More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_4159 on replicon NC_007490
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007490  RSP_4159  isopropylmalate/homocitrate synthase  100 
 
 		 336 aa  686    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3757  2-isopropylmalate synthase  47.84 
 
 		 462 aa  273  3e-72  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48570  putative 2-isopropylmalate synthase  43.34 
 
 		 455 aa  231  1e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.251079  normal  0.0168935 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1765  2-isopropylmalate synthase  36.48 
 
 		 460 aa  195  9e-49  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.877684 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1808  2-isopropylmalate synthase  34.74 
 
 		 475 aa  193  4e-48  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.787559  hitchhiker  0.000060507 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1533  trans-homoaconitate synthase  37.37 
 
 		 393 aa  188  1e-46  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.200545  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2059  2-isopropylmalate synthase  35.41 
 
 		 489 aa  185  9e-46  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.0773223 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2367  trans-homoaconitate synthase  37.85 
 
 		 377 aa  185  1.0000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.712656  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4041  trans-homoaconitate synthase  37.12 
 
 		 372 aa  185  1.0000000000000001e-45  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.397636 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0938  trans-homoaconitate synthase  37.04 
 
 		 378 aa  183  3e-45  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1957  homocitrate synthase  36.96 
 
 		 461 aa  183  4.0000000000000006e-45  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1804  trans-homoaconitate synthase  38.33 
 
 		 377 aa  182  7e-45  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.248847  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1776  trans-homoaconitate synthase  38.33 
 
 		 377 aa  181  2e-44  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1801  trans-homoaconitate synthase  36.63 
 
 		 393 aa  177  2e-43  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.803537  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0937  trans-homoaconitate synthase  37.17 
 
 		 383 aa  177  3e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.34033  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1522  trans-homoaconitate synthase  36.73 
 
 		 387 aa  176  4e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000249206  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2073  trans-homoaconitate synthase  36.42 
 
 		 382 aa  176  7e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1814  trans-homoaconitate synthase  35 
 
 		 406 aa  175  9e-43  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.770908  hitchhiker  0.00000383108 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2127  trans-homoaconitate synthase  35.96 
 
 		 382 aa  174  9.999999999999999e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.70661 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2146  trans-homoaconitate synthase  36.42 
 
 		 382 aa  175  9.999999999999999e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0415  trans-homoaconitate synthase  35.88 
 
 		 383 aa  175  9.999999999999999e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000000279687  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1293  pyruvate carboxyltransferase  36.6 
 
 		 393 aa  175  9.999999999999999e-43  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0122344 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1506  homocitrate synthase  34.78 
 
 		 386 aa  174  2.9999999999999996e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1224  homocitrate synthase  34.78 
 
 		 386 aa  174  2.9999999999999996e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000100599 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0633  trans-homoaconitate synthase  36.24 
 
 		 376 aa  172  5e-42  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0200993  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0232  trans-homoaconitate synthase  33 
 
 		 388 aa  171  1e-41  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1190  homocitrate synthase  32.72 
 
 		 394 aa  171  2e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000085234 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1604  trans-homoaconitate synthase  35.02 
 
 		 378 aa  171  2e-41  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2063  trans-homoaconitate synthase  33.88 
 
 		 389 aa  170  3e-41  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.214289 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1595  2-isopropylmalate synthase  34.27 
 
 		 448 aa  170  3e-41  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1629  trans-homoaconitate synthase  36.98 
 
 		 382 aa  170  3e-41  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3956  trans-homoaconitate synthase  37.87 
 
 		 377 aa  170  4e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000442748  hitchhiker  0.00302646 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2110  trans-homoaconitate synthase  36.45 
 
 		 400 aa  170  4e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0598  trans-homoaconitate synthase  35.23 
 
 		 376 aa  170  4e-41  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.961177  normal  0.210099 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3466  trans-homoaconitate synthase  36 
 
 		 389 aa  170  4e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0505  2-isopropylmalate synthase  34.49 
 
 		 507 aa  169  8e-41  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0190  pyruvate carboxyltransferase  35.39 
 
 		 393 aa  169  9e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2269  pyruvate carboxyltransferase  35.95 
 
 		 392 aa  168  1e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.319025  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08050  trans-homoaconitate synthase  35.53 
 
 		 385 aa  167  2e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000328807  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1035  trans-homoaconitate synthase  35.97 
 
 		 386 aa  167  2.9999999999999998e-40  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.875019  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1372  homocitrate synthase  36.67 
 
 		 377 aa  166  4e-40  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2339  trans-homoaconitate synthase  35.53 
 
 		 377 aa  166  4e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009044  PICST_89386  homocitrate synthase  34.11 
 
 		 419 aa  166  4e-40  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.249827 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2402  isopropylmalate/citramalate/homocitrate synthase  33.85 
 
 		 500 aa  166  5e-40  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.748245  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0826  2-isopropylmalate synthase  33.57 
 
 		 448 aa  165  1.0000000000000001e-39  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0854  trans-homoaconitate synthase  33.65 
 
 		 389 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000165834  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2761  homocitrate synthase  33.88 
 
 		 391 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.258866  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0832  trans-homoaconitate synthase  32.33 
 
 		 372 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0849  2-isopropylmalate synthase  32.12 
 
