157 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc0273 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc0273  putative 2-hydroxychromene-2-carboxylate isomerase protein  100 
 
 
201 aa  412  1e-114  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.723035  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0131  DSBA oxidoreductase  90.55 
 
 
201 aa  380  1e-105  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0123  DSBA oxidoreductase  91.04 
 
 
201 aa  382  1e-105  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.553572  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0141  DSBA oxidoreductase  72.5 
 
 
219 aa  320  9.999999999999999e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0109  DSBA oxidoreductase  70 
 
 
219 aa  309  2e-83  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0094  DSBA oxidoreductase  50.99 
 
 
201 aa  193  1e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0386897  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3362  putative 2-hydroxychromene-2-carboxylate isomerase protein  44.62 
 
 
202 aa  164  5.9999999999999996e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1944  DSBA oxidoreductase  43.22 
 
 
200 aa  158  4e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4223  DSBA oxidoreductase  43.43 
 
 
201 aa  157  9e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.285896 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0567  DSBA oxidoreductase  38.97 
 
 
199 aa  153  1e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1916  2-hydroxychromene-2-carboxylate isomerase  38.97 
 
 
199 aa  152  4e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2624  DSBA oxidoreductase  39.9 
 
 
197 aa  150  1e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.730832 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1459  DSBA oxidoreductase  38.1 
 
 
218 aa  138  4.999999999999999e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2292  DSBA oxidoreductase  37.17 
 
 
208 aa  123  2e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0852078 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2567  DSBA oxidoreductase  37.17 
 
 
208 aa  123  2e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0505631 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0819  DSBA oxidoreductase  34.69 
 
 
197 aa  121  6e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1446  DSBA oxidoreductase  38.02 
 
 
203 aa  121  6e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.151785 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3908  DSBA oxidoreductase  34.01 
 
 
196 aa  119  3e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.439347  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7385  DSBA oxidoreductase  38.34 
 
 
208 aa  119  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2241  putative 2-hydroxychromene-2- carboxylate isomerase family protein  36.84 
 
 
212 aa  118  7.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3151  DSBA oxidoreductase  37.56 
 
 
206 aa  117  9e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6054  DSBA oxidoreductase  34.9 
 
 
200 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2249  DSBA oxidoreductase  35.6 
 
 
208 aa  115  3e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.386975  normal  0.508108 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4196  DSBA oxidoreductase  33.67 
 
 
197 aa  114  7.999999999999999e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.222579  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4723  DSBA oxidoreductase  34.69 
 
 
196 aa  113  2.0000000000000002e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.396107  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6640  DSBA oxidoreductase  35.94 
 
 
208 aa  113  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0485026 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01440  hypothetical protein  35.2 
 
 
195 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0579  DSBA oxidoreductase  37.23 
 
 
202 aa  112  3e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2015  DSBA oxidoreductase  35.75 
 
 
204 aa  112  5e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0916  DSBA oxidoreductase  32.67 
 
 
207 aa  111  6e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.745875  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0193  hypothetical protein  35.2 
 
 
195 aa  111  6e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6005  DSBA oxidoreductase  35.26 
 
 
212 aa  111  8.000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.440782 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2829  DSBA oxidoreductase  31.84 
 
 
201 aa  110  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.497522  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2588  DSBA oxidoreductase  35 
 
 
201 aa  110  1.0000000000000001e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0787884  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0083  DSBA oxidoreductase  34.65 
 
 
223 aa  110  2.0000000000000002e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0411784 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0832  DSBA oxidoreductase  33.66 
 
 
207 aa  109  3e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.109338 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5353  DSBA oxidoreductase  32.65 
 
 
196 aa  109  3e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.39652  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3208  DSBA oxidoreductase  35 
 
 
206 aa  108  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2187  DSBA oxidoreductase  34.5 
 
 
201 aa  108  5e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2632  DSBA oxidoreductase  32.34 
 
 
203 aa  108  6e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0465832  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2652  DSBA oxidoreductase  31.19 
 
 
218 aa  108  6e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.34917  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2968  DSBA oxidoreductase  30.85 
 
 
201 aa  108  7.000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4931  DSBA oxidoreductase  35.15 
 
 
199 aa  107  9.000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.11555  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2900  DSBA oxidoreductase  32.16 
 
 
204 aa  107  1e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2808  DSBA oxidoreductase  31.66 
 
 
204 aa  107  1e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.917289 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2882  DSBA oxidoreductase  31.66 
 
 
204 aa  106  2e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.47421  normal  0.700762 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2477  DSBA oxidoreductase  33.5 
 
 
206 aa  107  2e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.494112  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1390  DSBA oxidoreductase  34.04 
 
 
232 aa  106  2e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00141956  normal  0.259625 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4569  DSBA oxidoreductase  32.18 
 
 
207 aa  105  5e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0608  DSBA oxidoreductase  35.6 
 
 
208 aa  103  1e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.984338 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1326  DSBA oxidoreductase  33.51 
 
