77 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1124 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1124  hypothetical protein  100 
 
 		 304 aa  622  1e-177  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.539621  normal  0.236863 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1063  hypothetical protein  88.41 
 
 		 300 aa  520  1e-147  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.503202  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0967  hypothetical protein  85.86 
 
 		 300 aa  511  1e-144  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0496453 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1086  hypothetical protein  77.19 
 
 		 273 aa  416  9.999999999999999e-116  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1050  putative proteasome-type protease  80.08 
 
 		 268 aa  412  1e-114  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.663449  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2046  20S proteasome, A and B subunits  61.68 
 
 		 275 aa  347  2e-94  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1831  hypothetical protein  63.53 
 
 		 275 aa  340  1e-92  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1180  hypothetical protein  59.49 
 
 		 275 aa  340  1e-92  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.545681 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2843  hypothetical protein  61.57 
 
 		 275 aa  337  9.999999999999999e-92  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1430  hypothetical protein  58.37 
 
 		 292 aa  337  9.999999999999999e-92  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0766  hypothetical protein  67.22 
 
 		 290 aa  336  2.9999999999999997e-91  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.614419  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3590  20S proteasome A and B subunits  59.34 
 
 		 279 aa  335  5.999999999999999e-91  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.82671  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4446  hypothetical protein  66.8 
 
 		 290 aa  333  2e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3338  20S proteasome, A and B subunits  58.55 
 
 		 286 aa  333  2e-90  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.425483  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3913  20S proteasome, A and B subunits  61.2 
 
 		 276 aa  333  3e-90  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.027535 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2273  proteasome-type protease-like protein  55.9 
 
 		 352 aa  332  4e-90  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0927551 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1358  20S proteasome, A and B subunits  61.33 
 
 		 275 aa  332  7.000000000000001e-90  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.445636  normal  0.0520687 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1075  20S proteasome A and B subunits  59.93 
 
 		 275 aa  328  8e-89  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1155  20S proteasome, A and B subunits  59.93 
 
 		 275 aa  328  1.0000000000000001e-88  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.15814  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4514  hypothetical protein  63.28 
 
 		 300 aa  323  2e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.767293  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3874  20S proteasome A and B subunits  64.32 
 
 		 259 aa  318  7e-86  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0537  20S proteasome A and B subunits  54.01 
 
 		 242 aa  262  4e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.85615  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1310  20S proteasome, A and B subunits  49.2 
 
 		 267 aa  262  6e-69  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.415114  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0401  20S proteasome, A and B subunits  53.11 
 
 		 242 aa  261  1e-68  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3014  putative proteasome-type protease  50.84 
 
 		 244 aa  248  6e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.439553  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3577  20S proteasome A and B subunits  50.84 
 
 		 246 aa  248  6e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.852438  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0361  20S proteasome A and B subunits  50.41 
 
 		 245 aa  247  2e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1943  20S proteasome A and B subunits  49.59 
 
 		 247 aa  242  6e-63  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.65129 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3573  hypothetical protein  48.74 
 
 		 243 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3068  proteasome-type protease-like protein  48.75 
 
 		 240 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.308657  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3109  putative proteasome-type protease  49.17 
 
 		 240 aa  232  5e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2685  hypothetical protein  48.75 
 
 		 240 aa  232  6e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.292721  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42130  hypothetical protein  47.9 
 
 		 243 aa  229  4e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1017  hypothetical protein  45.45 
 
 		 266 aa  227  2e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2468  20S proteasome A and B subunits  47.35 
 
 		 248 aa  226  5.0000000000000005e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0887682  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5276  hypothetical protein  45.63 
 
 		 252 aa  226  5.0000000000000005e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.15873  normal  0.282799 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2237  putative proteasome-type protease  47.97 
 
 		 248 aa  223  3e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.345508 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2679  20S proteasome, A and B subunits  49.15 
 
 		 245 aa  223  3e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.123152  normal  0.904057 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1224  20S proteasome A and B subunits  40.34 
 
