119 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc0326 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc0326  hypothetical protein  100 
 
 
97 aa  201  2e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0224  hypothetical protein  73 
 
 
102 aa  150  5e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0182  hypothetical protein  73.74 
 
 
99 aa  150  7e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0188  hypothetical protein  72.73 
 
 
99 aa  148  3e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0239865  normal  0.49594 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0281  hypothetical protein  79.31 
 
 
101 aa  145  1.0000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0500  protein of unknown function DUF493  72.62 
 
 
89 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0729827 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0213  hypothetical protein  65.91 
 
 
89 aa  122  1e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4879  protein of unknown function DUF493  58.65 
 
 
104 aa  121  3e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0413  hypothetical protein  62.79 
 
 
102 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.327313  normal  0.0225093 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0295  protein of unknown function DUF493  59.55 
 
 
98 aa  114  3e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.883661  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0245  hypothetical protein  55 
 
 
103 aa  114  6e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0382  hypothetical protein  60.47 
 
 
102 aa  113  6.9999999999999995e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0364  hypothetical protein  60.92 
 
 
103 aa  113  6.9999999999999995e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.395304 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2276  hypothetical protein  61.18 
 
 
102 aa  113  8.999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2891  hypothetical protein  61.18 
 
 
102 aa  113  8.999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.436457  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2901  hypothetical protein  61.18 
 
 
102 aa  113  8.999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.968413  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6234  hypothetical protein  61.18 
 
 
102 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.276957 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0300  hypothetical protein  58.43 
 
 
98 aa  112  1.0000000000000001e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00414202 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2941  hypothetical protein  61.18 
 
 
102 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4239  hypothetical protein  64.37 
 
 
91 aa  112  2.0000000000000002e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2803  hypothetical protein  61.18 
 
 
102 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0056  hypothetical protein  59.3 
 
 
102 aa  111  4.0000000000000004e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0622  hypothetical protein  59.3 
 
 
102 aa  111  4.0000000000000004e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.534048  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0222  hypothetical protein  59.3 
 
 
102 aa  111  4.0000000000000004e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1371  hypothetical protein  59.3 
 
 
102 aa  111  4.0000000000000004e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0440  hypothetical protein  59.3 
 
 
102 aa  111  4.0000000000000004e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0460  hypothetical protein  59.3 
 
 
102 aa  111  4.0000000000000004e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.824675  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3190  hypothetical protein  59.3 
 
 
102 aa  111  4.0000000000000004e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4216  hypothetical protein  75.71 
 
 
70 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0412  hypothetical protein  60 
 
 
105 aa  109  1.0000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0268  hypothetical protein  55.95 
 
 
88 aa  108  3e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3936  hypothetical protein  61.36 
 
 
89 aa  108  3e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.224066  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0243  protein of unknown function DUF493  60 
 
 
94 aa  108  3e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1670  protein of unknown function DUF493  57.65 
 
 
88 aa  107  4.0000000000000004e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1963  hypothetical protein  57.65 
 
 
88 aa  107  5e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0316  hypothetical protein  60 
 
 
107 aa  107  6e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.802626  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0472  hypothetical protein  54.84 
 
 
127 aa  106  1e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.439852  normal  0.58229 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2499  hypothetical protein  50 
 
 
97 aa  100  9e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0289  hypothetical protein  51.76 
 
 
89 aa  99.8  1e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.68869 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1265  protein of unknown function DUF493  49.41 
 
 
112 aa  89  2e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0383916  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1989  hypothetical protein  43.43 
 
 
109 aa  87.4  5e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1968  protein of unknown function DUF493  43.18 
 
 
89 aa  73.9  0.0000000000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2705  hypothetical protein  44.05 
 
 
87 aa  73.2  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1637  hypothetical protein  30.68 
 
 
94 aa  64.7  0.0000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00057154  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3793  hypothetical protein  35.48 
 
 
92 aa  63.9  0.0000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0107  hypothetical protein  35.71 
 
 
87 aa  63.5  0.0000000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1468  hypothetical protein  37.65 
 
 
87 aa  63.2  0.000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1515  hypothetical protein  37.65 
 
 
87 aa  63.2  0.000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1550  hypothetical protein  35.8 
 
 
98 aa  63.2  0.000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3336  hypothetical protein  35.23 
 
 
90 aa  62  0.000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000115113  normal  0.014798 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08440  hypothetical protein  34.04 
 
 
92 aa  60.1  0.000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.127353  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2409  hypothetical protein  35.23 
 
 
89 aa  58.9  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0469  hypothetical protein  35.37 
 
 
92 aa  58.9  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000304752  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12110  hypothetical protein  34.69 
 
