255 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc0398 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc0398  hypothetical protein  100 
 
 		 642 aa  1278    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000413464  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0280  Tetratricopeptide domain protein  84.19 
 
 		 645 aa  1097    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0253  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  83.72 
 
 		 645 aa  1092    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0292  hypothetical protein  54.41 
 
 		 635 aa  634  1e-180  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0345  TPR repeat-containing protein  57.35 
 
 		 616 aa  623  1e-177  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.856106  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2810  TPR repeat-containing protein  42.18 
 
 		 607 aa  432  1e-120  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2185  tetratricopeptide TPR_2  42.02 
 
 		 607 aa  431  1e-119  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2799  TPR repeat-containing protein  42.02 
 
 		 607 aa  431  1e-119  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.414914  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0318  TPR repeat-containing protein  44.42 
 
 		 613 aa  427  1e-118  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0135252  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2717  TPR repeat-containing protein  41.86 
 
 		 607 aa  429  1e-118  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0254637  normal  0.13639 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6129  TPR repeat-containing protein  42.25 
 
 		 607 aa  428  1e-118  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00611296  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0516  TPR repeat-containing protein  43.13 
 
 		 607 aa  427  1e-118  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.199101  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2859  TPR repeat-containing protein  41.86 
 
 		 607 aa  429  1e-118  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.504005  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4130  hypothetical protein  44.13 
 
 		 613 aa  415  1e-114  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.533551  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0588  TPR repeat-containing protein  43.59 
 
 		 613 aa  411  1e-113  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.498138  decreased coverage  0.00128079 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3116  TPR domain-containing protein  43.09 
 
 		 606 aa  405  1e-111  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.56398  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0757  hypothetical protein  43.09 
 
 		 606 aa  405  1e-111  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1506  TPR domain-containing protein  43.09 
 
 		 606 aa  405  1e-111  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000406366  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0478  TPR domain-containing protein  42.07 
 
 		 606 aa  405  1e-111  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0084  TPR domain-containing protein  43.09 
 
 		 606 aa  405  1e-111  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0573  TPR repeat-containing protein  43.09 
 
 		 606 aa  405  1e-111  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.054966  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0589  TPR repeat-containing protein  43.09 
 
 		 606 aa  405  1e-111  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0397506  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2934  TPR domain-containing protein  43.09 
 
 		 606 aa  405  1e-111  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.152208  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0681  tetratricopeptide TPR_2  36.92 
 
 		 562 aa  315  9.999999999999999e-85  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0586  hypothetical protein  35.01 
 
 		 573 aa  293  6e-78  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0384  TPR repeat-containing protein  36.41 
 
 		 592 aa  273  7e-72  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.315529  normal  0.0233306 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3624  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  36.09 
 
 		 571 aa  259  1e-67  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3727  TPR repeat-containing protein  33.46 
 
 		 572 aa  248  2e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.239991 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1657  tetratricopeptide TPR_4  33.33 
 
 		 587 aa  241  2.9999999999999997e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0902  tetratricopeptide domain-containing protein  32.9 
 
 		 625 aa  239  1e-61  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.285036  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3232  hypothetical protein  35.13 
 
 		 609 aa  239  1e-61  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0129967  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0511  TPR repeat-containing protein  31.31 
 
 		 581 aa  238  3e-61  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4342  Tetratricopeptide domain protein  32.85 
 
 		 616 aa  238  3e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118826  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1296  tetratricopeptide TPR_4  33.21 
 
 		 594 aa  228  3e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.251517 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3495  tetratricopeptide TPR_4  32.39 
 
 		 620 aa  225  2e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000742446 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0898  TPR repeat-containing protein  32.43 
 
 		 599 aa  222  1.9999999999999999e-56  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0827  TPR repeat-containing protein  32.37 
 
 		 574 aa  221  3e-56  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0963387  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3607  TPR repeat-containing protein  32.44 
 
 		 584 aa  219  7.999999999999999e-56  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.277474 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0954  TPR repeat-containing protein  31.89 
 
 		 595 aa  219  1e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5430  tetratricopeptide TPR_4  30.44 
 
 		 595 aa  212  2e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61720  hypothetical protein  31.51 
 
 		 590 aa  205  2e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.541036  decreased coverage  0.00206868 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5316  hypothetical protein  31.33 
 
 		 575 aa  202  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.348635  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2382  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  31.71 
 
 		 553 aa  199  2.0000000000000003e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.407653 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2762  TPR domain protein  31.71 
 
 		 603 aa  199  2.0000000000000003e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1107  TPR domain protein  29.23 
 
 		 575 aa  192  2e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0947  TPR repeat-containing protein  29.52 
 
 		 556 aa  187  6e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0524  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  32.14 
 
 		 574 aa  186  1.0000000000000001e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4750  hypothetical protein  28.41 
 
 		 574 aa  185  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.447535  normal  0.153995 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1058  TPR repeat-containing protein  28.99 
 
 		 575 aa  183  8.000000000000001e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.364915  normal  0.506531 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0725  TPR domain-containing protein  29.89 
 
