa  52.8  0.000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3410  polysaccharide deacetylase  21.65 
 
 		 213 aa  51.6  0.00001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.76502  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3371  polysaccharide deacetylase  21.65 
 
 		 213 aa  51.6  0.00001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3321  polysaccharide deacetylase  21.65 
 
 		 213 aa  51.6  0.00001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3679  polysaccharide deacetylase  21.65 
 
 		 213 aa  51.6  0.00001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0652  polysaccharide deacetylase  22.27 
 
 		 302 aa  52  0.00001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.249248  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3726  putative polysaccharide deacetylase  21.21 
 
 		 220 aa  50.8  0.00002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.577927  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3629  putative polysaccharide deacetylase  22.41 
 
 		 241 aa  51.2  0.00002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.197208 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2047  polysaccharide deacetylase, putative  25.85 
 
 		 275 aa  50.4  0.00003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0303096  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1074  polysaccharide deacetylase  25.93 
 
 		 320 aa  50.4  0.00003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0121745  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1016  polysaccharide deacetylase  24.05 
 
 		 294 aa  50.4  0.00003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0950  polysaccharide deacetylase  35.06 
 
 		 331 aa  50.4  0.00003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.942837  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3369  polysaccharide deacetylase  24.74 
 
 		 259 aa  50.8  0.00003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.792887  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2798  polysaccharide deacetylase  22.27 
 
 		 321 aa  50.1  0.00004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.133593 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0564  polysaccharide deacetylase  34 
 
 		 424 aa  50.1  0.00004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0426  delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase  24.55 
 
 		 267 aa  50.1  0.00004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0411  polysaccharide deacetylase  26.05 
 
 		 260 aa  49.7  0.00005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0402  polysaccharide deacetylase  26.05 
 
 		 260 aa  49.7  0.00005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0398  polysaccharide deacetylase  26.05 
 
 		 260 aa  49.7  0.00005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0424  polysaccharide deacetylase  26.05 
 
 		 260 aa  49.7  0.00005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0538  polysaccharide deacetylase  23.85 
 
 		 323 aa  49.7  0.00005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0863369  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3304  sporulation polysaccharide deacetylase PdaB  20.94 
 
 		 241 aa  49.7  0.00005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3817  delta-lactam-biosynthetic de-N-acetylase  23.53 
 
 		 344 aa  49.3  0.00007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0327337  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1031  polysaccharide deacetylase  25.66 
 
 		 430 aa  49.3  0.00007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.90284  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1147  polysaccharide deacetylase  27.23 
 
 		 267 aa  48.9  0.00008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00801217  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24870  predicted xylanase/chitin deacetylase  29.2 
 
 		 503 aa  48.9  0.00009  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0292  polysaccharide deacetylase  25.83 
 
 		 317 aa  48.9  0.00009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.858762 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2769  polysaccharide deacetylase  24.09 
 
 		 273 aa  48.5  0.0001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.322155 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3637  polysaccharide deacetylase, putative  21.55 
 
 		 244 aa  48.1  0.0001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3051  polysaccharide deacetylase  21.89 
 
 		 264 aa  48.5  0.0001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1591  putative polysaccharide deacetylase  21.37 
 
 		 241 aa  48.5  0.0001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0184011 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl558  putative chitin deacetylase  24.17 
 
 		 247 aa  47.4  0.0002  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0810  polysaccharide deacetylase family protein  33.78 
 
 		 305 aa  47.8  0.0002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00210366  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3642  putative polysaccharide deacetylase  21.65 
 
 		 217 aa  48.1  0.0002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1842  putative polysaccharide deacetylase  23.01 
 
 		 234 aa  47.8  0.0002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1966  putative polysaccharide deacetylase  24.77 
 
 		 275 aa  48.1  0.0002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.060186  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4727  polysaccharide deacetylase  24.15 
 
 		 357 aa  47.8  0.0002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000111297  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2417  polysaccharide deacetylase  25.89 
 
 		 280 aa  47  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.108367  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3361  putative polysaccharide deacetylase  24.77 
 
 		 275 aa  47.4  0.0003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.342746  hitchhiker  0.00000000000000743733 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0787  polysaccharide deacetylase family protein  24.3 
 
 		 349 aa  46.6  0.0004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.29381  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1565  polysaccharide deacetylase  23.21 
 
 		 345 aa  46.2  0.0006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.869415  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0823  polysaccharide deacetylase family protein  32.43 
 
 		 305 aa  46.2  0.0006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000472378  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3002  polysaccharide deacetylase  24.12 
 
 		 354 aa  46.2  0.0006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.885061 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2266  sporulation polysaccharide deacetylase PdaB  22.51 
 
 		 241 aa  46.2  0.0006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.33444  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0930  polysaccharide deacetylase  24.3 
 
 		 246 aa  45.8  0.0007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1373  polysaccharide deacetylase  24.41 
 
 		 267 aa  45.8  0.0008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00379023 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2068  putative polysaccharide deacetylase  24.58 
 
 		 275 aa  45.8  0.0008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000383766  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_01940  predicted xylanase/chitin deacetylase  23.79 
 
 		 571 aa  45.4  0.0009  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000016994  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1821  polysaccharide deacetylase  24.58 
 
 		 275 aa  45.1  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1834  polysaccharide deacetylase  22.98 
 
 		 273 aa  45.1  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00000185073  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6465  polysaccharide deacetylase  24.54 
 
 		 219 aa  44.7  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1795  polysaccharide deacetylase  24.58 
 
 		 275 aa  45.1  0.001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.532229  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1808  polysaccharide deacetylase  22.98 
 
 		 273 aa  45.1  0.001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000183162  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1778  polysaccharide deacetylase  24.58 
 
 		 275 aa  45.1  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1791  polysaccharide deacetylase  22.98 
 
 		 273 aa  45.1  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000907429  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1187  polysaccharide deacetylase  22.82 
 
 		 292 aa  45.4  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.544878  normal  0.485519 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1961  polysaccharide deacetylase  24.58 
 
 		 275 aa  45.1  0.001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0210689  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1977  polysaccharide deacetylase  22.98 
 
 		 273 aa  45.1  0.001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.0000478204  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1069  polysaccharide deacetylase  20.52 
 
 		 247 aa  45.1  0.001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.364826  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1605  polysaccharide deacetylase  21.83 
 
 		 248 aa  45.4  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0764982  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0899  hypothetical protein  30.56 
 
 		 431 aa  45.1  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2298  polysaccharide deacetylase  23.56 
 
 		 372 aa  45.4  0.001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00169633  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1979  putative polysaccharide deacetylase  23.39 
 
 		 273 aa  45.4  0.001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.00191884  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3501  putative polysaccharide deacetylase  18.85 
 
 		 234 aa  45.1  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2012  putative polysaccharide deacetylase  22.98 
 
 		 273 aa  45.1  0.001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.46073e-43 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1541  polysaccharide deacetylase  26.46 
 
 		 280 aa  44.7  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0577624  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0336  polysaccharide deacetylase  28.29 
 
 		 284 aa  44.7  0.002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0292579 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>