More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_0104 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007493  RSP_0104  respiratory-chain NADH dehydrogenase, 51 kDa subunit  100 
 
 
416 aa  827    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1693  NADH dehydrogenase (quinone)  96.15 
 
 
416 aa  802    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0681624  normal  0.883791 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1740  NADH dehydrogenase (quinone)  99.28 
 
 
416 aa  823    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4067  NADH dehydrogenase (quinone)  60.38 
 
 
428 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0902793  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1330  NADH dehydrogenase (quinone)  62.77 
 
 
428 aa  471  1e-132  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.220778  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4739  NADH dehydrogenase (quinone)  61.81 
 
 
428 aa  468  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1351  NADH dehydrogenase (quinone)  60.38 
 
 
428 aa  456  1e-127  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.169855 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1355  NADH dehydrogenase I, F subunit  51.54 
 
 
427 aa  402  1e-111  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3821  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  50.24 
 
 
426 aa  404  1e-111  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.400637  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1017  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  51.31 
 
 
425 aa  402  1e-111  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1123  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  48.33 
 
 
429 aa  394  1e-108  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1116  NADH dehydrogenase (quinone)  50.71 
 
 
434 aa  390  1e-107  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2864  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  45.8 
 
 
454 aa  389  1e-107  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0700873  hitchhiker  0.00675695 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0377  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  46.3 
 
 
444 aa  382  1e-105  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.372414  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02209  NADH:ubiquinone oxidoreductase, chain F  46.65 
 
 
445 aa  369  1e-101  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1373  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  46.65 
 
 
445 aa  369  1e-101  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00215992  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1812  NADH dehydrogenase I subunit F  46.3 
 
 
461 aa  369  1e-101  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.848425 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02169  hypothetical protein  46.65 
 
 
445 aa  369  1e-101  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2438  NADH dehydrogenase I subunit F  46.65 
 
 
445 aa  369  1e-101  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1368  NADH dehydrogenase I subunit F  46.65 
 
 
445 aa  370  1e-101  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.104051  normal  0.821975 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2463  NADH dehydrogenase I subunit F  46.65 
 
 
445 aa  368  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.560534  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2552  NADH dehydrogenase I subunit F  46.65 
 
 
445 aa  368  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.433687  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2433  NADH dehydrogenase I subunit F  46.65 
 
 
445 aa  370  1e-101  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2660  NADH dehydrogenase I subunit F  46.65 
 
 
445 aa  370  1e-101  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.142172  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1564  NADH dehydrogenase I subunit F  46.3 
 
 
461 aa  369  1e-101  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2670  NADH dehydrogenase I subunit F  46.65 
 
 
445 aa  368  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.793863 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2577  NADH dehydrogenase I subunit F  46.65 
 
 
445 aa  370  1e-101  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.85076  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3423  NADH dehydrogenase I subunit F  46.65 
 
 
445 aa  370  1e-101  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2563  NADH dehydrogenase I subunit F  46.65 
 
 
445 aa  368  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1458  NADH dehydrogenase I subunit F  46.3 
 
 
461 aa  369  1e-101  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2508  NADH dehydrogenase I subunit F  46.65 
 
 
445 aa  368  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0714  NADH dehydrogenase (quinone)  51.19 
 
 
428 aa  365  1e-100  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.934005  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3304  NADH dehydrogenase I subunit F  46.63 
 
 
450 aa  365  1e-100  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0360562  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2828  NADH dehydrogenase I subunit F  46.89 
 
 
445 aa  367  1e-100  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.208712  normal  0.514139 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2768  NADH dehydrogenase I subunit F  46.9 
 
 
449 aa  368  1e-100  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.261993  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1496  NADH dehydrogenase I subunit F  46.67 
 
 
449 aa  366  1e-100  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.376582  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3128  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  48.46 
 
 
446 aa  362  6e-99  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2566  NADH dehydrogenase I subunit F  47.02 
 
 
448 aa  358  9e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1869  NADH dehydrogenase I subunit F  46.78 
 
 
458 aa  358  9.999999999999999e-98  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.123144 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1742  NADH dehydrogenase I subunit F  46.78 
 
 
453 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00767478  normal  0.368262 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4123  NADH dehydrogenase I subunit F  46.78 
 
 
453 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3695  NADH dehydrogenase I subunit F  46.78 
 
 
454 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.196409  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2416  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  46.9 
 
 
448 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0718255  normal  0.148536 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1017  NADH dehydrogenase I subunit F  46.88 
 
 
461 aa  356  5e-97  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28480  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  46.88 
 
 
449 aa  353  2.9999999999999997e-96  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3201  NADH dehydrogenase I subunit F  45.58 
 
 
452 aa  348  1e-94  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.103684  normal  0.0135586 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3369  NADH dehydrogenase I, F subunit  45.82 
 
 
452 aa  347  3e-94  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1398  NADH dehydrogenase I subunit F  46.78 
 