 		 275 aa  223  4e-57  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.295708  normal  0.716192 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3219  putative proteasome-type protease  47.76 
 
 		 248 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.262147  normal  0.565732 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3163  putative proteasome-type protease  46.12 
 
 		 269 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0527067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3790  20S proteasome A and B subunits  43.85 
 
 		 256 aa  219  5e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.596089 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3245  putative proteasome-type protease  45.96 
 
 		 261 aa  219  6e-56  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.716596  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0772  20S proteasome, A and B subunits  45.42 
 
 		 241 aa  218  1e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.546228  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2055  hypothetical protein  41.22 
 
 		 254 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0009  20S proteasome, A and B subunits  46.38 
 
 		 243 aa  216  5e-55  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.645692 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2117  20S proteasome, A and B subunits  45.83 
 
 		 244 aa  215  7e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.434254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3527  20S proteasome A and B subunits  47.11 
 
 		 245 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.175971  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1674  20S proteasome A and B subunits  43.09 
 
 		 281 aa  212  5.999999999999999e-54  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2564  putative proteasome-type protease  42.98 
 
 		 255 aa  212  7.999999999999999e-54  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3542  hypothetical protein  42.98 
 
 		 255 aa  212  7.999999999999999e-54  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1255  20S proteasome A and B subunits  42.68 
 
 		 255 aa  211  9e-54  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2903  hypothetical protein  42.39 
 
 		 256 aa  203  3e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2521  20S proteasome, A and B subunits  42.39 
 
 		 256 aa  203  3e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0305  20S proteasome, A and B subunits  44.92 
 
 		 250 aa  202  5e-51  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1812  20S proteasome, A and B subunits  45 
 
 		 243 aa  202  6e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.407746  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2772  20S proteasome, A and B subunits  44.27 
 
 		 254 aa  200  1.9999999999999998e-50  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1035  putative proteasome-type protease  42.48 
 
 		 264 aa  201  1.9999999999999998e-50  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.375974 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2491  putative proteasome-type protease  43.85 
 
 		 248 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.400547  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2172  20S proteasome A and B subunits  43.44 
 
 		 248 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2215  putative proteasome-type protease  43.85 
 
 		 248 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.026686  normal  0.29725 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6767  putative proteasome-type protease  41.8 
 
 		 250 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0826  20S proteasome, A and B subunits  46.12 
 
 		 252 aa  197  3e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.260877  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0581  putative proteasome-type protease  41.63 
 
 		 250 aa  193  2e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.124248  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7514  putative proteasome-type protease  40.98 
 
 		 250 aa  194  2e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.183506  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3432  20S proteasome A and B subunits  40.56 
 
 		 249 aa  190  2e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.182468  normal  0.0168143 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1564  20S proteasome, A and B subunits  41.84 
 
 		 241 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.268421  normal  0.265667 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2420  hypothetical protein  40.59 
 
 		 241 aa  178  8e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.546429  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1081  20S proteasome, A and B subunits  40.59 
 
 		 241 aa  178  8e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3877  hypothetical protein  38.37 
 
 		 241 aa  177  1e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.119044 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2086  hypothetical protein  41.9 
 
 		 258 aa  176  4e-43  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00000418459  hitchhiker  0.00675376 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1405  20S proteasome, A and B subunits  40.73 
 
 		 260 aa  172  7.999999999999999e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.372118 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3460  proteasome-type protease  32.76 
 
 		 243 aa  122  8e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0153952 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0411  proteasome-type protease  28.74 
 
 		 240 aa  114  3e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.101447  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2600  proteasome-type protease  29.92 
 
 		 251 aa  108  9.000000000000001e-23  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2854  putative proteasome-type protease  28.57 
 
 		 245 aa  99.8  5e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0195772  normal  0.483271 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2747  Acyl-CoA dehydrogenase-like  28.26 
 
 		 427 aa  43.5  0.005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000477643  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>