62 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc0411 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc0411  hypothetical protein  100 
 
 		 210 aa  430  1e-120  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00714649 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0293  protein of unknown function DUF1239  90 
 
 		 210 aa  400  9.999999999999999e-111  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0266  protein of unknown function DUF1239  89.52 
 
 		 210 aa  399  9.999999999999999e-111  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0306  hypothetical protein  64.43 
 
 		 208 aa  246  3e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0358  hypothetical protein  62.87 
 
 		 208 aa  234  6e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0599  protein of unknown function DUF1239  48.45 
 
 		 202 aa  189  2e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0385161 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4119  hypothetical protein  47.94 
 
 		 202 aa  188  5e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0329  hypothetical protein  48.9 
 
 		 197 aa  186  2e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.433143  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0527  hypothetical protein  46.99 
 
 		 204 aa  177  8e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.959289  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2848  hypothetical protein  47.54 
 
 		 204 aa  176  2e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2706  hypothetical protein  46.45 
 
 		 204 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.039659 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0600  hypothetical protein  49.18 
 
 		 204 aa  167  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.402593  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0584  hypothetical protein  49.18 
 
 		 204 aa  167  1e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0768  hypothetical protein  49.18 
 
 		 204 aa  167  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0489  hypothetical protein  49.18 
 
 		 204 aa  166  2e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.196545  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2799  hypothetical protein  48.55 
 
 		 204 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.289626 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2174  hypothetical protein  48.55 
 
 		 204 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2788  hypothetical protein  48.55 
 
 		 204 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.34645  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3104  hypothetical protein  48.63 
 
 		 204 aa  165  4e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2945  hypothetical protein  48.63 
 
 		 204 aa  165  4e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6118  hypothetical protein  46.89 
 
 		 204 aa  165  4e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1517  hypothetical protein  48.63 
 
 		 204 aa  165  4e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0073  hypothetical protein  48.63 
 
 		 204 aa  165  4e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1909  hypothetical protein  38.61 
 
 		 213 aa  157  9e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1614  protein of unknown function DUF1239  40.31 
 
 		 213 aa  154  9e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3488  protein of unknown function DUF1239  31.69 
 
 		 206 aa  90.9  1e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4130  hypothetical protein  31.69 
 
 		 206 aa  90.5  1e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3807  putative transmembrane protein  32.82 
 
 		 233 aa  87.4  2e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.184987 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0139  hypothetical protein  28.26 
 
 		 229 aa  82.8  0.000000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4235  hypothetical protein  29.19 
 
 		 201 aa  82.8  0.000000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.165546  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4896  hypothetical protein  30 
 
 		 236 aa  81.3  0.000000000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0185409  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5292  protein of unknown function DUF1239  31 
 
 		 211 aa  78.2  0.00000000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3420  hypothetical protein  26.49 
 
 		 193 aa  77.8  0.0000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000640178  normal  0.555707 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0152  hypothetical protein  28.95 
 
 		 205 aa  77  0.0000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4783  hypothetical protein  30.6 
 
 		 205 aa  74.3  0.000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4106  hypothetical protein  28.88 
 
 		 237 aa  73.6  0.000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.147691 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0087  hypothetical protein  32.87 
 
 		 190 aa  73.2  0.000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.102868  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6049  hypothetical protein  26.34 
 
 		 205 aa  65.1  0.0000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.426907  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0184  hypothetical protein  28.92 
 
 		 231 aa  61.6  0.000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3665  hypothetical protein  25.13 
 
 		 186 aa  61.6  0.000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000851381  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0710  protein of unknown function DUF1239  25.13 
 
 		 186 aa  61.6  0.000000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.673101  normal  0.0194673 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0689  hypothetical protein  25.13 
 
 		 186 aa  61.6  0.000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0070869  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0719  hypothetical protein  25.13 
 
 		 186 aa  61.2  0.00000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.268308 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3958  hypothetical protein  26.99 
 
 		 186 aa  58.5  0.00000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0729  hypothetical protein  25.68 
 
 		 185 aa  55.5  0.0000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.294859 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0718  hypothetical protein  26.67 
 
 		 186 aa  55.5  0.0000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.388737  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0675  hypothetical protein  25.77 
 
 		 186 aa  53.9  0.000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.271395  normal  0.100125 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2790  hypothetical protein  31.82 
 
 		 183 aa  53.1  0.000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0132705  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0676  hypothetical protein  25.15 
 
 		 186 aa  52.8  0.000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0807822  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3346  hypothetical protein  25.15 
 
 		 186 aa  52.8  0.000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0369087  normal  0.248011 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3613  hypothetical protein  22.58 
 
 		 185 aa  52  0.000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.261264  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0759  hypothetical protein  28.57 
 
 		 189 aa  48.5  0.00007  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.855152  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2106  hypothetical protein  25.13 
 
 		 185 aa  47.4  0.0002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3176  hypothetical protein  26.62 
 
 		 196 aa  45.1  0.0008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4237  hypothetical protein  24.49 
 
 		 185 aa  45.1  0.0009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.830949  hitchhiker  0.000311603 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0673  hypothetical protein  27.04 
 
 		 189 aa  44.3  0.001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2227  hypothetical protein  20.54 
 
 		 192 aa  44.7  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1204  hypothetical protein  25.13 
 
 		 195 aa  44.3  0.001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0761  hypothetical protein  25.13 
 
 		 195 aa  44.3  0.001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2123  hypothetical protein  24.14 
 
 		 187 aa  43.5  0.002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3308  hypothetical protein  22.04 
 
 		 185 aa  43.1  0.003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00258939  normal  0.764228 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02230  hypothetical protein  23.94 
 
 		 191 aa  41.6  0.008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.83811  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>