39 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc0145 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc0145  putative transmembrane protein  100 
 
 
302 aa  615  1e-175  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.943019  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0038  band 7 protein  90.4 
 
 
302 aa  566  1e-160  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0044  band 7 protein  89.74 
 
 
302 aa  552  1e-156  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.179688 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1663  hypothetical protein  33.09 
 
 
341 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0672559  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1017  bacteriophage/transposase fusion protein  31.88 
 
 
270 aa  137  2e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0310816  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1945  bacteriophage/transposase fusion protein  32.93 
 
 
462 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0534  bacteriophage/transposase fusion protein  32.93 
 
 
399 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3100  band 7 protein  28.76 
 
 
318 aa  108  9.000000000000001e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5185  band 7 protein  28.73 
 
 
277 aa  105  9e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.133466 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5610  band 7 protein  29.51 
 
 
265 aa  97.8  2e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.606547  normal  0.386273 
 
 
-
 
NC_010158  YpAngola_0051  hypothetical protein  27.34 
 
 
276 aa  93.2  5e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  1.10901e-82  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1830  band 7 protein  26.86 
 
 
303 aa  72  0.00000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0253  band 7 protein  26.06 
 
 
310 aa  68.9  0.0000000001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4917  band 7 protein  22.65 
 
 
301 aa  63.5  0.000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.149772  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2032  band 7 protein  23.02 
 
 
303 aa  60.8  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.953686 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0362  band 7 protein  24.9 
 
 
321 aa  59.7  0.00000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1182  membrane protease  26.47 
 
 
299 aa  59.3  0.00000008  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2167  hypothetical protein  25 
 
 
282 aa  58.9  0.00000009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.772353  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2467  band 7 protein  25.09 
 
 
318 aa  58.2  0.0000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0849083 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5029  SPFH domain-containing protein/band 7 family protein  25.54 
 
 
267 aa  55.5  0.000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.290689  normal  0.430447 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0815  band 7 protein  25.09 
 
 
278 aa  54.3  0.000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000157152  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4360  band 7 protein  22.22 
 
 
307 aa  51.2  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3604  band 7 protein  25.37 
 
 
312 aa  51.2  0.00002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.10521 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1813  band 7 protein  24.28 
 
 
263 aa  51.6  0.00002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2987  band 7 protein  26.34 
 
 
315 aa  50.4  0.00004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.168915  hitchhiker  0.00027326 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2924  band 7 protein  27 
 
 
318 aa  50.1  0.00004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.839077  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4401  band 7 protein  24.86 
 
 
268 aa  50.1  0.00005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0825  band 7 protein  25.6 
 
 
287 aa  50.1  0.00005  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0292375 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4464  band 7 protein  24.86 
 
 
268 aa  50.1  0.00005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.0054233  normal  0.226289 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_06060  membrane protease subunit, stomatin/prohibitin  24.86 
 
 
378 aa  47.4  0.0003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0728  band 7 protein  28.64 
 
 
276 aa  47.4  0.0003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3569  membrane protease subunit  19.49 
 
 
258 aa  46.2  0.0006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2852  band 7 protein  25.68 
 
 
284 aa  46.2  0.0007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08236  hypothetical protein  21.34 
 
 
271 aa  44.3  0.002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011687  PHATRDRAFT_54958  prohibitin-like protein  23.38 
 
 
284 aa  43.9  0.003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1175  band 7 protein  25.14 
 
 
350 aa  43.9  0.003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2498  band 7 protein  20.26 
 
 
316 aa  43.9  0.004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4200  band 7 protein  20.23 
 
 
268 aa  43.1  0.005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.525075  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1185  membrane protease  18.65 
 
 
316 aa  42.4  0.01  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>