81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS02596 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS02596  signal peptide protein  100 
 
 		 208 aa  415  9.999999999999999e-116  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.818766 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4357  Flp pilus assembly protein CpaB  75 
 
 		 307 aa  248  4e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4247  Flp pilus assembly protein CpaB  75 
 
 		 307 aa  248  4e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.262876 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5408  Flp pilus assembly CpaB  50.52 
 
 		 318 aa  159  4e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.842409  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4444  Flp pilus assembly protein CpaB  49.42 
 
 		 331 aa  155  4e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2799  putative signal peptide protein, CpaB like  45.88 
 
 		 316 aa  135  4e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.379155 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1652  Flp pilus assembly protein CpaB  44.97 
 
 		 316 aa  126  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.695685  normal  0.658487 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3653  pilus assembly protein  54.87 
 
 		 319 aa  123  2e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.588333  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1496  Flp pilus assembly protein CpaB  41.75 
 
 		 301 aa  121  6e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000496809  hitchhiker  0.000000663837 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1520  Flp pilus assembly CpaB  41.75 
 
 		 301 aa  121  6e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000592722  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1040  Flp pilus assembly CpaB  41.75 
 
 		 301 aa  121  6e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000512138  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4660  Flp pilus assembly CpaB  42.27 
 
 		 300 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000880779  hitchhiker  0.0033273 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1402  CpaB family Flp pilus assembly protein  41.24 
 
 		 301 aa  118  6e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.168447  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1940  CpaB family Flp pilus assembly protein  40.34 
 
 		 348 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0235089  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1049  putative pilus assembly protein CpaB  40.34 
 
 		 299 aa  112  3e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.342434  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1788  putative pilus assembly protein CpaB  40.34 
 
 		 299 aa  112  3e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1779  hypothetical protein  40.34 
 
 		 299 aa  112  3e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0116  hypothetical protein  40.34 
 
 		 299 aa  112  3e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1291  hypothetical protein  40.34 
 
 		 299 aa  112  3e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1767  putative pilus assembly protein CpaB  40.34 
 
 		 299 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.726426  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1733  Flp pilus assembly protein CpaB  38.86 
 
 		 313 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0619975  hitchhiker  0.0000143429 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2543  CpaB family Flp pilus assembly protein  38.71 
 
 		 292 aa  106  3e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2327  Flp pilus assembly protein CpaB  40.78 
 
 		 323 aa  105  5e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.296928  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1442  Flp pilus assembly protein CpaB  38.07 
 
 		 311 aa  105  5e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.257298 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2705  hypothetical protein  40.78 
 
 		 323 aa  105  5e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.787376  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2320  Flp pilus assembly protein CpaB  40.67 
 
 		 345 aa  90.5  1e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.249222 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0849  Flp pilus assembly protein CpaB  42.86 
 
 		 315 aa  91.3  1e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2073  Flp pilus assembly protein CpaB  38.46 
 
 		 363 aa  87.4  1e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10677  normal  0.723957 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0649  Flp pilus assembly CpaB  40.16 
 
 		 312 aa  80.1  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2163  Flp pilus assembly protein CpaB-like protein  39.73 
 
 		 316 aa  70.1  0.00000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.143104 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4390  Flp pilus assembly CpaB  36 
 
 		 319 aa  70.1  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.752776  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1643  Flp pilus assembly CpaB  30.46 
 
 		 299 aa  69.7  0.00000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000000168863  normal  0.463494 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4872  Flp pilus assembly protein CpaB  38.71 
 
 		 303 aa  68.2  0.00000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0982615  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4850  hypothetical protein  35.77 
 
 		 357 aa  68.2  0.00000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0750  Flp pilus assembly protein CpaB  30.64 
 
 		 298 aa  67.4  0.0000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55930  putative pilus assembly protein  37.9 
 
 		 303 aa  65.5  0.0000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.319663  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1492  SAF domain-containing protein  33.06 
 
 		 292 aa  63.5  0.000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7202  Flp pilus assembly CpaB  30.64 
 
 		 279 aa  62.8  0.000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.190401  normal  0.510287 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5499  Flp pilus assembly CpaB  30.64 
 
 		 279 aa  62  0.000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0386531  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6785  Flp pilus assembly CpaB  30.64 
 
 		 279 aa  62  0.000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0900902  normal  0.253203 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1113  SAF domain-containing protein  28.16 
 
 		 272 aa  61.2  0.000000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.376133  normal  0.153386 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6373  Flp pilus assembly protein CpaB  30.18 
 
