31 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc0960 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc1942  hypothetical protein  84.29 
 
 
746 aa  1263    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.382764 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0960  hypothetical protein  100 
 
 
746 aa  1567    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.721372  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03018  hypothetical protein  85.42 
 
 
753 aa  1293    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.426915 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5511  hypothetical protein  32.12 
 
 
783 aa  170  7e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.333676  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3219  putative transmembrane protein  32.04 
 
 
731 aa  169  1e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00404503 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3370  putative transmembrane protein  32.51 
 
 
770 aa  157  8e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5208  putative transmembrane protein  31.77 
 
 
770 aa  155  2e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.764838  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3648  hypothetical protein  34.49 
 
 
805 aa  154  8.999999999999999e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3324  hypothetical protein  34.43 
 
 
797 aa  151  4e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1687  putative ribonuclease G and E  30.73 
 
 
740 aa  145  2e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.696506  normal  0.229543 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2743  hypothetical protein  35.32 
 
 
674 aa  143  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.762938  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02463  hypothetical protein  34.59 
 
 
715 aa  136  1.9999999999999998e-30  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03643  hypothetical protein  32.03 
 
 
714 aa  135  3e-30  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03200  hypothetical protein  30.71 
 
 
716 aa  134  5e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00162132  hitchhiker  0.00000000000240943 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1929  putative ribonuclease G and E  31.61 
 
 
774 aa  133  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.384162  normal  0.037347 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2253  hypothetical protein  31.09 
 
 
774 aa  132  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1250  hypothetical protein  30.16 
 
 
716 aa  131  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.800386  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4081  hypothetical protein  33.86 
 
 
680 aa  125  3e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.659789  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4519  hypothetical protein  29.24 
 
 
729 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0090  hypothetical protein  29.56 
 
 
728 aa  118  3.9999999999999997e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3226  hypothetical protein  29.56 
 
 
728 aa  118  3.9999999999999997e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1614  hypothetical protein  29.2 
 
 
746 aa  117  6e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0128  hypothetical protein  28.42 
 
 
746 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0205  hypothetical protein  28.42 
 
 
728 aa  112  3e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0144673  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0101  Type V secretory pathway, adhesin AidA  28.42 
 
 
746 aa  112  3e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1584  hypothetical protein  28.68 
 
 
728 aa  111  4.0000000000000004e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.287315  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00395  hypothetical protein  62.35 
 
 
455 aa  109  2e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0399379  normal  0.95262 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5055  hypothetical protein  32.8 
 
 
674 aa  108  5e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05223  hypothetical protein  62.35 
 
 
347 aa  107  8e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02459  hypothetical protein  28.32 
 
 
734 aa  106  2e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03639  hypothetical protein  27.87 
 
 
733 aa  104  5e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>