139 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_1442 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_1442  ABC sugar transporter, periplasmic sugar-binding protein  100 
 
 		 418 aa  858    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0515377  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3559  extracellular solute-binding protein  73.54 
 
 		 421 aa  655    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.725882  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0091  extracellular solute-binding protein  99.28 
 
 		 418 aa  854    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0289  extracellular solute-binding protein  22.42 
 
 		 437 aa  68.9  0.0000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.00000019091  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0721  extracellular solute-binding protein  22.65 
 
 		 437 aa  68.9  0.0000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.540981  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2662  extracellular solute-binding protein  23.12 
 
 		 433 aa  68.2  0.0000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.377519  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2365  extracellular solute-binding protein family 1  25.68 
 
 		 416 aa  63.5  0.000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.618021 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3226  Transcriptional regulator  28.71 
 
 		 410 aa  60.8  0.00000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.101031  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3422  ABC-type sugar transport systems permease component  28.71 
 
 		 410 aa  60.8  0.00000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1090  extracellular solute-binding protein family 1  22.63 
 
 		 436 aa  58.9  0.0000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.667729  normal  0.0232634 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1494  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  25.55 
 
 		 438 aa  57  0.0000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3251  extracellular solute-binding protein family 1  26.22 
 
 		 427 aa  56.6  0.0000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.829082  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0523  extracellular solute-binding protein  27.12 
 
 		 416 aa  56.6  0.0000009  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1696  extracellular solute-binding protein  19.91 
 
 		 436 aa  55.5  0.000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00506774  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6751  extracellular solute-binding protein family 1  29.35 
 
 		 441 aa  55.1  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02930  carbohydrate-binding protein  28.25 
 
 		 426 aa  54.3  0.000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9200  ABC-type sugar transport system periplasmic component  26.17 
 
 		 374 aa  54.3  0.000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3075  sugar ABC transporter periplasmic sugar-binding protein  29.38 
 
 		 431 aa  53.9  0.000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.111769 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27350  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  29.59 
 
 		 444 aa  53.5  0.000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.404715  normal  0.481515 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2315  extracellular solute-binding protein family 1  28.35 
 
 		 503 aa  52.8  0.00001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1963  extracellular solute-binding protein family 1  21.92 
 
 		 449 aa  52.8  0.00001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.734467  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1264  glycerol-3-phosphate-binding periplasmic lipoprotein signal peptide  28.88 
 
 		 438 aa  52  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.400828  normal  0.517414 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0358  extracellular solute-binding protein family 1  22.74 
 
 		 441 aa  52  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2919  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  25.99 
 
 		 407 aa  51.2  0.00003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2627  extracellular solute-binding protein family 1  26.01 
 
 		 434 aa  50.8  0.00004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00662506  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3290  ABC glycerol-3-phosphate transporter, periplasmic binding protein, UgpB  27.57 
 
 		 431 aa  50.4  0.00005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1420  extracellular solute-binding protein  22.91 
 
 		 424 aa  50.8  0.00005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.979516  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4022  extracellular solute-binding protein  27.57 
 
 		 431 aa  50.4  0.00006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1393  extracellular solute-binding protein  24.9 
 
 		 461 aa  50.1  0.00007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.435309  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6664  extracellular solute-binding protein  29.92 
 
 		 452 aa  50.1  0.00007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0689323 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0448  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  27.27 
 
 		 441 aa  50.1  0.00008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3492  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  26.8 
 
 		 444 aa  49.7  0.00009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0753  extracellular solute-binding protein  29.33 
 
 		 437 aa  49.7  0.0001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0188  extracellular solute-binding protein  29.09 
 
 		 420 aa  48.9  0.0001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0781  extracellular solute-binding protein  23.86 
 
 		 395 aa  48.9  0.0001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000729506  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3858  extracellular solute-binding protein  23.12 
 
 		 449 aa  49.3  0.0001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000022263  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2731  extracellular solute-binding protein family 1  24.8 
 
 		 454 aa  49.3  0.0001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0655  glycerol-3-phosphate ABC transporter, periplasmic glycerol-3-phosphate-binding protein  27.32 
 
 		 433 aa  48.5  0.0002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.454035  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2744  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  27.13 
 
 		 441 aa  48.5  0.0002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3726  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  27.13 
 
 		 441 aa  48.5  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.268589  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3209  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  27.13 
 
 		 441 aa  48.5  0.0002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0248662  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1760  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  27.13 
 
 		 441 aa  48.5  0.0002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3697  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  27.13 
 
 		 441 aa  48.9  0.0002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3755  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  27.13 
 
 		 441 aa  48.5  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2794  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  27.13 
 
 		 441 aa  48.5  0.0002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0118  extracellular solute-binding protein  24.88 
 
 		 420 aa  48.9  0.0002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3750  extracellular solute-binding protein  26.74 
 
 		 433 aa  48.5  0.0002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.316129  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0185  extracellular solute-binding protein family 1  23.98 
 
 		 436 aa  48.9  0.0002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.515223  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0116  extracellular solute-binding protein  24.88 
 
 		 420 aa  48.9  0.0002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20630  extracellular solute-binding protein family 1  20.27 
 
