230 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_4219 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_4219  OmpW  100 
 
 		 229 aa  464  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.922392 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4324  OmpW  85.15 
 
 		 229 aa  396  1e-109  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.238365 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4994  OmpW family protein  83.41 
 
 		 229 aa  387  1e-106  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4394  OmpW  77.83 
 
 		 230 aa  370  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.140783 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0946  putative outer membrane protein precursor of unknown function  59.26 
 
 		 243 aa  292  2e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.270942  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1968  OmpW family protein  55.6 
 
 		 228 aa  241  6e-63  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.135565 
 
 
-
 
NC_004310  BR1562  hypothetical protein  59.38 
 
 		 227 aa  240  1e-62  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1510  hypothetical protein  59.38 
 
 		 227 aa  240  1e-62  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1603  OmpW family protein  56.25 
 
 		 227 aa  233  2.0000000000000002e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2305  OmpW family protein  55.4 
 
 		 233 aa  227  1e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.535052  normal  0.101902 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3800  outer membrane protein  52.61 
 
 		 233 aa  223  3e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.550263  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0580  OmpW family protein  54.59 
 
 		 224 aa  214  7e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00513133 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2319  OmpW family protein  47.18 
 
 		 243 aa  186  2e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0284757 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0777  OmpW family protein  43.28 
 
 		 267 aa  184  1.0000000000000001e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.362007  normal  0.262846 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0719  OmpW family protein  42.05 
 
 		 214 aa  154  8e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1128  OmpW family protein  44.67 
 
 		 210 aa  153  2e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.913908  normal  0.155825 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0976  OmpW family protein  37.85 
 
 		 210 aa  145  7.0000000000000006e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.591363 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0595  OmpW family protein  43.23 
 
 		 206 aa  140  1.9999999999999998e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.761797  hitchhiker  0.00324214 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4836  OmpW family protein  46.03 
 
 		 204 aa  139  3.9999999999999997e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5385  OmpW family protein  40.21 
 
 		 211 aa  138  7e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1985  OmpW family protein  37.76 
 
 		 264 aa  134  1.9999999999999998e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.810927  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1282  OmpW family protein  36.75 
 
 		 215 aa  133  3e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.851458 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1585  OmpW family protein  41.08 
 
 		 195 aa  132  5e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2289  OmpW family protein  41.08 
 
 		 195 aa  132  5e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.473084  normal  0.0354952 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1957  OmpW family protein  38.95 
 
 		 221 aa  131  1.0000000000000001e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1507  OmpW family protein  39.67 
 
 		 216 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.157524 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0627  OmpW  36.62 
 
 		 219 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000035393  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2313  OmpW family protein  36.96 
 
 		 222 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.742705  normal  0.203031 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1490  putative outer membrane signal peptide protein  40.41 
 
 		 228 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.709079 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2127  OmpW family outer membrane protein  35.09 
 
 		 214 aa  126  3e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.767621  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1304  OmpW family outer membrane protein  35.09 
 
 		 214 aa  125  5e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.115603  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2182  OmpW family outer membrane protein  35.09 
 
 		 214 aa  125  5e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.556  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5052  OmpW family protein  38.59 
 
 		 213 aa  125  5e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.394999  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2273  OmpW family outer membrane protein  35.09 
 
 		 214 aa  125  5e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.155378  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1791  OmpW family outer membrane protein  35.09 
 
 		 214 aa  125  5e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.363185  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0104  OmpW family outer membrane protein  35.09 
 
 		 214 aa  125  5e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2898  OmpW family protein  37.76 
 
 		 224 aa  123  2e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.116293 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2313  outer membrane protein W precursor  38.92 
 
 		 194 aa  124  2e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1769  OmpW family protein  38.04 
 
 		 212 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.51453 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3245  OmpW family protein  38.27 
 
 		 224 aa  123  2e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6323  OmpW  38.04 
 
 		 212 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1680  OmpW family protein  38.04 
 
 		 221 aa  124  2e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.163769  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1061  OmpW family outer membrane protein  38.92 
 
 		 194 aa  124  2e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1756  OmpW family protein  38.04 
 
 		 212 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1675  OmpW family protein  38.04 
 
 		 213 aa  124  2e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0685141  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5426  OmpW  39.04 
 
 		 216 aa  122  4e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.73158  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5886  OmpW family outer membrane protein  36.8 
 
 		 245 aa  122  5e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3094  OmpW family protein  38.34 
 
 		 219 aa  121  8e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.000267766  normal  0.518029 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1946  OmpW family outer membrane porin  35.33 
 
 		 218 aa  118  7.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000112582  normal  0.916389 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0280  OmpW  39.25 
 
 		 227 aa  117  9.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2967  outer membrane signal peptide protein  38.22 
 
