168 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc0912 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0853  tetratricopeptide repeat protein  92.24 
 
 
424 aa  798    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.585626 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0912  tetratricopeptide repeat protein  100 
 
 
425 aa  858    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0782  tetratricopeptide repeat protein  92 
 
 
424 aa  798    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0709697 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0725  tetratricopeptide repeat protein  69.21 
 
 
409 aa  571  1.0000000000000001e-162  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0176529  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2566  tetratricopeptide repeat protein  68.42 
 
 
407 aa  558  1e-158  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4163  tetratricopeptide repeat protein  55.9 
 
 
390 aa  471  1.0000000000000001e-131  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2998  tetratricopeptide repeat protein  56.53 
 
 
391 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0827469  hitchhiker  0.0038903 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0985  tetratricopeptide repeat protein  56.06 
 
 
391 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0571  tetratricopeptide repeat protein  55.66 
 
 
390 aa  461  1e-129  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1050  tetratricopeptide repeat protein  55.66 
 
 
390 aa  461  1e-129  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1009  tetratricopeptide repeat protein  55.9 
 
 
390 aa  463  1e-129  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0748562  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0749  tetratricopeptide repeat protein  55.11 
 
 
391 aa  458  9.999999999999999e-129  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0880031  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0424  tetratricopeptide repeat protein  56.63 
 
 
389 aa  455  1e-127  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.393015  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2990  tetratricopeptide repeat protein  56.63 
 
 
389 aa  455  1e-127  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2568  tetratricopeptide repeat protein  56.63 
 
 
389 aa  455  1e-127  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0943  tetratricopeptide repeat protein  56.63 
 
 
389 aa  455  1e-127  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2879  tetratricopeptide repeat protein  56.63 
 
 
389 aa  456  1e-127  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.223768  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2942  tetratricopeptide repeat protein  56.63 
 
 
389 aa  455  1e-127  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0205  tetratricopeptide repeat protein  56.63 
 
 
389 aa  455  1e-127  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2254  tetratricopeptide repeat protein  55.9 
 
 
390 aa  456  1e-127  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0926  tetratricopeptide repeat protein  54.94 
 
 
390 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.168968  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0930  tetratricopeptide repeat protein  54.7 
 
 
390 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.583178  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1641  tetratricopeptide repeat protein  56.39 
 
 
389 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1306  tetratricopeptide repeat protein  47.52 
 
 
403 aa  386  1e-106  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.250179  hitchhiker  0.00000292633 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1283  tetratricopeptide repeat protein  49.04 
 
 
390 aa  382  1e-105  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.95391  normal  0.767339 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0502  tetratricopeptide repeat protein  47.52 
 
 
403 aa  377  1e-103  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.914976  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3032  tetratricopeptide repeat protein  47.95 
 
 
391 aa  352  8e-96  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.362688  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0924  tetratricopeptide repeat protein  41.35 
 
 
387 aa  333  2e-90  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.262727  normal  0.450296 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1068  tetratricopeptide repeat protein  41.35 
 
 
387 aa  333  2e-90  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.26691  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0959  tetratricopeptide repeat protein  42.89 
 
 
394 aa  328  1.0000000000000001e-88  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.214004  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4727  tetratricopeptide repeat protein  37.65 
 
 
391 aa  265  8e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.841453  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1563  tetratricopeptide repeat protein  39.05 
 
 
385 aa  265  2e-69  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2472  tetratricopeptide repeat protein  40.28 
 
 
385 aa  263  4e-69  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.251188  normal  0.3368 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1388  tetratricopeptide repeat protein  40.52 
 
 
385 aa  263  6e-69  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0712872  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0967  tetratricopeptide repeat protein  39.38 
 
 
384 aa  259  5.0000000000000005e-68  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0934  tetratricopeptide repeat protein  39.9 
 
 
389 aa  256  5e-67  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1786  tetratricopeptide repeat protein  38.52 
 
 
381 aa  248  1e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00420165 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3288  tetratricopeptide repeat protein  37.01 
 
 
385 aa  245  9e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.190691  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2247  tetratricopeptide repeat protein  35.48 
 
 
389 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0560  tetratricopeptide repeat protein  36.63 
 
 
389 aa  242  7.999999999999999e-63  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.143452  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2799  tetratricopeptide repeat protein  37.32 
 
 
381 aa  240  2.9999999999999997e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000578522 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0644  tetratricopeptide repeat protein  36.34 
 
 
388 aa  240  2.9999999999999997e-62  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000132586  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1611  tetratricopeptide repeat protein  38.03 
 
 
392 aa  239  8e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1533  tetratricopeptide repeat protein  36.34 
 
 
389 aa  238  1e-61  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3911  tetratricopeptide repeat protein  38.9 
 
 
385 aa  233  5e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0297232 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00894  tetratricopeptide repeat protein  35.46 
 
 
392 aa  232  8.000000000000001e-60  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0775107  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1537  tetratricopeptide repeat protein  35.52 
 
 
392 aa  231  2e-59  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1594  tetratricopeptide repeat protein  35.28 
 
 
392 aa  229  5e-59  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.632242  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0185  tetratricopeptide repeat protein  36.59 
 
 
387 aa  229  8e-59  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.340896  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1546  TPR repeat-containing protein  34.53 
 
 
397 aa  228  2e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.153552  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1378  tetratricopeptide repeat protein  30.41 
 
 
389 aa  222  9.999999999999999e-57  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1374  tetratricopeptide repeat protein  30.41 
 
 
389 aa  221  9.999999999999999e-57  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1502  tetratricopeptide repeat protein  32.45 
 