 		 414 aa  48.9  0.0002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1727  extracellular solute-binding protein family 1  24.39 
 
 		 422 aa  48.9  0.0002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4693  extracellular solute-binding protein family 1  26.73 
 
 		 457 aa  48.9  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.363745 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0832  multiple sugar transport system substrate-binding protein  22.67 
 
 		 416 aa  48.1  0.0003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.669088  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3285  hypothetical protein  30.28 
 
 		 431 aa  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.339711  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7695  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  23.6 
 
 		 435 aa  48.1  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.397837  normal  0.53163 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0298  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  26.09 
 
 		 444 aa  47.8  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1680  extracellular solute-binding protein family 1  25.23 
 
 		 430 aa  48.1  0.0003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.173253  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2031  extracellular solute-binding protein family 1  28.64 
 
 		 442 aa  48.1  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.298737 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4419  extracellular solute-binding protein family 1  23.53 
 
 		 456 aa  48.1  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7906  extracellular solute-binding protein family 1  22.73 
 
 		 420 aa  47.4  0.0004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.819994  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4520  extracellular solute-binding protein  24.34 
 
 		 415 aa  47.8  0.0004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3509  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  26.11 
 
 		 441 aa  47.8  0.0004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.839022  normal  0.0272066 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3595  extracellular solute-binding protein family 1  26.85 
 
 		 428 aa  47.8  0.0004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.931004  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0314  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  25.99 
 
 		 444 aa  47.4  0.0005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1750  extracellular solute-binding protein family 1  26.87 
 
 		 448 aa  47.4  0.0005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000348272 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0296  hypothetical protein  21.27 
 
 		 439 aa  47.4  0.0005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1886  extracellular solute-binding protein family 1  25.06 
 
 		 435 aa  47.4  0.0005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.23125 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2052  extracellular solute-binding protein  27.01 
 
 		 438 aa  47  0.0006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0323  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  25.99 
 
 		 444 aa  47  0.0006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.839712 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0127  extracellular solute-binding protein family 1  25 
 
 		 442 aa  47  0.0006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0770  extracellular solute-binding protein family 1  26.06 
 
 		 444 aa  47  0.0007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0829  extracellular solute-binding protein family 1  21.94 
 
 		 504 aa  46.6  0.0007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20520  extracellular solute-binding protein family 1  25.17 
 
 		 417 aa  46.6  0.0007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.561553  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3021  glycerol-3-phosphate transporter periplasmic binding protein  26.88 
 
 		 441 aa  46.6  0.0008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0528  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  28.98 
 
 		 414 aa  46.6  0.0008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0332  extracellular solute-binding protein family 1  28.83 
 
 		 468 aa  46.6  0.0009  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2485  extracellular solute-binding protein  25.19 
 
 		 415 aa  46.6  0.0009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00421769  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0589  extracellular solute-binding protein  28.98 
 
 		 414 aa  46.6  0.0009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1316  extracellular solute-binding protein  23.67 
 
 		 423 aa  46.2  0.001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1899  extracellular solute-binding protein, putative  27.01 
 
 		 416 aa  46.2  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.41529  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1634  sugar ABC transporter, sugar-binding protein  27.01 
 
 		 416 aa  46.2  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3685  extracellular solute-binding protein  22.99 
 
 		 432 aa  45.8  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3387  extracellular solute-binding protein  26.87 
 
 		 447 aa  46.2  0.001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.278202  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6904  extracellular solute-binding protein family 1  23.17 
 
 		 404 aa  46.2  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.000382644  hitchhiker  0.00751503 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4190  extracellular solute-binding protein  28.26 
 
 		 431 aa  46.2  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.224886 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1055  extracellular solute-binding protein  22.19 
 
 		 418 aa  46.2  0.001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.404897  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1152  extracellular solute-binding protein  22.54 
 
 		 393 aa  45.8  0.001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0401617  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9091  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  22.92 
 
 		 422 aa  46.2  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.306335  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5465  extracellular solute-binding protein  27.17 
 
 		 434 aa  46.2  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.355429  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1068  sugar ABC transporter periplasmic sugar-binding protein  29.41 
 
 		 390 aa  46.6  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.238718 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2114  extracellular solute-binding protein family 1  25.44 
 
 		 428 aa  45.8  0.001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2647  extracellular solute-binding protein family 1  25.96 
 
 		 446 aa  46.2  0.001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.890591  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0063  extracellular solute-binding protein family 1  24.24 
 
 		 475 aa  45.8  0.001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1846  extracellular solute-binding protein family 1  21.88 
 
 		 425 aa  46.2  0.001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.169612  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2170  extracellular solute-binding protein family 1  29.25 
 
 		 428 aa  45.8  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1283  extracellular solute-binding protein  25.65 
 
 		 450 aa  45.1  0.002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  unclonable  0.0000000346676  normal  0.943264 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3553  hypothetical protein  20.77 
 
 		 427 aa  45.4  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0192  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  26.01 
 
 		 463 aa  45.4  0.002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.245721  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2345  extracellular solute-binding protein family 1  24.6 
 
 		 424 aa  45.4  0.002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.822896  normal  0.413258 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4697  extracellular solute-binding protein family 1  21.82 
 
 		 442 aa  45.4  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00367387  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>