More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS01947 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003296  RS01947  lipoprotein  100 
 
 
277 aa  557  1e-158  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0418  OmpA/MotB domain-containing protein  69.29 
 
 
316 aa  338  4e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.661169 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2828  OmpA domain-containing protein  68.46 
 
 
310 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3635  OmpA family domain-containing protein  68.46 
 
 
310 aa  336  1.9999999999999998e-91  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.837065  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3652  ompA family protein  68.46 
 
 
310 aa  336  1.9999999999999998e-91  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0672699  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3149  ompA family protein  68.46 
 
 
310 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0052  ompA family protein  68.46 
 
 
310 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.757478  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1715  ompA family protein  68.46 
 
 
310 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.706939  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0391  OmpA/MotB domain-containing protein  68.88 
 
 
316 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.908149  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3627  ompA family protein  68.46 
 
 
310 aa  336  2.9999999999999997e-91  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.574456  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3573  OmpA/MotB family outer membrane protein  66.8 
 
 
320 aa  330  1e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2909  OmpA/MotB domain-containing protein  68.7 
 
 
316 aa  330  2e-89  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2956  OmpA domain-containing protein  67.63 
 
 
311 aa  329  4e-89  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0457  OmpA/MotB domain-containing protein  65.98 
 
 
316 aa  328  8e-89  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.518918  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0483  OmpA/MotB domain-containing protein  65.56 
 
 
316 aa  325  4.0000000000000003e-88  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4921  OmpA/MotB domain protein  67.98 
 
 
320 aa  325  5e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.730269  normal  0.0282337 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2622  OmpA/MotB  65.56 
 
 
247 aa  325  5e-88  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2186  OmpA/MotB  52.55 
 
 
261 aa  275  5e-73  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.813055  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04698  OmpA family domain protein  51.33 
 
 
268 aa  238  5e-62  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0684754  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0502  OmpA/MotB  31.25 
 
 
463 aa  118  7.999999999999999e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.605644 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0772  OmpA/MotB  32.07 
 
 
464 aa  113  3e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.226683 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0631  OmpA/MotB  32.5 
 
 
463 aa  113  4.0000000000000004e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5270  OmpA/MotB domain protein  32.49 
 
 
464 aa  112  9e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0753  OmpA domain-containing protein  33.05 
 
 
464 aa  112  9e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.767935 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2625  OmpA/MotB  60 
 
 
85 aa  112  9e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0109617  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0480  OmpA/MotB domain-containing protein  60 
 
 
85 aa  112  9e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1196  OmpA/MotB domain-containing protein  32.77 
 
 
459 aa  111  1.0000000000000001e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0884  OmpA/MotB  29.24 
 
 
464 aa  107  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.138624  normal  0.799439 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1944  OmpA/MotB domain protein  43.2 
 
 
445 aa  107  3e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000859012 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0218  OmpA/MotB domain-containing protein  31.44 
 
 
642 aa  105  8e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4927  OmpA/MotB  31.36 
 
 
464 aa  103  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.989181  normal  0.828832 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1009  OmpA family outer membrane protein  31.45 
 
 
652 aa  98.2  1e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1468  OmpA/MotB domain protein  49 
 
 
227 aa  98.2  1e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.831013  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1262  OmpA/MotB  46.08 
 
 
217 aa  97.1  3e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.140432  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2669  OmpA/MotB domain-containing protein  31.05 
 
 
652 aa  97.1  3e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.650206 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3650  OmpA/MotB domain-containing protein  46 
 
 
222 aa  95.5  8e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3730  OmpA/MotB domain protein  45.54 
 
 
440 aa  95.1  1e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.331233  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41140  OmpA family protein  44.55 
 
 
222 aa  95.1  1e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1005  OmpA/MotB  45 
 
 
229 aa  94  2e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.558785  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3770  OmpA/MotB domain-containing protein  47.06 
 
 
440 aa  94.7  2e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53500  hypothetical protein  45 
 
 
237 aa  93.6  3e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00118983 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3914  OmpA/MotB  47.06 
 
 
658 aa  94  3e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4687  hypothetical protein  45 
 
 
237 aa  93.6  3e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.427745  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1284  OmpA/MotB domain protein  46.08 
 
 
456 aa  93.2  4e-18  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1164  ompA family protein  44 
 
 
229 aa  92.8  5e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.867796  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3804  OmpA/MotB domain protein  47.12 
 
 
543 aa  92.8  5e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0280  OmpA family outer membrane protein  38.68 
 
 
533 aa  92.8  5e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2454  outer membrane protein  49.5 
 
 
402 aa  92.8  5e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0798  OmpA/MotB domain-containing protein  44 
 
 
247 aa  92.8  5e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.870311  normal  0.182881 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4115  OmpA/MotB domain protein  29.93 
 
 
525 aa  92.8  5e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1798  OmpA/MotB  43.69 
 
 
294 aa  92.8  5e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.797204  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1947  OmpA/MotB domain protein  41.58 
 
 
490 aa  92.8  5e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.323456  normal  0.0242284 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0812  OmpA/MotB domain-containing protein  44 
 
