89 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc0431 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc0431  hypothetical protein  100 
 
 
323 aa  646    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.691434  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2681  acyltransferase-like protein  81.27 
 
 
324 aa  475  1e-133  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.640182  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2814  acyltransferase-like protein  81.27 
 
 
324 aa  473  1e-132  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.296791  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6092  acyltransferase-like  78.09 
 
 
327 aa  471  1e-132  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0436764  normal  0.372543 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2148  acyltransferase-like  77.47 
 
 
327 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.109876  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2762  acyltransferase-like protein  77.47 
 
 
327 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00399604  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0307  hypothetical protein  70.9 
 
 
320 aa  426  1e-118  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0319  lipid A biosynthesis acyltransferase  70.28 
 
 
320 aa  410  1e-113  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.362183  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3931  hypothetical protein  63.17 
 
 
323 aa  407  1.0000000000000001e-112  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.959639  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1376  lipid A biosynthesis acyltransferase  59.61 
 
 
326 aa  375  1e-103  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.227614  hitchhiker  0.00151708 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2748  putative lauroyl/myristoyl acyltransferase involved in LPS biosynthesis  61.95 
 
 
310 aa  363  2e-99  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.252016  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3299  putative lauroyl/myristoyl acyltransferase involved in LPS biosynthesis  58.68 
 
 
334 aa  359  4e-98  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.921474  normal  0.662751 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4175  putative lauroyl/myristoyl acyltransferase involved in LPS biosynthesis  57.38 
 
 
301 aa  347  2e-94  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0943  lipid A biosynthesis acyltransferase  51.18 
 
 
306 aa  334  1e-90  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0917  hypothetical protein  57.91 
 
 
315 aa  332  6e-90  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0800  hypothetical protein  51.93 
 
 
282 aa  323  3e-87  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0066  lipid A biosynthesis acyltransferase  52.36 
 
 
314 aa  301  1e-80  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3989  lipid A biosynthesis acyltransferase  51.01 
 
 
304 aa  300  2e-80  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1320  hypothetical protein  52.51 
 
 
321 aa  296  4e-79  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.605124  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2672  hypothetical protein  44.98 
 
 
332 aa  233  5e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.258257  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0478  lipid A biosynthesis acyltransferase  41.22 
 
 
299 aa  230  2e-59  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2067  acyltransferase  39.81 
 
 
326 aa  207  2e-52  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03733  xanthomonadin biosynthesis acyltransferase  38.82 
 
 
324 aa  207  2e-52  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1990  acyltransferase  39.18 
 
 
326 aa  204  1e-51  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.186271  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0895  glycosyl transferase family protein  35.51 
 
 
572 aa  168  1e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.661363  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2098  putative glycosyl transferase  29.49 
 
 
563 aa  168  1e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2753  glycosyl transferase, group 2 family protein  33.98 
 
 
324 aa  159  5e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.602528  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004069  acyltransferase  28.85 
 
 
568 aa  156  5.0000000000000005e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4383  lipid A biosynthesis acyltransferase  31.91 
 
 
343 aa  154  1e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0399697  normal  0.120258 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0434  hypothetical protein  31.51 
 
 
315 aa  151  1e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.037729  normal  0.512971 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3059  glycosyl transferase family 2  34.92 
 
 
575 aa  149  8e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.158212  normal  0.489966 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3603  glycosyl transferase family protein  32.89 
 
 
568 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0347  glycosyl transferase family protein  31.58 
 
 
606 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4078  glycosyl transferase family protein  32.89 
 
 
568 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.724186  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3384  glycosyl transferase, group 2 family protein  31.61 
 
 
552 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS00785  hypothetical protein  31.76 
 
 
567 aa  146  4.0000000000000006e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0932  hypothetical protein  35.25 
 
 
575 aa  146  5e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3689  glycosyl transferase family 2  32.34 
 
 
573 aa  145  9e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.329039 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4766  glycosyl transferase family 2  32.34 
 
 
573 aa  145  9e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4373  glycosyl transferase, group 2 family protein  29.97 
 
 
594 aa  145  1e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0345  glycosyl transferase family 2  30.74 
 
 
623 aa  143  4e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00259601 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0335  glycosyl transferase family protein  29.7 
 
 
619 aa  143  5e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0336  glycosyl transferase family protein  29.97 
 
 
606 aa  142  7e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0345  glycosyl transferase family protein  29.66 
 
 
610 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3681  glycosyl transferase family protein  29.17 
 
 
610 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3893  glycosyl transferase family protein  31.12 
 
