238 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_3739 on replicon NC_007494
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007494  RSP_3739  deoxyribose phosphate aldolase  100 
 
 
324 aa  663    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3471  deoxyribose-phosphate aldolase  99.38 
 
 
324 aa  658    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.267268  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3349  ribokinase  93.83 
 
 
324 aa  628  1e-179  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.526689 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2837  deoxyribose-phosphate aldolase  79.18 
 
 
319 aa  527  1e-148  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0314  deoxyribose-phosphate aldolase  68.58 
 
 
333 aa  458  9.999999999999999e-129  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3016  deoxyribose-phosphate aldolase  68.34 
 
 
339 aa  442  1e-123  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0930267  normal  0.304024 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3897  deoxyribose-phosphate aldolase  72.31 
 
 
314 aa  440  9.999999999999999e-123  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0097  deoxyribose-phosphate aldolase  67.2 
 
 
351 aa  436  1e-121  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2232  deoxyribose-phosphate aldolase  67.79 
 
 
327 aa  437  1e-121  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0991919  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0789  deoxyribose-phosphate aldolase  65.43 
 
 
341 aa  433  1e-120  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2688  deoxyribose-phosphate aldolase  68.69 
 
 
319 aa  434  1e-120  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.499589 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1399  deoxyribose-phosphate aldolase  66.14 
 
 
336 aa  429  1e-119  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.61762  normal  0.170843 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1275  deoxyribose-phosphate aldolase  66.46 
 
 
336 aa  430  1e-119  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.085183 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5196  deoxyribose-phosphate aldolase  65.83 
 
 
336 aa  427  1e-118  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.583001  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3271  deoxyribose-phosphate aldolase  65.71 
 
 
328 aa  426  1e-118  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.370152  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4631  deoxyribose-phosphate aldolase  65.92 
 
 
334 aa  426  1e-118  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.698385  normal  0.34325 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4652  deoxyribose-phosphate aldolase  65.81 
 
 
357 aa  419  1e-116  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.246771  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7828  putative deoxyribose-phosphate aldolase (DERA)  63.08 
 
 
328 aa  410  1e-113  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.109267  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2280  deoxyribose-phosphate aldolase  61.99 
 
 
322 aa  404  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.07821 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0777  Deoxyribose-phosphate aldolase  50.81 
 
 
322 aa  281  1e-74  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0363  deoxyribose-phosphate aldolase  52.53 
 
 
313 aa  280  3e-74  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3249  deoxyribose-phosphate aldolase  49.06 
 
 
315 aa  272  5.000000000000001e-72  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0772  deoxyribose-phosphate aldolase  50 
 
 
329 aa  272  7e-72  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.259546 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0743  deoxyribose-phosphate aldolase  49.83 
 
 
306 aa  268  1e-70  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0208  deoxyribose-phosphate aldolase  51.16 
 
 
322 aa  265  1e-69  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0139396 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05510  deoxyribose-phosphate aldolase  48.99 
 
 
317 aa  259  4e-68  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1349  deoxyribose-phosphate aldolase  49.83 
 
 
327 aa  259  6e-68  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.394852 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0828  deoxyribose-phosphate aldolase  47.91 
 
 
336 aa  256  4e-67  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.0758191 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3528  deoxyribose-phosphate aldolase  50.33 
 
 
324 aa  256  5e-67  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0799  deoxyribose-phosphate aldolase  50.17 
 
 
313 aa  254  2.0000000000000002e-66  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0850  deoxyribose-phosphate aldolase  52.33 
 
 
307 aa  245  6.999999999999999e-64  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4390  deoxyribose-phosphate aldolase  48.16 
 
 
337 aa  238  1e-61  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.619878  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3333  deoxyribose-phosphate aldolase  40.77 
 
 
259 aa  165  1.0000000000000001e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.451413  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1929  deoxyribose-phosphate aldolase  39.75 
 
 
259 aa  162  7e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.278223  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002629  deoxyribose-phosphate aldolase  38.68 
 
 
258 aa  160  2e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0982616  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03377  deoxyribose-phosphate aldolase  38.68 
 
 
258 aa  161  2e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0541  deoxyribose-phosphate aldolase  39.33 
 
 
259 aa  159  8e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.491442  normal  0.0440112 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1217  deoxyribose-phosphate aldolase  38.82 
 
 
256 aa  156  4e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3498  deoxyribose-phosphate aldolase  38 
 
 
265 aa  156  5.0000000000000005e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0831  deoxyribose-phosphate aldolase  38 
 
 
265 aa  156  5.0000000000000005e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2822  deoxyribose-phosphate aldolase  38.43 
 
 
256 aa  155  7e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0142613  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1102  deoxyribose-phosphate aldolase  38.82 
 
 
256 aa  155  8e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0215015  unclonable  0.0000204974 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0599  deoxyribose-phosphate aldolase  39.09 
 
 
259 aa  155  9e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3627  deoxyribose-phosphate aldolase  37.6 
 
 
265 aa  155  1e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1041  deoxyribose-phosphate aldolase  38.43 
 
 
256 aa  154  1e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000759939  hitchhiker  0.0000000245827 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0660  deoxyribose-phosphate aldolase  39.51 
 
 
259 aa  154  2e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4464  deoxyribose-phosphate aldolase  39.11 
 
 
258 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.45684  normal  0.484684 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1037  deoxyribose-phosphate aldolase  38.04 
 
 
256 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000255358  hitchhiker  0.00000000038702 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0110  deoxyribose-phosphate aldolase  38.95 
 
