More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS01992 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003296  RS01992  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  100 
 
 
461 aa  900    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3801  Chloride channel core  88.91 
 
 
464 aa  776    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.101597 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3914  Chloride channel core  88.91 
 
 
464 aa  776    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4701  Chloride channel core  77.06 
 
 
471 aa  604  1.0000000000000001e-171  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.10029 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1258  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  55.5 
 
 
577 aa  434  1e-120  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.725584  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0956  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  54.34 
 
 
579 aa  427  1e-118  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.872651  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2293  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  54.34 
 
 
636 aa  427  1e-118  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5033  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  52.51 
 
 
598 aa  426  1e-118  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.389584 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2101  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  54.34 
 
 
579 aa  427  1e-118  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.516415  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2291  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  53.99 
 
 
628 aa  427  1e-118  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.369864  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2160  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  54.34 
 
 
579 aa  427  1e-118  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1975  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  54.57 
 
 
591 aa  424  1e-117  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.224056  normal  0.0566649 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2283  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  54.48 
 
 
591 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1658  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  52.85 
 
 
593 aa  412  1e-114  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1658  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  52.62 
 
 
593 aa  412  1e-114  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1750  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  52.51 
 
 
589 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6342  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  52.28 
 
 
589 aa  404  1e-111  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.867968  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1737  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  52.28 
 
 
589 aa  404  1e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1522  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  52.85 
 
 
589 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.457794 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2543  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  47.63 
 
 
591 aa  327  3e-88  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.232119  normal  0.0827659 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2285  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  45.37 
 
 
426 aa  266  8e-70  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.397915  normal  0.187437 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0516  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  44.18 
 
 
601 aa  258  1e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.132092  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1867  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  44.34 
 
 
414 aa  250  3e-65  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.396231  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1979  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  44.58 
 
 
426 aa  249  8e-65  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3746  Cl- channel, voltage-gated family protein  45.45 
 
 
414 aa  244  3e-63  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.556146 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1592  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  42.09 
 
 
429 aa  238  1e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0733959 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0310  CBS  36.47 
 
 
615 aa  236  5.0000000000000005e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1660  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  42.33 
 
 
429 aa  233  4.0000000000000004e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1682  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  42.33 
 
 
429 aa  233  6e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.669275  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1601  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  42.33 
 
 
429 aa  233  6e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.262233  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1607  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  41.45 
 
 
418 aa  233  7.000000000000001e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1666  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  41.45 
 
 
418 aa  232  1e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2303  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  41.45 
 
 
418 aa  232  1e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0264865 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01561  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  41.45 
 
 
418 aa  231  2e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2038  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  41.45 
 
 
418 aa  231  2e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1849  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  42.15 
 
 
417 aa  231  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0455  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  39.63 
 
 
560 aa  231  2e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01551  hypothetical protein  41.45 
 
 
418 aa  231  2e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1800  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  41.45 
 
 
418 aa  231  2e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3482  Cl- channel, voltage-gated family protein  34.65 
 
 
582 aa  230  5e-59  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2051  Chloride channel core  41.43 
 
 
418 aa  229  6e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1779  putative voltage-gated ClC-type chloride channel ClcB  40.98 
 
 
418 aa  228  2e-58  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0367  Chloride channel core  33.69 
 
 
595 aa  226  5.0000000000000005e-58  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3181  chloride channel core  35.61 
 
 
669 aa  208  2e-52  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1639  Cl- channel voltage-gated family protein  36.73 
 
 
597 aa  204  2e-51  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2049  Chloride channel core  34.33 
 
 
596 aa  203  5e-51  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.993111  normal  0.527331 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2363  chloride channel family protein, putative  31.46 
 
 
614 aa  201  3e-50  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.325858  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1107  Chloride channel core  31.28 
 
 
470 aa  197  3e-49  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3470  Cl- channel, voltage gated  31.65 
 
 
613 aa  197  3e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1448  Chloride channel core  31.35 
 
 
627 aa  195  1e-48  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.132053  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2794  chloride channel protein EriC  30.11 
 
 
608 aa  191  2e-47  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000831422  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2501  Cl- channel, voltage gated  36.75 
 
 
626 aa  182  8.000000000000001e-45  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.169723  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1352  Cl- channel, voltage gated  31.51 
 
 
577 aa  182  9.000000000000001e-45  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0041  Cl- channel, voltage-gated family protein  32.04 
 
 
587 aa  177  3e-43  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11720  Chloride channel core  31.22 
 
 
402 aa  174  1.9999999999999998e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000807988  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2413  chloride channel core  37.12 
 
