25 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_3435 on replicon NC_007494
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007494  RSP_3435  DNA-binding protein  100 
 
 
110 aa  222  2e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.170412  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3080  putative DNA-binding protein  97.27 
 
 
110 aa  217  3.9999999999999997e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.100633  normal  0.744122 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0799  putative DNA-binding protein  67.89 
 
 
112 aa  150  5.9999999999999996e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0675  putative DNA-binding protein  60.19 
 
 
115 aa  138  3e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.205405  decreased coverage  0.00947691 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0663  putative DNA-binding protein  60.19 
 
 
115 aa  138  3e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.332778 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0642  putative DNA-binding protein  57.66 
 
 
115 aa  135  1e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.141676 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4823  putative DNA-binding protein  58.49 
 
 
115 aa  124  5e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2307  DNA-binding protein  55.56 
 
 
109 aa  120  6e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0343  putative DNA-binding protein  56.36 
 
 
109 aa  120  6e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5076  putative DNA-binding protein  51.89 
 
 
112 aa  115  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00798385 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4600  DNA-binding protein  54.46 
 
 
112 aa  114  3.9999999999999997e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.889226  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1057  putative DNA-binding protein  53.7 
 
 
119 aa  114  5e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0826  DNA-binding protein  57.58 
 
 
107 aa  108  2.0000000000000002e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3796  putative DNA-binding protein  50.49 
 
 
106 aa  101  3e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.691719 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3371  hypothetical protein  52.34 
 
 
143 aa  94  6e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0280865  normal  0.0203123 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3144  hypothetical protein  51.3 
 
 
143 aa  94  6e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.185967  normal  0.858762 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05401  conserved hypothetical protein  41.38 
 
 
117 aa  80.9  0.000000000000006  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.656737  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0891  hypothetical protein  37.14 
 
 
125 aa  65.1  0.0000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4567  hypothetical protein  35.58 
 
 
121 aa  63.2  0.000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27190  hypothetical protein  33.63 
 
 
110 aa  60.5  0.000000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.133249  normal  0.930343 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0719  hypothetical protein  37.61 
 
 
113 aa  57.4  0.00000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0906401  normal  0.324019 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0739  hypothetical protein  37.61 
 
 
113 aa  57.4  0.00000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.13396 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0725  hypothetical protein  37.61 
 
 
113 aa  57.4  0.00000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.609252  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2157  hypothetical protein  33.02 
 
 
116 aa  51.6  0.000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2310  hypothetical protein  32.08 
 
 
116 aa  49.7  0.00001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00521659 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>