 
260 aa  153  5e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1068  deoxyribose-phosphate aldolase  38.95 
 
 
260 aa  152  5e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1271  deoxyribose-phosphate aldolase  38.95 
 
 
260 aa  153  5e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2811  deoxyribose-phosphate aldolase  38.95 
 
 
260 aa  153  5e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2666  deoxyribose-phosphate aldolase  38.95 
 
 
260 aa  153  5e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0130  deoxyribose-phosphate aldolase  38.95 
 
 
260 aa  153  5e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3227  deoxyribose-phosphate aldolase  38.82 
 
 
256 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.178533  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1140  deoxyribose-phosphate aldolase  38.82 
 
 
256 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0121446  hitchhiker  0.000000000107327 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3230  deoxyribose-phosphate aldolase  38.82 
 
 
256 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000791533  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3366  deoxyribose-phosphate aldolase  38.82 
 
 
256 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0201919  hitchhiker  0.00182556 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4176  deoxyribose-phosphate aldolase  37.9 
 
 
258 aa  152  8e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1972  deoxyribose-phosphate aldolase  35.98 
 
 
257 aa  151  1e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0806419  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0410  deoxyribose-phosphate aldolase  39.7 
 
 
261 aa  150  2e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0619  deoxyribose-phosphate aldolase  37.86 
 
 
258 aa  150  3e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04257  deoxyribose-phosphate aldolase  39.59 
 
 
259 aa  150  4e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.707451  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3617  deoxyribose-phosphate aldolase  39.59 
 
 
259 aa  150  4e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3147  deoxyribose-phosphate aldolase  40.48 
 
 
252 aa  150  4e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5896  deoxyribose-phosphate aldolase  39.59 
 
 
259 aa  150  4e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4616  deoxyribose-phosphate aldolase  39.59 
 
 
259 aa  150  4e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3675  deoxyribose-phosphate aldolase  39.59 
 
 
259 aa  150  4e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.635596  normal  0.0472404 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04223  hypothetical protein  39.59 
 
 
259 aa  150  4e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.856476  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4980  deoxyribose-phosphate aldolase  39.59 
 
 
259 aa  150  4e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1025  deoxyribose-phosphate aldolase  38.98 
 
 
258 aa  149  5e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0327864  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3048  deoxyribose-phosphate aldolase  37.5 
 
 
257 aa  149  6e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000145781  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4930  deoxyribose-phosphate aldolase  39.18 
 
 
259 aa  149  8e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4928  deoxyribose-phosphate aldolase  39.18 
 
 
259 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3452  deoxyribose-phosphate aldolase  40.57 
 
 
259 aa  148  1.0000000000000001e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.477088  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4923  deoxyribose-phosphate aldolase  38.93 
 
 
271 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.188116  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4889  deoxyribose-phosphate aldolase  38.93 
 
 
271 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00126939  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0140  deoxyribose-phosphate aldolase  36 
 
 
241 aa  147  2.0000000000000003e-34  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4975  deoxyribose-phosphate aldolase  38.93 
 
 
259 aa  148  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.298214  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4982  deoxyribose-phosphate aldolase  38.93 
 
 
259 aa  148  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2815  deoxyribose-phosphate aldolase  37.11 
 
 
257 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00272907  unclonable  0.00000280431 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4821  deoxyribose-phosphate aldolase  38.93 
 
 
271 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.8309  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2186  deoxyribose-phosphate aldolase  36 
 
 
241 aa  147  2.0000000000000003e-34  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.446123  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1002  deoxyribose-phosphate aldolase  37.11 
 
 
257 aa  147  3e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000944927  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0264  deoxyribose-phosphate aldolase  37.25 
 
 
262 aa  146  5e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3549  deoxyribose-phosphate aldolase  37.11 
 
 
257 aa  144  2e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0216784  hitchhiker  0.0000418325 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3378  deoxyribose-phosphate aldolase  37.11 
 
 
257 aa  144  2e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000747392  hitchhiker  0.00551238 
 
 
-
 
NC_002950  PG1996  deoxyribose-phosphate aldolase  35.6 
 
 
289 aa  143  5e-33  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.734647 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3191  deoxyribose-phosphate aldolase  41.5 
 
 
257 aa  143  5e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.208123  normal  0.448305 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2965  deoxyribose-phosphate aldolase  41.11 
 
 
257 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.422208 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0973  deoxyribose-phosphate aldolase  36.89 
 
 
257 aa  137  2e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.048409  hitchhiker  0.000997229 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2862  deoxyribose-phosphate aldolase  37.2 
 
 
257 aa  133  3.9999999999999996e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3924  deoxyribose-phosphate aldolase  36.03 
 
 
243 aa  129  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.973311  normal  0.560793 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0640  deoxyribose-phosphate aldolase  36.44 
 
 
248 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0831  deoxyribose-phosphate aldolase  38.76 
 
 
257 aa  127  3e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0839  deoxyribose-phosphate aldolase  31.45 
 
 
261 aa  108  9.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000295758  decreased coverage  0.000077294 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1266  deoxyribose-phosphate aldolase  35.34 
 
 
409 aa  99.8  5e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0916741  normal  0.0813164 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2303  deoxyribose-phosphate aldolase  36.11 
 
 
238 aa  95.9  8e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0703624  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1388  hypothetical protein  30.89 
 
 
254 aa  94  3e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1608  hypothetical protein  31.3 
 
 
254 aa  94  3e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>