 
232 aa  101  9e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.243068 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0744  2-hydroxychromene-2-carboxylate isomerase family protein  30.32 
 
 
201 aa  100  1e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0481495 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1378  DSBA oxidoreductase  33.33 
 
 
195 aa  100  1e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5264  hypothetical protein  31.19 
 
 
200 aa  100  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.193912  normal  0.485064 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2386  DSBA oxidoreductase  29.44 
 
 
197 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.99345  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2247  DSBA oxidoreductase  33.5 
 
 
210 aa  99  4e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.281612  normal  0.141895 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0240  DSBA oxidoreductase  31.19 
 
 
201 aa  97.1  2e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3344  DSBA oxidoreductase  31.44 
 
 
218 aa  96.3  2e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0100  2-hydroxychromene-2-carboxylate isomerase  32.18 
 
 
201 aa  96.7  2e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.243641 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2347  DSBA oxidoreductase  31.79 
 
 
205 aa  96.3  3e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0000115912  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06936  conserved hypothetical protein  30.85 
 
 
216 aa  95.5  4e-19  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3711  DSBA oxidoreductase  28.28 
 
 
195 aa  95.5  4e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  normal  0.0949861 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0019  DSBA oxidoreductase  27.72 
 
 
209 aa  95.1  5e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4818  DSBA oxidoreductase  28.22 
 
 
208 aa  94.7  8e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.228616  normal  0.843256 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3669  DSBA oxidoreductase  31.44 
 
 
218 aa  94.4  1e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.294685  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0187  DSBA oxidoreductase  31 
 
 
201 aa  92.4  4e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.115932  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0848  hypothetical protein  29.21 
 
 
207 aa  91.3  8e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.537333  normal  0.685229 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2615  DSBA oxidoreductase  30.3 
 
 
204 aa  90.5  2e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.146689 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2561  DSBA oxidoreductase  33.5 
 
 
200 aa  87  1e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3621  DSBA oxidoreductase  30.05 
 
 
198 aa  86.3  3e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3650  DSBA oxidoreductase  28.79 
 
 
200 aa  85.5  5e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.111173  hitchhiker  0.000000000000173834 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0500  DSBA oxidoreductase  31.82 
 
 
201 aa  84.3  0.000000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.835222 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1054  DSBA oxidoreductase  29.74 
 
 
199 aa  83.2  0.000000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2763  DSBA oxidoreductase  29.41 
 
 
204 aa  80.5  0.00000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5282  DSBA oxidoreductase  29.26 
 
 
224 aa  80.5  0.00000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2074  DSBA oxidoreductase  27.69 
 
 
204 aa  76.6  0.0000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.688012  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4651  DSBA oxidoreductase  31.15 
 
 
202 aa  76.6  0.0000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.138333  normal  0.692086 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1456  DSBA oxidoreductase  26.77 
 
 
214 aa  75.9  0.0000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.149736  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5257  DSBA oxidoreductase  29.59 
 
 
213 aa  75.5  0.0000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00023333 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3375  DSBA oxidoreductase  32.5 
 
 
210 aa  75.1  0.0000000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.565009 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3869  DSBA oxidoreductase  28.22 
 
 
197 aa  74.7  0.0000000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4139  DSBA oxidoreductase  27.64 
 
 
211 aa  73.9  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0898  DSBA oxidoreductase  26.94 
 
 
219 aa  73.9  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0479  DSBA oxidoreductase  27.04 
 
 
229 aa  73.9  0.000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4027  DSBA oxidoreductase  27.64 
 
 
211 aa  73.9  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3816  DSBA oxidoreductase  25.93 
 
 
210 aa  73.6  0.000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2930  putative 2-hydroxychromene-2-carboxylate isomerase  28.29 
 
 
199 aa  73.2  0.000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.697373  normal  0.0268517 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3753  DSBA oxidoreductase  29.17 
 
 
217 aa  72.4  0.000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.819118  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3822  DSBA oxidoreductase  29.17 
 
 
199 aa  72  0.000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3034  DSBA oxidoreductase  28.65 
 
 
217 aa  70.9  0.00000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.657074  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5356  DSBA oxidoreductase  25.76 
 
 
201 aa  71.2  0.00000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.615074  normal  0.90574 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0023  DSBA oxidoreductase  28.72 
 
 
200 aa  70.5  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0315  hypothetical protein  27.64 
 
 
201 aa  70.5  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126619  normal  0.599326 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5151  hypothetical protein  28 
 
 
210 aa  70.5  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0758473 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4346  DSBA oxidoreductase  26.42 
 
 
216 aa  69.3  0.00000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6061  DSBA oxidoreductase  23.67 
 
 
207 aa  68.9  0.00000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0020  DSBA oxidoreductase  29.29 
 
 
200 aa  69.3  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.901494  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2478  DSBA oxidoreductase  27.27 
 
 
197 aa  68.6  0.00000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5568  DSBA oxidoreductase  26 
 
 
198 aa  67.8  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.433092  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4707  DSBA oxidoreductase  29.17 
 
 
214 aa  67.4  0.0000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>