30 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS05425 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS05425  lipoprotein signal peptide  100 
 
 		 175 aa  349  1e-95  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4322  lipoprotein signal peptide  63.54 
 
 		 190 aa  207  6e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00684015 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4212  putative lipoprotein signal peptide  63.54 
 
 		 190 aa  207  6e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.421499  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3920  lipoprotein signal peptide  42.71 
 
 		 131 aa  85.9  3e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4741  periplasmic protein  33.88 
 
 		 166 aa  58.9  0.00000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0677  hypothetical protein  32.9 
 
 		 159 aa  57.4  0.0000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  unclonable  0.00000000000364222  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0756  periplasmic protein  32.82 
 
 		 162 aa  55.1  0.0000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.276898  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0539  periplasmic protein  32.56 
 
 		 162 aa  53.5  0.000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3500  protein of unknown function Spy-related  28 
 
 		 158 aa  52.8  0.000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.764021  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1701  periplasmic protein  30.51 
 
 		 162 aa  52  0.000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1404  periplasmic protein  31.71 
 
 		 161 aa  49.3  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.181136 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1421  periplasmic protein  31.71 
 
 		 161 aa  48.9  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.168395  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2037  periplasmic protein  29.17 
 
 		 161 aa  48.5  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.195484  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1864  periplasmic protein  29.17 
 
 		 161 aa  48.5  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.978086  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1436  periplasmic protein  30 
 
 		 161 aa  48.5  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0368  protein of unknown function, Spy-related  26.29 
 
 		 163 aa  47  0.0001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000528053  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1448  periplasmic protein  25.36 
 
 		 161 aa  46.2  0.0003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.351784 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3377  protein of unknown function Spy-related  28.78 
 
 		 157 aa  45.4  0.0004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1987  periplasmic protein  29.41 
 
 		 156 aa  45.1  0.0005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.243751  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1889  periplasmic protein  27.27 
 
 		 161 aa  43.1  0.002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0214955 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1964  periplasmic protein  27.27 
 
 		 161 aa  43.1  0.002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2461  periplasmic protein  27.27 
 
 		 161 aa  43.1  0.002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.771279 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01700  hypothetical protein  26.36 
 
 		 161 aa  42  0.004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01712  envelope stress induced periplasmic protein  26.36 
 
 		 161 aa  42  0.004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1899  protein of unknown function Spy-related protein  26.36 
 
 		 161 aa  41.6  0.005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.185725  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1825  periplasmic protein  26.36 
 
 		 161 aa  41.6  0.005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2402  hypothetical protein  29.71 
 
 		 184 aa  41.2  0.008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1790  hypothetical protein  29.71 
 
 		 184 aa  41.2  0.008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2406  hypothetical protein  29.71 
 
 		 184 aa  40.8  0.009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.276249  normal  0.0117496 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0313  spheroplast protein y precursor, putative  29.75 
 
 		 163 aa  41.2  0.009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000163608  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>