 
585 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0342  glycosyl transferase family protein  29.7 
 
 
619 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0337  glycosyl transferase family protein  30.1 
 
 
619 aa  139  6e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0441  glycosyl transferase family protein  30.6 
 
 
629 aa  138  1e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0695  glycosyl transferase family protein  31.74 
 
 
593 aa  137  2e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.26589  normal  0.841638 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3516  glycosyl transferase family protein  31.76 
 
 
572 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0320  glycosyl transferase family protein  30.1 
 
 
567 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00187922 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4574  glycosyl transferase family 2  30.99 
 
 
571 aa  135  9.999999999999999e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0432  hypothetical protein  29.81 
 
 
315 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4601  glycosyl transferase family protein  31.1 
 
 
567 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00228674 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5098  hypothetical protein  29.58 
 
 
315 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4806  glycosyl transferase, family 2  29.71 
 
 
558 aa  130  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.705565  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3918  lipid A biosynthesis acyltransferase  32.68 
 
 
313 aa  129  5.0000000000000004e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2122  acyltransferase  31.85 
 
 
298 aa  123  4e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.946895  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1857  lipid A biosynthesis acyltransferase  29.33 
 
 
296 aa  120  3e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3891  glycosyl transferase family protein  26.92 
 
 
563 aa  116  3.9999999999999997e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.845308 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2177  glycosyl transferase, group 2 family protein  27.24 
 
 
536 aa  114  2.0000000000000002e-24  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.000219359  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0549  lipid A biosynthesis acyltransferase  27.81 
 
 
299 aa  103  3e-21  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.3206  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0972  glycosyl transferase, group 2 family protein  24.01 
 
 
535 aa  103  4e-21  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000724117  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1104  lipid A biosynthesis acyltransferase  28.22 
 
 
292 aa  103  5e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1995  lipid A biosynthesis acyltransferase  29.74 
 
 
288 aa  101  2e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.834184  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0117  acyltransferase  25.17 
 
 
306 aa  100  2e-20  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000125573  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03895  hypothetical protein  25 
 
 
290 aa  97.4  3e-19  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0243  hypothetical protein  27.91 
 
 
299 aa  89.4  8e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.185931  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0435  lipid A biosynthesis acyltransferase  21.14 
 
 
320 aa  87  4e-16  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.646584  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2207  lipid A biosynthesis acyltransferase  28.62 
 
 
302 aa  80.1  0.00000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3613  lipid A biosynthesis acyltransferase  27.18 
 
 
300 aa  79.7  0.00000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0922  lipid A biosynthesis acyltransferase  25.4 
 
 
300 aa  75.9  0.0000000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2099  lipid A biosynthesis acyltransferase  20.36 
 
 
287 aa  69.7  0.00000000006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1688  hypothetical protein  24.65 
 
 
297 aa  68.6  0.0000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.426385  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2652  acyltransferase  26.97 
 
 
303 aa  61.6  0.00000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1414  lipid A biosynthesis acyltransferase  28.57 
 
 
314 aa  60.1  0.00000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0185573  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0306  lipid A biosynthesis acyltransferase  26.78 
 
 
298 aa  59.7  0.00000006  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000601508  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0207  lipid A biosynthesis acyltransferase  29.22 
 
 
331 aa  57.8  0.0000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000206716 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0768  lipid A biosynthesis acyltransferase  25 
 
 
303 aa  54.7  0.000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.922594  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0183  lipid A biosynthesis acyltransferase  27.21 
 
 
305 aa  53.1  0.000006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0365  lipid A biosynthesis acyltransferase  26.26 
 
 
291 aa  52  0.00001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0338088 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3419  lipid A biosynthesis lauroyl acyltransferase  26.32 
 
 
342 aa  50.1  0.00005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000119507  hitchhiker  0.000028719 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2101  lipid A biosynthesis acyltransferase  25.69 
 
 
304 aa  45.8  0.001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00461081  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0224  lipid A biosynthesis acyltransferase  25.51 
 
 
331 aa  44.3  0.003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3056  lipid A biosynthesis acyltransferase  23.79 
 
 
315 aa  43.5  0.005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.605153 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0079  lipid A biosynthesis acyltransferase  25.52 
 
 
293 aa  42.7  0.008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0319084 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0661  lipid A biosynthesis acyltransferase  29.46 
 
 
282 aa  42.7  0.009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0888578  hitchhiker  0.00380684 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0347  lipid A biosynthesis acyltransferase  23.92 
 
 
298 aa  42.4  0.01  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>