 
579 aa  173  6.999999999999999e-42  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1400  chloride channel, putative  28.77 
 
 
631 aa  171  3e-41  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3819  Cl- channel voltage-gated family protein  31.88 
 
 
456 aa  169  1e-40  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1620  chloride channel protein EriC  30.21 
 
 
606 aa  169  1e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1184  Chloride channel core  30.63 
 
 
628 aa  169  1e-40  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0945746  normal  0.895336 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6434  Chloride channel core  35.7 
 
 
600 aa  168  2e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.741309 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1863  Cl- channel, voltage gated  32.2 
 
 
569 aa  167  2.9999999999999998e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1102  Cl- channel voltage-gated family protein  31.59 
 
 
584 aa  165  1.0000000000000001e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1246  Cl- channel, voltage-gated family protein  33.24 
 
 
620 aa  165  2.0000000000000002e-39  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0919  chloride channel, putative  32.11 
 
 
624 aa  164  3e-39  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.870319  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1447  Cl- channel voltage-gated family protein  33.49 
 
 
598 aa  163  7e-39  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.0000054528  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1514  Chloride channel core  33.43 
 
 
627 aa  162  9e-39  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0845  Chloride channel core  37.09 
 
 
640 aa  161  3e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0525209 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1823  putative chloride channel  33.81 
 
 
593 aa  160  4e-38  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.039576  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2221  putative chloride channel  33.09 
 
 
590 aa  160  5e-38  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.247066  decreased coverage  0.00811968 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2526  Chloride channel core  38.44 
 
 
589 aa  157  3e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2446  chloride channel core  29.76 
 
 
603 aa  157  5.0000000000000005e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2439  chloride channel core protein  37.9 
 
 
589 aa  156  8e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.590865  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1059  Chloride channel core  32.21 
 
 
625 aa  156  8e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0433  Cl- channel, voltage-gated family protein  33.25 
 
 
575 aa  155  1e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.346865  normal  0.0128311 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1465  Cl- channel, voltage-gated family protein  31.2 
 
 
580 aa  154  4e-36  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1421  Cl- channel, voltage gated  37.9 
 
 
586 aa  153  7e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2746  Cl- channel, voltage gated  31.77 
 
 
543 aa  152  1e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.43501  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1257  chloride channel-like  38.94 
 
 
615 aa  148  2.0000000000000003e-34  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.95023  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0695  chloride channel protein  30.48 
 
 
466 aa  147  3e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.750689  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4216  Chloride channel core  35.54 
 
 
863 aa  143  5e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.298005 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0690  Cl- channel, voltage-gated family protein  32.25 
 
 
591 aa  142  9e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.441434  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1534  Cl- channel, voltage gated  33.65 
 
 
527 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.123029  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0866  chloride channel protein  28.85 
 
 
470 aa  142  9.999999999999999e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0280286  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2412  putative chloride channel protein  30.98 
 
 
562 aa  139  1e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.03983  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0693  Cl- channel, voltage gated  31.25 
 
 
564 aa  138  2e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0559233  hitchhiker  0.000374815 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3504  chloride channel family protein  31.33 
 
 
602 aa  138  3.0000000000000003e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1877  Cl- channel voltage-gated family protein  29.93 
 
 
859 aa  137  3.0000000000000003e-31  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0358  Cl- channel, voltage gated  33.76 
 
 
575 aa  137  4e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0832  chloride channel  28.75 
 
 
585 aa  136  6.0000000000000005e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2181  Cl- channel voltage-gated family protein  31.36 
 
 
634 aa  136  8e-31  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3124  Cl- channel, voltage gated  35.54 
 
 
596 aa  135  1.9999999999999998e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3102  chloride channel protein  31.19 
 
 
471 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.965417  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2054  Cl- channel, voltage-gated family protein  32.15 
 
 
565 aa  134  1.9999999999999998e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.345027 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2176  chloride channel protein  32.36 
 
 
466 aa  134  3e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.462447  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3883  chloride channel core  32.46 
 
 
603 aa  134  3e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.457213 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2162  Cl- channel, voltage gated  29.38 
 
 
862 aa  134  3.9999999999999996e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.30551 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2950  Cl- channel, voltage gated  27.49 
 
 
613 aa  134  3.9999999999999996e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.952562  normal 
 
 
-
 
NC_014249  Aazo_5334  Cl- channel voltage-gated family protein  33.13 
 
 
863 aa  134  3.9999999999999996e-30  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.817477  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0176  chloride channel core  29 
 
 
586 aa  133  6.999999999999999e-30  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.406579 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>