239 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc0664 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc0664  lipoprotein  100 
 
 
199 aa  407  1e-113  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.742041 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0555  LemA family protein  91.92 
 
 
208 aa  364  1e-100  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.556411  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0607  LemA family protein  91.41 
 
 
208 aa  363  1e-100  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2626  hypothetical protein  84.02 
 
 
208 aa  332  3e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0665  hypothetical protein  82.14 
 
 
200 aa  330  6e-90  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.510927  normal  0.615683 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3402  hypothetical protein  70.1 
 
 
203 aa  283  8e-76  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4544  LemA family protein  68.39 
 
 
210 aa  277  9e-74  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.171752  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0331  hypothetical protein  67.51 
 
 
201 aa  272  2.0000000000000002e-72  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.355285 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0311  LemA family protein  70.47 
 
 
201 aa  271  3e-72  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.206877  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0316  LemA family protein  70.47 
 
 
201 aa  272  3e-72  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.529151 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5307  LemA family protein  67.19 
 
 
207 aa  270  9e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.271744  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1695  LemA family protein  67.19 
 
 
207 aa  270  9e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.392231  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0381  LemA family protein  73.6 
 
 
244 aa  269  2e-71  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1333  hypothetical protein  66.49 
 
 
210 aa  268  4e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.58782  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3956  hypothetical protein  66.49 
 
 
202 aa  268  5e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.992492  normal  0.709907 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3714  hypothetical protein  66.49 
 
 
204 aa  268  5e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.774184  normal  0.302719 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0145  LemA protein  71.91 
 
 
201 aa  265  2.9999999999999995e-70  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0551887  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0415  hypothetical protein  65.1 
 
 
197 aa  264  5e-70  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.852272  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2519  LemA family protein  66.5 
 
 
212 aa  262  2e-69  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4853  LemA family protein  70.62 
 
 
200 aa  262  2e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300038  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1074  LemA family protein  66.32 
 
 
204 aa  263  2e-69  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6689  hypothetical protein  64.95 
 
 
203 aa  261  4.999999999999999e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00582649  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1721  hypothetical protein  64.43 
 
 
244 aa  259  1e-68  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.920503 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0425  LemA family protein  67.36 
 
 
195 aa  260  1e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1190  hypothetical protein  63.92 
 
 
201 aa  259  2e-68  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0102  hypothetical protein  70.22 
 
 
210 aa  259  2e-68  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.95764  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1761  LemA family protein  68.75 
 
 
204 aa  259  3e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.105862  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2119  hypothetical protein  67.04 
 
 
197 aa  258  4e-68  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6198  hypothetical protein  68.21 
 
 
218 aa  256  2e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2694  LemA family protein  67.8 
 
 
203 aa  256  2e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3370  LemA family protein  67.98 
 
 
224 aa  255  3e-67  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0508  LemA family protein  67.98 
 
 
224 aa  255  3e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3040  LemA family protein  67.98 
 
 
224 aa  255  3e-67  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2052  LemA family protein  67.98 
 
 
224 aa  255  3e-67  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0326  hypothetical protein  67.98 
 
 
224 aa  255  3e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.458639  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2232  LemA family protein  67.98 
 
 
224 aa  255  3e-67  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0313  hypothetical protein  67.98 
 
 
226 aa  255  4e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0259  LemA family protein  71.26 
 
 
199 aa  254  7e-67  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.954507  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0284  LemA family protein  67.42 
 
 
222 aa  253  1.0000000000000001e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0971623  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2046  LemA family protein  61.03 
 
 
220 aa  253  1.0000000000000001e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.279862  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1902  hypothetical protein  62.37 
 
 
206 aa  252  2.0000000000000002e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.519616 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3391  LemA family protein  66.67 
 
 
220 aa  252  3e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.066637  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0598  LemA family protein  61.31 
 
 
203 aa  251  6e-66  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0640  hypothetical protein  66.29 
 
 
202 aa  246  1e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04653  LemA family protein  65.26 
 
 
212 aa  246  1e-64  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0176024  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1511  LemA family protein  65.73 
 
 
204 aa  246  2e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.69896  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06990  hypothetical protein  65.73 
 
 
202 aa  244  6.999999999999999e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1289  hypothetical protein  58.25 
 
 
208 aa  235  3e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0311306  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0658  LemA family protein  64.04 
 
 
206 aa  235  3e-61  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.14267  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0453  hypothetical protein  57.5 
 
 
210 aa  234  9e-61  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0409  LemA family protein  57.5 
 
 
210 aa  233  1.0000000000000001e-60  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00662835 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1371  hypothetical protein  59.28 
 