 		 573 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.883173  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41490  hypothetical protein  31.33 
 
 		 520 aa  177  4e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.510625  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0759  TPR repeat-containing protein  29.72 
 
 		 573 aa  176  9e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.449417  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0769  TPR repeat-containing protein  28.83 
 
 		 573 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4458  TPR repeat-containing protein  28.62 
 
 		 573 aa  173  7.999999999999999e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0280  tetratricopeptide TPR_4  29.34 
 
 		 584 aa  172  2e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2362  TPR repeat-containing protein  27.07 
 
 		 585 aa  166  8e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1053  TPR domain-containing protein  28.6 
 
 		 586 aa  164  4.0000000000000004e-39  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.038306  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0342  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  28.7 
 
 		 582 aa  163  1e-38  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.351016 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3253  TPR domain-containing protein  26.55 
 
 		 591 aa  157  5.0000000000000005e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000563369  normal  0.0756352 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2210  hypothetical protein  28.75 
 
 		 559 aa  132  1.0000000000000001e-29  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0162146  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0723  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  30.12 
 
 		 564 aa  133  1.0000000000000001e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.686717  normal  0.618233 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04546  tetratricopeptide repeat family  28.13 
 
 		 551 aa  132  2.0000000000000002e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2121  TPR repeat-containing protein  28.83 
 
 		 559 aa  132  2.0000000000000002e-29  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.0000963892  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1623  outer membrane lipoprotein LolB  47.22 
 
 		 495 aa  130  6e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.84859  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1918  outer membrane lipoprotein LolB  44.44 
 
 		 494 aa  120  4.9999999999999996e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0992  TPR repeat-containing protein  37.91 
 
 		 464 aa  118  3e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.37346  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1165  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  23.33 
 
 		 574 aa  110  7.000000000000001e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.96712  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3601  TPR repeat-containing protein  25.77 
 
 		 603 aa  107  6e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.36082  normal  0.484683 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1527  tetratricopeptide TPR_4  38.07 
 
 		 619 aa  102  2e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.80343  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0074  TPR repeat-containing protein  25.92 
 
 		 567 aa  100  7e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635622 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0712  tetratricopeptide TPR_2  26.52 
 
 		 677 aa  95.9  2e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4107  TPR repeat-containing protein  43.97 
 
 		 552 aa  94.7  4e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0942  hypothetical protein  31.44 
 
 		 619 aa  94  8e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2594  TPR repeat-containing protein  28.57 
 
 		 617 aa  93.2  1e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.390942 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3217  tetratricopeptide TPR_2  30.05 
 
 		 593 aa  93.2  1e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.7268  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0817  TPR repeat-containing protein  24.76 
 
 		 594 aa  93.6  1e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.02661  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1212  tetratricopeptide TPR_2  35 
 
 		 592 aa  92.4  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1085  TPR repeat-containing protein  30.94 
 
 		 592 aa  92  3e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1230  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  35.1 
 
 		 594 aa  91.3  6e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1444  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  25.5 
 
 		 581 aa  90.5  8e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0231382  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0457  TPR repeat-containing protein  31.82 
 
 		 607 aa  90.1  1e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.559359 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0478  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  26.47 
 
 		 599 aa  88.6  3e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0259982 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0720  TPR repeat-containing protein  31.03 
 
 		 595 aa  87.8  6e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.537549  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2475  peptidoglycan-binding LysM  31.18 
 
 		 632 aa  86.3  0.000000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00625277  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0424  TPR repeat-containing protein  31.02 
 
 		 642 aa  86.7  0.000000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0264  TPR repeat-containing protein  30.65 
 
 		 599 aa  85.9  0.000000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.907544  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4357  tetratricopeptide TPR_2  35.88 
 
 		 593 aa  85.5  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0312227  normal  0.0147446 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2347  hypothetical protein  36.3 
 
 		 583 aa  84.7  0.000000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.396725  normal  0.172568 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2098  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  24.55 
 
 		 566 aa  84.3  0.000000000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000120088  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0402  TPR domain-containing protein  35.76 
 
 		 621 aa  84  0.000000000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0411  TPR domain-containing protein  35.76 
 
 		 621 aa  84  0.000000000000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0673088  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0857  TPR repeat-containing protein  25.36 
 
 		 572 aa  84  0.000000000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.6877  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0522  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  34.17 
 
 		 610 aa  82.4  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.133163  normal  0.433558 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0856  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  31.71 
 
 		 563 aa  82.4  0.00000000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000292509  normal  0.491449 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0391  TPR repeat-containing protein  35.94 
 
 		 606 aa  82  0.00000000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000447314  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0336  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  22.56 
 
 		 557 aa  81.6  0.00000000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000572448  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3074  TPR domain protein  35.38 
 
 		 584 aa  80.9  0.00000000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.83813  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0425  TPR repeat-containing protein  34.48 
 
 		 566 aa  80.9  0.00000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1778  TPR domain-containing protein  34.48 
 
 		 425 aa  80.9  0.00000000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.128909  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0566  TPR repeat-containing protein  38.89 
 
 		 610 aa  80.9  0.00000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>