53 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc0361 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc0361  hypothetical protein  100 
 
 
171 aa  348  2e-95  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.782574 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0313  transmembrane protein  56.55 
 
 
169 aa  183  8e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0260  hypothetical protein  54.97 
 
 
171 aa  155  2e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.749428 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6177  integral membrane protein-like  47.95 
 
 
174 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0543  hypothetical protein  45.21 
 
 
157 aa  128  3e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.229816  normal  0.930595 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2903  integral membrane protein-like protein  47.26 
 
 
174 aa  127  7.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2765  integral membrane protein-like protein  47.26 
 
 
161 aa  127  7.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3198  hypothetical protein  45.4 
 
 
171 aa  126  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0671  hypothetical protein  45.4 
 
 
171 aa  126  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.286215  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0275  hypothetical protein  49.29 
 
 
164 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.172549  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0455  integral membrane protein-like protein  45.89 
 
 
198 aa  125  2.0000000000000002e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0425  hypothetical protein  45.4 
 
 
171 aa  126  2.0000000000000002e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2848  hypothetical protein  47.95 
 
 
158 aa  125  3e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4172  hypothetical protein  45.21 
 
 
157 aa  125  3e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0506  hypothetical protein  47.95 
 
 
158 aa  125  3e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.8491  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0488  hypothetical protein  47.95 
 
 
158 aa  125  3e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1421  hypothetical protein  47.95 
 
 
152 aa  125  3e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0171  hypothetical protein  47.95 
 
 
158 aa  125  3e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2859  integral membrane protein-like protein  45.89 
 
 
161 aa  124  6e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.804583 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2234  integral membrane protein-like  45.89 
 
 
174 aa  124  7e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.288425  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2848  integral membrane protein-like protein  45.89 
 
 
174 aa  124  7e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1244  putative transmembrane protein  44.53 
 
 
166 aa  113  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.82251  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4393  putative transmembrane protein  42.03 
 
 
158 aa  107  6e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.427837  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3182  putative integral membrane protein  42.75 
 
 
190 aa  103  1e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.521889 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3596  putative transmembrane protein  33.55 
 
 
185 aa  84.3  7e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1625  hypothetical protein  32.26 
 
 
142 aa  83.6  0.000000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0877  putative transmembrane protein  38.52 
 
 
164 aa  82.4  0.000000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0111  hypothetical protein  35.42 
 
 
247 aa  73.2  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.135393  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0236  hypothetical protein  63.93 
 
 
60 aa  72.4  0.000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0147111 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0136  hypothetical protein  35.42 
 
 
253 aa  72  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1592  hypothetical protein  36.09 
 
 
264 aa  68.9  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.37459  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0324  transmembrane protein  34.09 
 
 
161 aa  64.7  0.0000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0115837 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3048  hypothetical protein  27.97 
 
 
158 aa  58.5  0.00000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.00000000244651  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3569  hypothetical protein  29.3 
 
 
168 aa  58.5  0.00000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.971012  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0338  hypothetical protein  31.82 
 
 
166 aa  56.2  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0878  hypothetical protein  27.63 
 
 
159 aa  55.1  0.0000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1631  hypothetical protein  33.33 
 
 
179 aa  54.7  0.0000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.691994  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4757  hypothetical protein  27.52 
 
 
178 aa  51.2  0.000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0595527  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3290  hypothetical protein  28.57 
 
 
169 aa  49.7  0.00002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0117613 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0204  hypothetical protein  31.97 
 
 
174 aa  48.9  0.00003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.646726  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5049  hypothetical protein  32.17 
 
 
158 aa  47  0.0001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.223835 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2384  hypothetical protein  25.95 
 
 
173 aa  47  0.0001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.426403  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3107  hypothetical protein  28.06 
 
 
182 aa  47  0.0001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3568  hypothetical protein  32.33 
 
 
161 aa  46.2  0.0002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0345  putative membrane protein of unknown function  32.2 
 
 
171 aa  45.4  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0747418  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0200  hypothetical protein  29.93 
 
 
176 aa  45.8  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0438  hypothetical protein  31.93 
 
 
171 aa  44.3  0.0008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.92859 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4248  hypothetical protein  25.17 
 
 
167 aa  43.5  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.598118 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0161  hypothetical protein  26.97 
 
 
174 aa  43.9  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0382  hypothetical protein  28 
 
 
171 aa  43.5  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3440  conserved hypothetical conserved membrane protein  29.92 
 
 
164 aa  42  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0663  integral membrane protein-like protein  26.32 
 
 
169 aa  42  0.004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.262552  normal  0.082047 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1248  hypothetical protein  26.32 
 
 
170 aa  40.8  0.01  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.611123  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>