 
194 aa  219  1.9999999999999999e-56  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000117075  hitchhiker  0.000133503 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3226  hypothetical protein  55.22 
 
 
208 aa  217  1e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.969393  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1822  hypothetical protein  56.06 
 
 
207 aa  213  9.999999999999999e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1754  hypothetical protein  56.06 
 
 
207 aa  213  9.999999999999999e-55  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2032  LemA family protein  58.66 
 
 
194 aa  210  1e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1081  LemA family protein  55.05 
 
 
207 aa  209  1e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.88944  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1824  LemA family protein  53.27 
 
 
198 aa  209  2e-53  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0438485  normal  0.915056 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1794  LemA family protein  55.15 
 
 
194 aa  206  1e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0347089 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0552  LemA family protein  53.37 
 
 
194 aa  207  1e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000777562  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1256  LemA family protein  57.06 
 
 
194 aa  204  9e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0145592  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1477  LemA family protein  59.89 
 
 
194 aa  203  1e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2276  hypothetical protein  58.89 
 
 
194 aa  204  1e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  1.23375e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2423  LemA family protein  57.3 
 
 
194 aa  200  9.999999999999999e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.903049  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2027  LemA family protein  50.75 
 
 
195 aa  198  5e-50  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.90664  normal  0.597952 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0912  LemA family protein  58.15 
 
 
193 aa  196  2.0000000000000003e-49  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0916  LemA family protein  58.15 
 
 
193 aa  196  3e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.440516  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1298  hypothetical protein  58.76 
 
 
202 aa  195  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0324719  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1774  LemA family protein  53.48 
 
 
201 aa  194  6e-49  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.119013  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3482  LemA family protein  52.26 
 
 
201 aa  194  9e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.399994 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0924  LemA family protein  57.07 
 
 
193 aa  191  5e-48  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.278173 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1229  LemA family protein  54.21 
 
 
215 aa  191  5e-48  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0161129 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1669  LemA family protein  53.44 
 
 
208 aa  191  6e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.39054  normal  0.0232057 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0867  hypothetical protein  61.49 
 
 
194 aa  189  2e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2297  LemA family protein  54.5 
 
 
211 aa  189  2e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0145217 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1982  LemA family protein  55.5 
 
 
211 aa  189  2e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.400761 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0955  LemA family protein  48.02 
 
 
202 aa  189  2.9999999999999997e-47  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2020  LemA family protein  54.5 
 
 
211 aa  189  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0896  LemA family protein  47.96 
 
 
214 aa  189  2.9999999999999997e-47  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.652606  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3704  LemA protein  50.26 
 
 
192 aa  186  1e-46  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0429675 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3454  LemA family protein  51.81 
 
 
197 aa  186  2e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.23113  normal  0.0915562 
 
 
-
 
NC_002950  PG0360  hypothetical protein  55.75 
 
 
196 aa  186  2e-46  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.193957 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47030  Conserved hypothetical protein, LemA family  55.56 
 
 
204 aa  186  2e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3602  LemA family protein  50.26 
 
 
217 aa  184  6e-46  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0879  hypothetical protein  51.3 
 
 
208 aa  184  7e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0238242  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0991  hypothetical protein  55.49 
 
 
200 aa  183  1.0000000000000001e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.658235  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2022  LemA family protein  58.1 
 
 
195 aa  182  2.0000000000000003e-45  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.0000000112346  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2159  LemA family protein  48.72 
 
 
197 aa  182  3e-45  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1822  LemA family protein  55.31 
 
 
200 aa  180  1e-44  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.29832  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4746  LemA family protein  51.02 
 
 
214 aa  179  2.9999999999999997e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0585872 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0413  LemA family protein  55.31 
 
 
198 aa  177  5.999999999999999e-44  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1403  LemA family protein  52.2 
 
 
196 aa  177  1e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2912  LemA family protein  51.37 
 
 
200 aa  177  1e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000943638  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1221  LemA family protein  50.75 
 
 
211 aa  176  2e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.357314  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0811  hypothetical protein  52.28 
 
 
210 aa  176  2e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3874  LemA family protein  48.97 
 
 
211 aa  176  2e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.14771 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4336  LemA family protein  49.21 
 
 
193 aa  173  9.999999999999999e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.54593 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6372  LemA family protein  49.24 
 
 
246 aa  173  9.999999999999999e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00757602  normal  0.786314 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0393  LemA family protein  50.52 
 
 
217 aa  173  1.9999999999999998e-42  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.329178  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0012  LemA family protein  49.48 
 
 
212 aa  172  1.9999999999999998e-42  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.417656  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>