More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_1701 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007493  RSP_1701  50S ribosomal protein L10  100 
 
 
171 aa  339  1e-92  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.653585  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0337  50S ribosomal protein L10  100 
 
 
171 aa  339  1e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.635722  normal  0.581622 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0351  50S ribosomal protein L10  100 
 
 
171 aa  339  1e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.703447 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2544  50S ribosomal protein L10  97.08 
 
 
171 aa  306  1.0000000000000001e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0745  50S ribosomal protein L10  84.21 
 
 
171 aa  288  3e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00501407 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0232  50S ribosomal protein L10  80.36 
 
 
172 aa  273  7e-73  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0685965  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0265  50S ribosomal protein L10  84.52 
 
 
172 aa  263  5.999999999999999e-70  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0566  50S ribosomal protein L10  74.71 
 
 
170 aa  229  2e-59  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0976  50S ribosomal protein L10  53.8 
 
 
195 aa  190  9e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0194348 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1821  50S ribosomal protein L10  54.97 
 
 
172 aa  184  5e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0871653  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1822  50S ribosomal protein L10  52.63 
 
 
172 aa  184  5e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1246  50S ribosomal protein L10  58.02 
 
 
172 aa  183  9e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.208748  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1322  50S ribosomal protein L10  52.05 
 
 
172 aa  182  1.0000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.850894  normal  0.161771 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1420  50S ribosomal protein L10  51.46 
 
 
172 aa  182  1.0000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.291032 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1945  50S ribosomal protein L10  58.02 
 
 
172 aa  183  1.0000000000000001e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.137242  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1207  50S ribosomal protein L10  54.39 
 
 
194 aa  179  2e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.347273  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2727  ribosomal protein L10  54.6 
 
 
172 aa  178  4e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.12165  normal  0.845294 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3362  50S ribosomal protein L10  53.8 
 
 
172 aa  177  5.999999999999999e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.256068  normal  0.223881 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1804  50S ribosomal protein L10P  54.17 
 
 
171 aa  176  1e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.160084 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1345  50S ribosomal protein L10  52.63 
 
 
172 aa  176  2e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0320244  normal  0.100348 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4497  50S ribosomal protein L10  52.05 
 
 
172 aa  174  5e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0569  50S ribosomal protein L10  52.33 
 
 
172 aa  174  6e-43  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000000818206  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0362  50S ribosomal protein L10  54.94 
 
 
175 aa  174  8e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.656463 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1898  50S ribosomal protein L10  54.94 
 
 
175 aa  173  9e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3841  50S ribosomal protein L10  53.8 
 
 
172 aa  173  9.999999999999999e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0158219  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3689  50S ribosomal protein L10  53.7 
 
 
172 aa  173  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5083  50S ribosomal protein L10  53.7 
 
 
172 aa  173  9.999999999999999e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.614366  normal  0.894165 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1348  50S ribosomal protein L10  50.88 
 
 
172 aa  172  2.9999999999999996e-42  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.223396  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3197  50S ribosomal protein L10  53.7 
 
 
172 aa  171  3.9999999999999995e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.383116 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2283  50S ribosomal protein L10  53.7 
 
 
172 aa  170  6.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0400383  normal  0.2116 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1529  50S ribosomal protein L10  53.09 
 
 
172 aa  169  2e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.908936  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3460  50S ribosomal protein L10  53.09 
 
 
172 aa  165  2e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3866  ribosomal protein L10  56.14 
 
 
171 aa  166  2e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0292685 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4384  50S ribosomal protein L10  52.05 
 
 
172 aa  157  5e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.313613 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4015  50S ribosomal protein L10  52.05 
 
 
172 aa  157  5e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.866731  normal  0.631329 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2697  50S ribosomal protein L10P  45.03 
 
 
172 aa  156  1e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.561782  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3477  50S ribosomal protein L10  49.12 
 
 
171 aa  156  1e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.232416  hitchhiker  0.0000717521 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1954  50S ribosomal protein L10  46.01 
 
 
174 aa  151  2.9999999999999998e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.262202  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0838  50S ribosomal protein L10P  44.77 
 
 
172 aa  151  4e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0707377  normal  0.0995834 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1701  50S ribosomal protein L10  47.95 
 
 
171 aa  149  2e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.302531  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0789  50S ribosomal protein L10  41.86 
 
 
172 aa  141  4e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.305137 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2958  50S ribosomal protein L10  43.27 
 
 
172 aa  137  6e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0648852 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0029  50S ribosomal protein L10  46.91 
 
 
170 aa  123  1e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.167833  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3036  50S ribosomal protein L10  42.67 
 
 
168 aa  114  8.999999999999998e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0878547 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3437  50S ribosomal protein L10  39.35 
 
 
165 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.153429  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3316  50S ribosomal protein L10  42.11 
 
 
168 aa  112  3e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.354504  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2969  50S ribosomal protein L10  42.11 
 
 
168 aa  112  3e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.45658 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0586  50S ribosomal protein L10  42.5 
 
 
177 aa  110  8.000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0488  50S ribosomal protein L10  38.69 
 
 
173 aa  110  8.000000000000001e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.169718  hitchhiker  0.00000169108 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0317  50S ribosomal protein L10  38.69 
 