 
389 aa  221  1.9999999999999999e-56  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000018122  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2188  tetratricopeptide repeat protein  32.84 
 
 
389 aa  220  3.9999999999999997e-56  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000146225  hitchhiker  0.0000569887 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01257  hypothetical protein  31.86 
 
 
389 aa  217  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000160117  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2367  Tetratricopeptide domain protein  31.86 
 
 
389 aa  217  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  0.00000000000000651113  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1508  tetratricopeptide repeat protein  31.86 
 
 
389 aa  217  2.9999999999999998e-55  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.00000000376435  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2346  tetratricopeptide repeat protein  31.86 
 
 
389 aa  217  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.000000129079  unclonable  0.0000000238916 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1914  tetratricopeptide repeat protein  31.86 
 
 
389 aa  217  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  hitchhiker  3.47203e-22 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01268  hypothetical protein  31.86 
 
 
390 aa  217  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000197215  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1849  tetratricopeptide repeat protein  31.86 
 
 
389 aa  217  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000245858  unclonable  5.61509e-21 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1649  tetratricopeptide repeat protein  36.41 
 
 
392 aa  217  2.9999999999999998e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.165991  normal  0.0903087 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1391  tetratricopeptide repeat protein  31.86 
 
 
389 aa  217  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  4.935719999999999e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1482  tetratricopeptide repeat protein  31.86 
 
 
389 aa  217  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000455068  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02857  tetratricopeptide repeat protein  31.63 
 
 
391 aa  212  1e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3010  tetratricopeptide repeat protein  30.98 
 
 
390 aa  211  2e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00816471  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003023  putative heat shock protein  31.11 
 
 
373 aa  207  2e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000120972  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1441  tetratricopeptide repeat protein  32.11 
 
 
389 aa  206  4e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000153911  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1622  tetratricopeptide repeat protein  32.11 
 
 
389 aa  206  4e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000649442  decreased coverage  2.66656e-22 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1832  tetratricopeptide repeat protein  32.11 
 
 
389 aa  206  4e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00100254  unclonable  2.05101e-30 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1837  tetratricopeptide repeat protein  32.11 
 
 
389 aa  206  4e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000022719  hitchhiker  0.000343343 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1895  tetratricopeptide repeat protein  32.11 
 
 
389 aa  206  5e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.000228715  hitchhiker  4.98218e-17 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2154  tetratricopeptide repeat protein  34.37 
 
 
394 aa  206  6e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00078802  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2338  tetratricopeptide repeat protein  27.87 
 
 
389 aa  202  9.999999999999999e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00445466  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2367  tetratricopeptide repeat protein  30.88 
 
 
389 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000126783  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2399  tetratricopeptide repeat protein  31.82 
 
 
386 aa  200  3e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1927  tetratricopeptide repeat protein  32.3 
 
 
386 aa  201  3e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000214151  unclonable  0.0000000000455272 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2224  tetratricopeptide repeat protein  30.7 
 
 
389 aa  201  3e-50  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.0000811789  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2076  tetratricopeptide repeat protein  29.23 
 
 
386 aa  199  7.999999999999999e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000100726  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2051  tetratricopeptide repeat protein  31.65 
 
 
386 aa  199  1.0000000000000001e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000458235  unclonable  0.0000309501 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2295  tetratricopeptide repeat protein  29.23 
 
 
386 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000258427  unclonable  0.000000000117137 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1980  tetratricopeptide repeat protein  32.06 
 
 
386 aa  198  2.0000000000000003e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000007627  unclonable  0.0000000000727651 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2039  tetratricopeptide repeat protein  32.47 
 
 
386 aa  198  2.0000000000000003e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000051  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1739  tetratricopeptide repeat protein  31.08 
 
 
386 aa  197  3e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000105333  hitchhiker  0.00275334 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2641  tetratricopeptide repeat protein  29.9 
 
 
389 aa  196  9e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000590844  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02118  tetratricopeptide repeat protein  30.75 
 
 
389 aa  194  2e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000128021  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2650  tetratricopeptide repeat protein  29.9 
 
 
389 aa  193  6e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000000174406  unclonable  0.0000000582873 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2069  tetratricopeptide repeat protein  30.86 
 
 
386 aa  191  2e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000265574  unclonable  0.00000000000285968 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2314  tetratricopeptide repeat protein  28.74 
 
 
386 aa  191  2e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000283744  hitchhiker  0.000000379293 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1957  tetratricopeptide repeat protein  29.9 
 
 
386 aa  191  2e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000379744  hitchhiker  0.0000558993 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2393  tetratricopeptide repeat protein  30.86 
 
 
386 aa  191  2e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000487508  unclonable  0.0000114116 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2234  tetratricopeptide repeat protein  30.34 
 
 
389 aa  191  2e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000215898  hitchhiker  0.00382092 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2120  tetratricopeptide repeat protein  30.14 
 
 
386 aa  191  2.9999999999999997e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000410522  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2276  tetratricopeptide repeat protein  30.86 
 
 
386 aa  191  2.9999999999999997e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000164995  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1915  tetratricopeptide repeat protein  30.34 
 
 
389 aa  190  4e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000481977  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2026  tetratricopeptide repeat protein  30.34 
 
 
389 aa  190  4e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000487285  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2073  tetratricopeptide repeat protein  30.62 
 
 
386 aa  189  1e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000000729266  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1756  tetratricopeptide repeat protein  30.14 
 
 
386 aa  187  3e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000020151  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3221  TPR repeat-containing protein  28.05 
 
 
392 aa  185  1.0000000000000001e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0588004  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1735  tetratricopeptide repeat protein  28.68 
 
 
389 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000233751  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>