68 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS03689 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS03689  hydrolase transmembrane protein  100 
 
 		 401 aa  816    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0493131  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1643  lysozyme  63.41 
 
 		 451 aa  581  1e-164  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.197818 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1670  chitinase  63.64 
 
 		 451 aa  568  1e-161  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0521998  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1190  chitinase  63.64 
 
 		 451 aa  568  1e-161  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0835249  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1569  chitinase  64.08 
 
 		 451 aa  566  1e-160  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.873549  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1588  lysozyme  63.64 
 
 		 451 aa  561  1.0000000000000001e-159  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.421382  normal  0.415988 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4818  glycosyl hydrolase family chitinase  61.86 
 
 		 451 aa  546  1e-154  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.642032 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2402  glycosy hydrolase family protein  61.43 
 
 		 504 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.924859  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1946  glycosy hydrolase family protein  60.93 
 
 		 453 aa  503  1e-141  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2109  glycosy hydrolase family protein  61.43 
 
 		 453 aa  500  1e-140  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0268  glycosy hydrolase family protein  61.21 
 
 		 453 aa  499  1e-140  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.224241  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1962  glycosy hydrolase family protein  61.21 
 
 		 449 aa  499  1e-140  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.639701  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1165  glycosy hydrolase family protein  61.21 
 
 		 453 aa  499  1e-140  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00309995  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1606  glycosy hydrolase family protein  61.21 
 
 		 453 aa  499  1e-140  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.508169  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0892  glycosy hydrolase family protein  61.21 
 
 		 453 aa  499  1e-140  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0799389  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0302  Lysozyme  44.76 
 
 		 507 aa  249  6e-65  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6988  lysozyme  43.59 
 
 		 539 aa  223  7e-57  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.14763  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0432  cellulose-binding family II  42.26 
 
 		 562 aa  217  4e-55  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.302151 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_2006  cellulose-binding family II  41.8 
 
 		 1194 aa  216  5.9999999999999996e-55  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0781083  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3209  Chitinase  35.34 
 
 		 537 aa  201  9.999999999999999e-51  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.220634  hitchhiker  0.00289702 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5623  Lysozyme  42.45 
 
 		 426 aa  190  2.9999999999999997e-47  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.700904  normal  0.234327 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0887  Chitinase  36.22 
 
 		 540 aa  190  5e-47  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.413274  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03140  hypothetical protein  36.16 
 
 		 686 aa  187  2e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.268345  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03189  periplasmic endochitinase  36.16 
 
 		 686 aa  187  2e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.407335  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0375  Lysozyme  36.16 
 
 		 897 aa  187  3e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.300851  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3533  bifunctional chitinase/lysozyme  36.16 
 
 		 897 aa  187  4e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0541888  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0375  lysozyme  36.16 
 
 		 897 aa  187  4e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0820031  normal  0.933049 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3505  chitinase, cellulase  38.17 
 
 		 2305 aa  180  4.999999999999999e-44  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0820772 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0038  chitinase domain-containing protein  34.33 
 
 		 593 aa  179  9e-44  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2141  chitinase  35.24 
 
 		 665 aa  178  1e-43  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.274855  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3556  Chitinase  36.81 
 
 		 358 aa  170  3e-41  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1493  Lysozyme  36.54 
 
 		 481 aa  169  5e-41  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.72016  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0879  fibronectin type III domain-containing protein  37.62 
 
 		 751 aa  167  4e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1229  glycosyl hydrolase family chitinase  33.94 
 
 		 393 aa  167  4e-40  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.413268  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3001  chitinase  40.69 
 
 		 2310 aa  166  1.0000000000000001e-39  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.426725  normal  0.0460481 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0020  Chitinase  35.03 
 
 		 543 aa  161  2e-38  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  decreased coverage  0.00474187  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2169  hypothetical protein  33.14 
 
 		 324 aa  157  3e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2921  PKD domain containing protein  34.25 
 
 		 623 aa  157  3e-37  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2142  hypothetical protein  33.24 
 
 		 324 aa  155  9e-37  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1445  Chitinase  36.16 
 
 		 597 aa  152  8e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.586711  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5624  Chitinase  31.27 
 
 		 421 aa  149  6e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.213544 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0387  sugar hydrolase  36.9 
 
 		 315 aa  149  1.0000000000000001e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0250299  normal  0.468483 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2490  Carbohydrate-binding CenC domain protein  34.6 
 
 		 526 aa  148  1.0000000000000001e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1021  carbohydrate-binding CenC domain-containing protein  38.44 
 
 		 490 aa  147  4.0000000000000006e-34  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.278615  normal  0.298749 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2033  glycosyl hydrolase family chitinase  33.15 
 
 		 591 aa  136  7.000000000000001e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.635984  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1022  Fibronectin type III domain-containing protein  31.8 
 
 		 492 aa  134  3e-30  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.871792  normal  0.307006 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1601  fibronectin, type III  29.84 
 
 		 548 aa  129  1.0000000000000001e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.751366 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1328  Ricin B lectin  35.35 
 
 		 452 aa  123  6e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.47915  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4397  hydrolase transmembrane protein  33.44 
 
 		 324 aa  123  7e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.591103  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6238  cellulose-binding family II  30.74 
 
 		 552 aa  122  9.999999999999999e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1918  hypothetical protein  31.13 
 
 		 561 aa  116  6e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4408  hypothetical protein  27.15 
 
 		 338 aa  115  1.0000000000000001e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2637  Ricin B lectin  31.11 
 
 		 465 aa  111  2.0000000000000002e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.352697  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2708  cellulose-binding family II  27.15 
 
 		 514 aa  108  1e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.494794 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2281  hypothetical protein  32.44 
 
 		 361 aa  105  2e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.120697  normal  0.125889 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6755  hypothetical protein  28.68 
 
 		 358 aa  95.9  1e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.319282 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2747  cellulose-binding domain-containing protein  29.82 
 
 		 671 aa  91.7  2e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0883  PKD domain containing protein  29.09 
 
 		 461 aa  83.2  0.000000000000008  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  decreased coverage  0.00168906  normal  0.17524 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3717  Carbohydrate-binding family V/XII  29.59 
 
 		 436 aa  70.5  0.00000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.609198  normal  0.0379459 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6728  glycosyl hydrolase family chitinase  28.11 
 
 		 365 aa  68.9  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.749881  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2924  PKD domain containing protein  25.44 
 
 		 521 aa  68.2  0.0000000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0135075  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0298  putative chitinase  53.49 
 
 		 574 aa  50.8  0.00004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6846  Chitinase  53.66 
 
 		 855 aa  49.7  0.00009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.403057  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004329  chitinase  52.63 
 
 		 567 aa  45.1  0.003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02194  hypothetical protein  48.65 
 
 		 985 aa  44.7  0.003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01081  hypothetical protein  50 
 
 		 566 aa  44.3  0.003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3091  5'-Nucleotidase domain protein  41.07 
 
 		 1577 aa  44.3  0.004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6134  glycoside hydrolase family 18  47.62 
 
 		 675 aa  42.7  0.01  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0040621 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>