 
240 aa  92.8  5e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0773  OmpA/MotB domain protein  44 
 
 
236 aa  92.8  6e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.892444  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1563  OmpA/MotB domain protein  44.12 
 
 
231 aa  92.4  7e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.398665  normal  0.301983 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5600  OmpA/MotB domain protein  45.54 
 
 
537 aa  92.4  8e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.372086  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3081  OmpA/MotB  35.59 
 
 
653 aa  92  8e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3888  OmpA/MotB domain protein  47.12 
 
 
544 aa  92  9e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.457406  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0313  OmpA/MotB domain-containing protein  29.11 
 
 
537 aa  92  9e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0125359  hitchhiker  0.00574347 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4416  OmpA/MotB domain-containing protein  44 
 
 
240 aa  92  1e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.632487  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5762  OmpA/MotB domain-containing protein  44.55 
 
 
420 aa  91.7  1e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3747  OmpA/MotB family outer membrane protein  46.15 
 
 
542 aa  91.3  1e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.598443  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0307  OmpA/MotB  37.74 
 
 
533 aa  91.7  1e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3825  OmpA/MotB domain-containing protein  29 
 
 
729 aa  91.7  1e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.263673  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5226  OmpA/MotB domain protein  44.23 
 
 
193 aa  91.3  2e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.310662  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3949  OmpA/MotB family outer membrane protein  39.69 
 
 
407 aa  91.3  2e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.243665  normal  0.26275 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3060  putative outer membrane protein and related peptidoglycan-associated (lipo)proteins  28.69 
 
 
707 aa  90.5  3e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0062  putative outer membrane lipoprotein  42.31 
 
 
220 aa  89.4  5e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4703  OmpA/MotB  45 
 
 
237 aa  89.7  5e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0558247 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6431  OmpA/MotB domain protein  42.57 
 
 
449 aa  89.4  6e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4333  porin  44 
 
 
221 aa  89.4  6e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2532  OmpA/MotB  43.14 
 
 
319 aa  89  7e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  unclonable  0.0000000000651702  n/a   
 
 
 
NC_008255  CHU_1932  outer membrane protein  36.89 
 
 
424 aa  89  7e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.259358 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4718  OmpA/MotB domain-containing protein  44.9 
 
 
219 aa  89  8e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.790715 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4193  OmpA/MotB family outer membrane protein  41.58 
 
 
248 aa  89  8e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4347  OmpA/MotB domain protein  42.57 
 
 
206 aa  89  9e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1654  OmpA/MotB domain-containing protein  39.82 
 
 
344 aa  88.2  1e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  decreased coverage  0.00000122259  normal  0.141809 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1570  OmpA/MotB domain-containing protein  41.07 
 
 
498 aa  88.6  1e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00583575 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0019  OmpA/MotB domain-containing protein  44.34 
 
 
510 aa  88.6  1e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0746655  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4325  OmpA/MotB domain protein  42.57 
 
 
206 aa  88.2  1e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2593  OmpA/MotB domain protein  44.55 
 
 
209 aa  87.8  2e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.199586 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0675  OmpA  43.56 
 
 
212 aa  87.4  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1397  OmpA/MotB domain protein  44.44 
 
 
218 aa  87.4  2e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3649  OmpA/MotB domain-containing protein  41.58 
 
 
218 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2463  OmpA/MotB domain-containing protein  44.44 
 
 
218 aa  87.4  2e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.249955 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0258  OmpA/MotB domain-containing protein  41.12 
 
 
231 aa  88.2  2e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.686752  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1877  OmpA/MotB  41.59 
 
 
434 aa  87.4  2e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0777893 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3101  OmpA domain protein  44.64 
 
 
617 aa  87.4  2e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.409183  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3279  OmpA/MotB domain-containing protein  43.43 
 
 
219 aa  87  3e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.209932  normal  0.606856 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2189  OmpA/MotB domain protein  43.56 
 
 
209 aa  87  3e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.406433 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0272  OmpA/MotB domain-containing protein  39.42 
 
 
224 aa  86.7  4e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1781  OmpA/MotB domain protein  41.82 
 
 
658 aa  86.7  4e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.973049 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0087  OmpA/MotB domain protein  45.1 
 
 
638 aa  86.7  4e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.706049 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4033  OmpA/MotB domain protein  43.69 
 
 
374 aa  86.3  5e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.659004  normal  0.277798 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3118  OmpA/MotB domain-containing protein  43.43 
 
 
242 aa  86.3  5e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0113937 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1572  OmpA/MotB  44.44 
 
 
212 aa  86.3  5e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00161285  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1157  OmpA/MotB domain-containing protein  43.27 
 
 
506 aa  86.3  5e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.729214 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3096  OmpA family protein  35.29 
 
 
222 aa  86.3  6e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.625816  normal  0.135451 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7144  OmpA family protein  47.06 
 
 
332 aa  85.9  6e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0509  surface antigen protein  41.23 
 
 
218 aa  85.9  7e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0324571  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>