 
173 aa  110  8.000000000000001e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.146286  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0270  50S ribosomal protein L10  36.63 
 
 
174 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.247547  hitchhiker  0.00145059 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2850  50S ribosomal protein L10  38.12 
 
 
165 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.675463 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4444  50S ribosomal protein L10  41.88 
 
 
176 aa  108  3e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.651473  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0317  50S ribosomal protein L10  38.06 
 
 
165 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00438278  normal  0.203557 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2769  50S ribosomal protein L10  38.06 
 
 
165 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0338  50S ribosomal protein L10  38.06 
 
 
165 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.550948  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0508  50S ribosomal protein L10  42.95 
 
 
175 aa  108  4.0000000000000004e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.270625  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4533  50S ribosomal protein L10  42.95 
 
 
168 aa  107  6e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3248  50S ribosomal protein L10  42.31 
 
 
168 aa  107  7.000000000000001e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3191  50S ribosomal protein L10  41.06 
 
 
173 aa  107  7.000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.579756  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3899  50S ribosomal protein L10  42.31 
 
 
168 aa  107  7.000000000000001e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0700  ribosomal protein L10  35.26 
 
 
174 aa  106  1e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.299689  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0044  50S ribosomal protein L10  40.14 
 
 
215 aa  107  1e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000127438  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3336  50S ribosomal protein L10  41.26 
 
 
173 aa  106  1e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3347  50S ribosomal protein L10  42.86 
 
 
167 aa  105  2e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.862427  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0266  50S ribosomal protein L10  42.11 
 
 
165 aa  106  2e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.646007  normal  0.635943 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0040  50S ribosomal protein L10  40.14 
 
 
179 aa  105  3e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0245031  hitchhiker  0.0000000000023806 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0239  50S ribosomal protein L10  42.11 
 
 
165 aa  105  3e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0229066 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0257  50S ribosomal protein L10  41.98 
 
 
188 aa  105  3e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0591157  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0757  50S ribosomal protein L10  33.33 
 
 
174 aa  104  5e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3078  50S ribosomal protein L10  41.98 
 
 
165 aa  104  5e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.892062  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3756  50S ribosomal protein L10  42.11 
 
 
184 aa  104  7e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0407684  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3818  50S ribosomal protein L10  42.11 
 
 
184 aa  104  7e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.881367  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3594  50S ribosomal protein L10  41.94 
 
 
178 aa  104  7e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.196569  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3467  50S ribosomal protein L10  42.11 
 
 
184 aa  104  7e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0108818  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2643  50S ribosomal protein L10  42.11 
 
 
165 aa  103  9e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3788  50S ribosomal protein L10  42.11 
 
 
165 aa  103  9e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.166109  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1912  50S ribosomal protein L10  42.11 
 
 
165 aa  103  9e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00000184172  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3642  50S ribosomal protein L10  41.18 
 
 
183 aa  103  1e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.279713 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3453  50S ribosomal protein L10  38.75 
 
 
174 aa  103  1e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0925685  normal  0.446601 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0408  50S ribosomal protein L10  40 
 
 
174 aa  102  2e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  1.79305e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0304  50S ribosomal protein L10  40.29 
 
 
167 aa  103  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.125975  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01070  ribosomal protein L10  33.53 
 
 
172 aa  102  2e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  5.51299e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3654  50S ribosomal protein L10  40.29 
 
 
167 aa  103  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0512272  hitchhiker  0.000000643388 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2262  50S ribosomal protein L10  40.76 
 
 
174 aa  102  3e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.168271  normal  0.476107 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0692  50S ribosomal protein L10  32.94 
 
 
172 aa  101  4e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000112903  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1956  ribosomal protein L10  35.33 
 
 
174 aa  101  5e-21  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3180  50S ribosomal protein L10  40.3 
 
 
140 aa  100  8e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000385503  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0310  50S ribosomal protein L10  36.84 
 
 
165 aa  99.8  2e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0746923  normal  0.0249908 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0396  50S ribosomal protein L10  36.81 
 
 
173 aa  98.6  3e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.252363  hitchhiker  0.00709296 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08440  ribosomal protein L10  38.32 
 
 
173 aa  99  3e-20  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.166227  normal  0.704722 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3869  50S ribosomal protein L10  40.44 
 
 
182 aa  98.2  5e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0576  50S ribosomal protein L10  36.91 
 
 
166 aa  97.4  8e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000179203  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0562  50S ribosomal protein L10  36.91 
 
 
166 aa  97.4  8e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000000233555  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4318  50S ribosomal protein L10  34.97 
 
 
187 aa  97.1  1e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.561909  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1509  ribosomal protein L10  35.12 
 
 
176 aa  96.7  1e-19  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000272992  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0507  50S ribosomal protein L10  33.99 
 
 
159 aa  97.1  1e-19  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000655679  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0526  50S ribosomal protein L10  33.99 
 
 
159 aa  96.3  2e-19  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.142497  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1458  50S ribosomal protein L10  33.33 
 
 
159 aa  96.7  2e-19  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00000221032  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4018  ribosomal protein L10  37.8 
 
 
174 aa  96.3  2e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.491975 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>