 		 514 aa  164  3e-39  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1171  isopropylmalate/citramalate/homocitrate synthase  33.22 
 
 		 394 aa  164  3e-39  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.653479 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3368  trans-homoaconitate synthase  35.45 
 
 		 383 aa  163  3e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0424  trans-homoaconitate synthase  34.54 
 
 		 380 aa  163  3e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.163132  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0942  2-isopropylmalate synthase  30.82 
 
 		 502 aa  163  4.0000000000000004e-39  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0692  trans-homoaconitate synthase  35.53 
 
 		 383 aa  162  6e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1190  2-isopropylmalate synthase  34.19 
 
 		 503 aa  162  6e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.636554  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1298  2-isopropylmalate synthase  36.58 
 
 		 500 aa  162  6e-39  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0014  pyruvate carboxyltransferase  33.44 
 
 		 398 aa  162  9e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0254  homocitrate synthase  35.96 
 
 		 384 aa  161  1e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1366  homocitrate synthase  37.71 
 
 		 384 aa  162  1e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3433  putative alpha-isopropylmalate/homocitrate synthase family transferase  32.19 
 
 		 520 aa  162  1e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2192  trans-homoaconitate synthase  32.49 
 
 		 405 aa  161  2e-38  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.452906  normal  0.196612 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1099  trans-homoaconitate synthase  35.41 
 
 		 381 aa  161  2e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1723  2-isopropylmalate synthase  32.8 
 
 		 409 aa  160  2e-38  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0740  2-isopropylmalate synthase  33.83 
 
 		 537 aa  161  2e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.33125  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0316  2-isopropylmalate synthase  32.12 
 
 		 514 aa  160  3e-38  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.196798 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0375  trans-homoaconitate synthase  35.88 
 
 		 390 aa  160  3e-38  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01640  nitrogen fixation homocitrate synthase  36.12 
 
 		 384 aa  160  4e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2428  (R)-citramalate synthase  33.12 
 
 		 509 aa  159  8e-38  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0810846  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0397  2-isopropylmalate synthase  32.27 
 
 		 522 aa  158  1e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000563336 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3820  2-isopropylmalate synthase  32.06 
 
 		 522 aa  158  1e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2143  2-isopropylmalate synthase  34.94 
 
 		 509 aa  158  1e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.151808  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0745  2-isopropylmalate synthase  33 
 
 		 524 aa  157  2e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1183  2-isopropylmalate synthase  31.45 
 
 		 515 aa  157  2e-37  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0385  2-isopropylmalate synthase  31.95 
 
 		 522 aa  157  2e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0471  2-isopropylmalate synthase  32.27 
 
 		 522 aa  158  2e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0386  2-isopropylmalate synthase  32.27 
 
 		 522 aa  157  2e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2255  2-isopropylmalate synthase  33.87 
 
 		 517 aa  157  2e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0785  trans-homoaconitate synthase  32.72 
 
 		 380 aa  157  2e-37  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2393  homocitrate synthase  34.55 
 
 		 376 aa  158  2e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.310246  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0025  (R)-citramalate synthase  33.76 
 
 		 515 aa  157  2e-37  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1204  putative alpha-isopropylmalate/homocitrate synthase family transferase  31.78 
 
 		 520 aa  157  3e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1070  isopropylmalate/citramalate/homocitrate synthase  34.16 
 
 		 505 aa  157  3e-37  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0335  2-isopropylmalate synthase  33.44 
 
 		 522 aa  157  3e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01990  homocitrate synthase, mitochondrial precursor (Eurofung)  31.92 
 
 		 445 aa  156  4e-37  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.107035 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4550  2-isopropylmalate synthase  32.05 
 
 		 523 aa  157  4e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.518555  normal  0.0133708 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3619  pyruvate carboxyltransferase  35.65 
 
 		 390 aa  157  4e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0993678 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_28701  homocitrate synthase  33.11 
 
 		 451 aa  156  5.0000000000000005e-37  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.453642  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0334  2-isopropylmalate synthase  32.91 
 
 		 522 aa  156  5.0000000000000005e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03085  2-isopropylmalate synthase  33.33 
 
 		 515 aa  156  5.0000000000000005e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0994  trans-homoaconitate synthase  33.12 
 
 		 387 aa  156  5.0000000000000005e-37  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3828  2-isopropylmalate synthase  32.59 
 
 		 523 aa  156  5.0000000000000005e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.507391  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1398  pyruvate carboxyltransferase  34.27 
 
 		 378 aa  155  6e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.321846  normal  0.109349 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0690  homocitrate synthase  33.33 
 
 		 389 aa  156  6e-37  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.784168  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0411  2-isopropylmalate synthase  31.95 
 
 		 522 aa  156  6e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000204337 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0226  2-isopropylmalate synthase  34.81 
 
 		 525 aa  155  6e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.885298  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0306  2-isopropylmalate synthase  35.33 
 
 		 503 aa  156  6e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.168492 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1596  2-isopropylmalate synthase  31.79 
 
 		 514 aa  155  7e-37  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.343171  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10860  2-isopropylmalate synthase  33.88 
 
 		 515 aa  155  8e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4236  2-isopropylmalate synthase  31.96 
 
 		 522 aa  155  9e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0623  trans-homoaconitate synthase  32.81 
 
 		 377 aa  155  9e-37  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>