 
93 aa  58.5  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2238  hypothetical protein  38.37 
 
 
95 aa  57.4  0.00000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.10031 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1111  hypothetical protein  33.67 
 
 
93 aa  56.6  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2953  hypothetical protein  35.37 
 
 
87 aa  55.8  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000897518  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1853  hypothetical protein  35.37 
 
 
87 aa  55.8  0.0000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000034763  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3025  hypothetical protein  35.37 
 
 
87 aa  55.8  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00091395  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01651  hypothetical protein  33.33 
 
 
87 aa  56.2  0.0000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000575262  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00600  hypothetical protein  35.37 
 
 
87 aa  55.1  0.0000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0652819  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2995  protein of unknown function DUF493  35.37 
 
 
87 aa  55.1  0.0000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000919555  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00589  hypothetical protein  35.37 
 
 
87 aa  55.1  0.0000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.067474  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2593  hypothetical protein  37.04 
 
 
88 aa  55.1  0.0000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00140819  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004226  UPF0250 protein  32.93 
 
 
92 aa  55.1  0.0000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000561053  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0719  hypothetical protein  35.37 
 
 
87 aa  55.1  0.0000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000310353  normal  0.764617 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01213  hypothetical protein  32.93 
 
 
92 aa  55.1  0.0000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0683  hypothetical protein  35.37 
 
 
87 aa  55.1  0.0000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  7.58222e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0656  hypothetical protein  35.37 
 
 
87 aa  55.1  0.0000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000367197  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3014  hypothetical protein  35.37 
 
 
87 aa  55.1  0.0000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00679596  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0651  hypothetical protein  35.37 
 
 
87 aa  55.1  0.0000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000000004684  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0620  hypothetical protein  35.37 
 
 
87 aa  55.1  0.0000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3028  hypothetical protein  28.57 
 
 
89 aa  54.7  0.0000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.991113  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1346  hypothetical protein  32.53 
 
 
87 aa  54.3  0.0000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.0000528768  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1409  hypothetical protein  32.53 
 
 
87 aa  54.3  0.0000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000623159  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1166  hypothetical protein  34.15 
 
 
87 aa  54.3  0.0000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.332478  normal  0.283703 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1197  hypothetical protein  34.15 
 
 
87 aa  53.9  0.0000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0692  hypothetical protein  34.15 
 
 
87 aa  53.5  0.0000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0108716  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0752  hypothetical protein  34.15 
 
 
87 aa  53.5  0.0000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0969467  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0796  hypothetical protein  34.15 
 
 
87 aa  53.5  0.0000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00125939  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0678  hypothetical protein  34.15 
 
 
87 aa  53.5  0.0000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000567812  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0738  hypothetical protein  34.15 
 
 
87 aa  53.5  0.0000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00130336  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1711  hypothetical protein  30.95 
 
 
87 aa  52.4  0.000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.654442  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0981  hypothetical protein  32.18 
 
 
89 aa  52  0.000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.35106  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2940  hypothetical protein  39.02 
 
 
88 aa  52  0.000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000039404  normal  0.0192635 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3154  hypothetical protein  33.33 
 
 
88 aa  52  0.000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000128266  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0178  hypothetical protein  36 
 
 
92 aa  51.6  0.000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1555  hypothetical protein  29.76 
 
 
87 aa  49.7  0.00001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000623107  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3490  hypothetical protein  35.71 
 
 
88 aa  50.1  0.00001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000408093 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3713  hypothetical protein  35.71 
 
 
88 aa  50.1  0.00001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000213543  hitchhiker  0.00129495 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0694  hypothetical protein  32.14 
 
 
88 aa  49.3  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1087  hypothetical protein  30.95 
 
 
88 aa  48.5  0.00003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000786654  hitchhiker  0.0000064685 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1578  hypothetical protein  40.85 
 
 
95 aa  48.5  0.00003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.979339  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0986  hypothetical protein  30.95 
 
 
88 aa  48.1  0.00003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000105204  normal  0.0165558 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1051  hypothetical protein  30.95 
 
 
88 aa  48.1  0.00003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000671726  hitchhiker  0.00478592 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0990  hypothetical protein  30.95 
 
 
88 aa  48.1  0.00003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000075069  normal  0.687839 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3280  hypothetical protein  30.95 
 
 
88 aa  48.5  0.00003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000870695  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3322  hypothetical protein  30.95 
 
 
88 aa  48.5  0.00003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000559481  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3458  hypothetical protein  30.95 
 
 
88 aa  48.5  0.00003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00375963  normal  0.0238202 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1088  hypothetical protein  36.59 
 
 
87 aa  48.5  0.00003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0973473  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>