 
449 aa  346  5e-94  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.940574  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1695  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  46.46 
 
 
537 aa  345  8.999999999999999e-94  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.316564  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3607  NADH dehydrogenase I subunit F  45.82 
 
 
451 aa  343  4e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2546  NADH dehydrogenase I subunit F  46.54 
 
 
449 aa  343  4e-93  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.698943  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3224  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  46.21 
 
 
439 aa  342  5e-93  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00762011 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3441  NADH dehydrogenase I, F subunit  46.34 
 
 
423 aa  341  1e-92  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0157  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain-containing protein  46.34 
 
 
422 aa  337  2.9999999999999997e-91  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4354  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  46.06 
 
 
441 aa  335  7.999999999999999e-91  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.168378  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4199  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  46.06 
 
 
441 aa  335  7.999999999999999e-91  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4331  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  46.06 
 
 
441 aa  335  7.999999999999999e-91  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4553  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  45.5 
 
 
442 aa  335  1e-90  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2690  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  44.83 
 
 
438 aa  333  2e-90  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.363357  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0397  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  43.78 
 
 
706 aa  334  2e-90  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0329  NADH dehydrogenase (quinone)  44.5 
 
 
433 aa  333  3e-90  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4413  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  44.29 
 
 
433 aa  332  8e-90  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0272  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  45.34 
 
 
434 aa  331  1e-89  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6089  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  45.73 
 
 
447 aa  329  4e-89  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0248618 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0543  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  46.19 
 
 
443 aa  328  9e-89  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.315884  normal  0.338133 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5058  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  44.28 
 
 
439 aa  328  1.0000000000000001e-88  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2625  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  43.23 
 
 
427 aa  327  2.0000000000000001e-88  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2711  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  45.52 
 
 
444 aa  327  2.0000000000000001e-88  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2252  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  43.23 
 
 
427 aa  327  2.0000000000000001e-88  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000522116 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0577  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  44.58 
 
 
474 aa  327  3e-88  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0588  NADH dehydrogenase I, F subunit  44.58 
 
 
474 aa  326  4.0000000000000003e-88  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0208  NADH dehydrogenase I chain F  45.41 
 
 
425 aa  326  4.0000000000000003e-88  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13171  NADH dehydrogenase I chain F nuoF (NADH-ubiquinone oxidoreductase chain F)  43.33 
 
 
445 aa  326  4.0000000000000003e-88  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7686  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  44.02 
 
 
441 aa  326  4.0000000000000003e-88  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1545  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  44.08 
 
 
438 aa  324  1e-87  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.349481  normal  0.139293 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1311  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  44.27 
 
 
439 aa  325  1e-87  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0525  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  43.97 
 
 
440 aa  324  2e-87  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0544  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  45 
 
 
448 aa  323  3e-87  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.789941 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1880  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  45.35 
 
 
441 aa  323  3e-87  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0286  NADH-quinone oxidoreductase subunit F  44.8 
 
 
428 aa  323  4e-87  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3618  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  43.6 
 
 
421 aa  323  4e-87  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.997911  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03210  NADH dehydrogenase subunit F  43.35 
 
 
424 aa  323  4e-87  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.589987  normal  0.53715 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1575  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  43.84 
 
 
438 aa  322  5e-87  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1599  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  43.84 
 
 
438 aa  322  5e-87  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.160681  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0474  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  43.81 
 
 
448 aa  322  6e-87  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0158  NADH dehydrogenase (quinone)  44.42 
 
 
421 aa  322  9.000000000000001e-87  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.589974 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4486  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  44.66 
 
 
438 aa  322  9.999999999999999e-87  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.144316  hitchhiker  0.0024852 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6677  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  43.92 
 
 
431 aa  320  1.9999999999999998e-86  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0589  NADH dehydrogenase (quinone)  44.62 
 
 
428 aa  320  3.9999999999999996e-86  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.232944  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0176  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  43.94 
 
 
421 aa  318  1e-85  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0696  NADH dehydrogenase (quinone)  42.01 
 
 
545 aa  317  3e-85  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000417436  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07430  NADH dehydrogenase subunit F  43.78 
 
 
449 aa  316  4e-85  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0432719 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0720  NADH dehydrogenase (quinone)  42.12 
 
 
545 aa  315  7e-85  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00999729  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3862  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  42.48 
 
 
443 aa  313  2.9999999999999996e-84  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4348  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  45 
 
 
441 aa  313  4.999999999999999e-84  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.548898  normal  0.181766 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0979  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  44.28 
 
 
439 aa  312  9e-84  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1278  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  42.89 
 
 
444 aa  310  2e-83  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.327335  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29970  NADH dehydrogenase I subunit F  44.89 
 
 
449 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3173  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  44.93 
 
 
446 aa  306  5.0000000000000004e-82  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4458  NADH-quinone oxidoreductase, F subunit  44.36 
 
 
443 aa  306  6e-82  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>