 		 279 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0863874  normal  0.913106 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2114  SAF domain-containing protein  31.33 
 
 		 234 aa  60.1  0.00000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0799  Flp pilus assembly protein CpaB  35.66 
 
 		 263 aa  60.5  0.00000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.761688  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0646  SAF domain-containing protein  28.57 
 
 		 298 aa  59.3  0.00000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.361703 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4613  Flp pilus assembly protein CpaB  28.99 
 
 		 269 aa  58.5  0.00000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.310892 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5995  Flp pilus assembly protein CpaB  33.07 
 
 		 281 aa  58.2  0.00000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0325272  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6291  Flp pilus assembly CpaB  32.52 
 
 		 281 aa  58.2  0.00000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0737796  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0792  Flp pilus assembly CpaB  29.76 
 
 		 286 aa  57.8  0.0000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0325336  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0660  pilus assembly protein CpaB  31.98 
 
 		 262 aa  55.5  0.0000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.216985  normal  0.0982675 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1746  Flp pilus assembly protein CpaB  29.17 
 
 		 272 aa  55.1  0.0000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2267  pilus assembly protein  28.57 
 
 		 279 aa  55.1  0.0000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1311  pilus assembly transmembrane protein  28.57 
 
 		 281 aa  53.9  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2692  Flp pilus assembly protein CpaB  32.28 
 
 		 286 aa  53.5  0.000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.000594167  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2959  putative pilus assembly protein CpaB  28.57 
 
 		 281 aa  53.9  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3084  putative pilus assembly protein CpaB  28.57 
 
 		 281 aa  53.9  0.000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.208838  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2742  Flp pilus assembly protein CpaB  28.73 
 
 		 274 aa  52  0.000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5320  Flp pilus assembly protein CpaB  28.38 
 
 		 282 aa  51.2  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.201965  hitchhiker  0.00316438 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0648  Flp pilus assembly CpaB  30.08 
 
 		 281 aa  50.8  0.00001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.130635  normal  0.420596 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1657  Flp pilus assembly CpaB  31.48 
 
 		 342 aa  50.8  0.00001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.255393  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2643  Flp pilus assembly CpaB  26.81 
 
 		 280 aa  50.4  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.729326  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0706  Flp pilus assembly protein CpaB-like protein  30.81 
 
 		 298 aa  50.4  0.00002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2359  putative pilus assembly protein CpaB  25.34 
 
 		 272 aa  50.1  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.934464  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0592  Flp pilus assembly protein CpaB  28.38 
 
 		 283 aa  49.7  0.00003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.579977  normal  0.0629925 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0656  pilus assembly transmembrane protein  29.01 
 
 		 288 aa  49.3  0.00004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.360259 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1039  Flp pilus assembly protein CpaB  32.06 
 
 		 233 aa  49.3  0.00004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.268471  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3969  SAF domain-containing protein  32.67 
 
 		 322 aa  48.9  0.00006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.174798  normal  0.640767 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2318  Flp pilus assembly protein CpaB  28.87 
 
 		 233 aa  48.5  0.00007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0549  Flp pilus assembly protein CpaB  25 
 
 		 283 aa  48.5  0.00008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1080  Flp pilus assembly CpaB  30.88 
 
 		 342 aa  46.2  0.0003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0800  pilus assembly protein CpaB  30.23 
 
 		 266 aa  46.2  0.0003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1837  Flp pilus assembly protein CpaB  29.32 
 
 		 289 aa  45.8  0.0005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2916  Flp pilus assembly protein CpaB  32.59 
 
 		 307 aa  45.8  0.0005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1168  Flp pilus assembly protein CpaB  23.83 
 
 		 295 aa  44.7  0.001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.0000250468  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2828  Flp pilus assembly CpaB  34.09 
 
 		 307 aa  44.7  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1021  Flp pilus assembly protein CpaB  29.48 
 
 		 258 aa  44.7  0.001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4404  Flp pilus assembly protein CpaB  30.88 
 
 		 305 aa  43.1  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1518  Flp pilus assembly protein CpaB  28.85 
 
 		 280 aa  42.7  0.004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0069  SAF domain-containing protein  30.66 
 
 		 317 aa  42.4  0.005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.723058 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0392  Flp pilus assembly CpaB  24.85 
 
 		 260 aa  41.6  0.008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.373428  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2548  Flp pilus assembly CpaB  28.85 
 
 		 284 aa  41.6  0.008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.185177  normal  0.0976482 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>