60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc0460 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc0460  hypothetical protein  100 
 
 
203 aa  396  1e-109  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0335  Sterol-binding domain protein  83.33 
 
 
220 aa  306  1.0000000000000001e-82  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0350  Sterol-binding domain protein  81.86 
 
 
220 aa  301  6.000000000000001e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.502099 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0373  hypothetical protein  58 
 
 
223 aa  209  3e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.443261 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0433  hypothetical protein  56.25 
 
 
222 aa  195  5.000000000000001e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0376  sterol-binding domain-containing protein  44.1 
 
 
214 aa  150  1e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.340906 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6057  hypothetical protein  42.33 
 
 
208 aa  145  4.0000000000000006e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2757  sterol-binding domain-containing protein  42.33 
 
 
208 aa  145  5e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2730  hypothetical protein  42.33 
 
 
208 aa  145  5e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.722232  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2118  hypothetical protein  42.33 
 
 
208 aa  145  5e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.935864  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2781  hypothetical protein  41.8 
 
 
208 aa  143  1e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0569  hypothetical protein  41.8 
 
 
208 aa  142  2e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.441194  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0685  hypothetical protein  41.84 
 
 
215 aa  142  4e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4048  hypothetical protein  41.54 
 
 
214 aa  141  7e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.601005 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2400  hypothetical protein  41.33 
 
 
215 aa  141  8e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2758  hypothetical protein  41.33 
 
 
215 aa  141  8e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2320  hypothetical protein  41.33 
 
 
215 aa  141  8e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0847  hypothetical protein  41.33 
 
 
215 aa  141  8e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.221821  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2648  sterol-binding domain-containing protein  40.74 
 
 
208 aa  140  9e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.238877  normal  0.26532 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0651  Sterol-binding domain protein  42.35 
 
 
214 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.934133 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0669  hypothetical protein  41.33 
 
 
224 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0555  hypothetical protein  39.52 
 
 
215 aa  139  1.9999999999999998e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0217  hypothetical protein  40.96 
 
 
193 aa  117  9e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0989  hypothetical protein  34.05 
 
 
193 aa  104  8e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0697  hypothetical protein  34.64 
 
 
196 aa  101  8e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4116  hypothetical protein  30.65 
 
 
189 aa  87.8  1e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.804871  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1600  protein of unknown function DUF1243  27.75 
 
 
206 aa  82  0.000000000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1895  hypothetical protein  25.52 
 
 
206 aa  80.5  0.00000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.254922  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0060  Sterol-binding domain protein  31.05 
 
 
207 aa  63.5  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2344  hypothetical protein  33.02 
 
 
202 aa  59.7  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0783  hypothetical protein  37.21 
 
 
231 aa  58.2  0.00000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.505535  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5459  hypothetical protein  32.85 
 
 
212 aa  58.2  0.00000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.681544  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0862  hypothetical protein  32.03 
 
 
201 aa  57  0.0000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0289469 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0869  hypothetical protein  35.17 
 
 
192 aa  55.1  0.0000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.781426  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0798  hypothetical protein  36.05 
 
 
192 aa  54.7  0.0000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3642  hypothetical protein  35.94 
 
 
196 aa  54.7  0.000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.24777  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4127  hypothetical protein  32.06 
 
 
190 aa  54.3  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0349237  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1320  hypothetical protein  35.48 
 
 
197 aa  53.5  0.000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0185513  hitchhiker  0.00829075 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1066  hypothetical protein  34.72 
 
 
196 aa  52.8  0.000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.567648 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1099  sterol-binding domain-containing protein  30.05 
 
 
215 aa  52.8  0.000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1191  hypothetical protein  30.73 
 
 
215 aa  52.8  0.000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2431  hypothetical protein  32.04 
 
 
207 aa  51.2  0.00001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4210  hypothetical protein  23.83 
 
 
213 aa  50.8  0.00001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1293  hypothetical protein  31.82 
 
 
184 aa  50.4  0.00002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.219058  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3374  hypothetical protein  22.51 
 
 
207 aa  48.1  0.00008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.581541  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02770  hypothetical protein  29.41 
 
 
214 aa  47.8  0.0001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.763471  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1206  hypothetical protein  28.87 
 
 
192 aa  47.8  0.0001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00563  hypothetical protein  26.6 
 
 
211 aa  47.4  0.0002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0460  hypothetical protein  28.99 
 
 
206 aa  47  0.0002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0386  hypothetical protein  29.69 
 
 
207 aa  46.6  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.778532  normal  0.105703 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45420  hypothetical protein  30.3 
 
 
207 aa  45.4  0.0006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.471069  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0526  sterol-binding domain-containing protein  22.93 
 
 
207 aa  43.9  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001926  hypothetical protein  26.79 
 
 
211 aa  44.7  0.001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4097  hypothetical protein  23 
 
 
207 aa  43.5  0.002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0070  hypothetical protein  29.59 
 
 
209 aa  43.5  0.002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4886  hypothetical protein  26.67 
 
 
207 aa  42.7  0.004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.8199 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5012  hypothetical protein  26.67 
 
 
207 aa  42.7  0.004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.57602  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0322  hypothetical protein  24.27 
 
 
210 aa  42  0.006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0388  hypothetical protein  26.02 
 
 
207 aa  42  0.006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0453  sterol-binding domain-containing protein  25.51 
 
 
207 aa  41.6  0.007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.663917  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>