 		 224 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0220  OmpW family protein  39.25 
 
 		 198 aa  117  1.9999999999999998e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.221002 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0535  outer membrane protein, OmpW  39.52 
 
 		 208 aa  115  6e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.173529  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0564  OmpW family protein  39.05 
 
 		 208 aa  115  6e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0116  OmpW family protein  41.86 
 
 		 198 aa  115  6.9999999999999995e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0772399 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3005  OmpW family protein  35.23 
 
 		 202 aa  114  8.999999999999998e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.561754  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0567  OmpW family protein  39.52 
 
 		 208 aa  114  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.898209  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4877  OmpW family protein  35.21 
 
 		 251 aa  112  5e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.913281  normal  0.338294 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2445  OmpW family protein  34.22 
 
 		 214 aa  110  2.0000000000000002e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.334993  normal  0.396638 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1749  OmpW family protein  35.68 
 
 		 226 aa  107  1e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2579  OmpW  36.69 
 
 		 228 aa  107  2e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.793769  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1086  OmpW family protein  34.57 
 
 		 216 aa  104  1e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.832301 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2085  OmpW family protein  33.87 
 
 		 226 aa  103  2e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.350227  hitchhiker  0.00113092 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5444  OmpW family protein  34.34 
 
 		 227 aa  99.4  4e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.230976  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1545  OmpW family protein  33.51 
 
 		 238 aa  99.4  4e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.281829  normal  0.0125909 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3290  putative outer membrane signal peptide protein  37.43 
 
 		 196 aa  95.5  7e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.106393  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0155  OmpW family protein  37.58 
 
 		 255 aa  94.4  1e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000282496 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0370  outer membrane protein W  32.56 
 
 		 217 aa  93.6  3e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0436  OmpW family protein  31.64 
 
 		 230 aa  92.4  5e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.322877  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06904  outer membrane protein W  32.86 
 
 		 213 aa  92  7e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2534  outer membrane protein W  33.33 
 
 		 218 aa  92  8e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000903  outer membrane protein W precursor  34.58 
 
 		 214 aa  90.5  2e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1677  OmpW  31.66 
 
 		 223 aa  89.4  4e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.673806  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00029  outer membrane protein OmpW  33.83 
 
 		 224 aa  88.2  1e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.25785  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0434  OmpW family protein  29.7 
 
 		 246 aa  86.3  3e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0587861  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1392  outer membrane protein W  32.8 
 
 		 215 aa  83.6  0.000000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00591184  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3207  outer membrane protein W  32.28 
 
 		 214 aa  83.6  0.000000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000387398  unclonable  0.0000000173343 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0030  OmpW  35 
 
 		 227 aa  83.6  0.000000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.109784  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2480  OmpW family protein  31.33 
 
 		 211 aa  83.6  0.000000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.586592  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1371  outer membrane protein W  38.31 
 
 		 213 aa  82.4  0.000000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0573693 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1299  OmpW family protein  30.73 
 
 		 202 aa  80.1  0.00000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0529248  normal  0.202577 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1485  outer membrane protein W  29.86 
 
 		 214 aa  80.1  0.00000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0850248  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1521  outer membrane protein W  29.86 
 
 		 214 aa  80.1  0.00000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00262855  normal  0.530215 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0238  OmpW  34 
 
 		 209 aa  79.7  0.00000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1052  OmpW  31.61 
 
 		 211 aa  79.7  0.00000000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2012  OmpW family protein  32.2 
 
 		 200 aa  80.1  0.00000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0700  OmpW family protein  32.02 
 
 		 202 aa  79.7  0.00000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.496076  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2000  outer membrane protein W  32.29 
 
 		 210 aa  79.7  0.00000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1673  outer membrane protein W  29.72 
 
 		 214 aa  79.3  0.00000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3220  OmpW family protein  31.41 
 
 		 209 aa  79.7  0.00000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.185502  normal  0.270879 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2507  outer membrane protein  32.58 
 
 		 203 aa  79  0.00000000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0804612  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1169  OmpW family protein  32.53 
 
 		 201 aa  79  0.00000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.122792  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1940  outer membrane protein W  32.2 
 
 		 211 aa  78.2  0.00000000000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.218273  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2322  outer membrane protein W  32.2 
 
 		 211 aa  78.2  0.00000000000009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2299  outer membrane protein W  31.77 
 
 		 210 aa  78.2  0.0000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2554  outer membrane protein W  32.8 
 
 		 213 aa  77.8  0.0000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.030228  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1469  outer membrane protein W  30.87 
 
 		 215 aa  78.2  0.0000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000000900043  hitchhiker  0.0000643724 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2049  outer membrane protein W  31.71 
 
 		 211 aa  77  0.0000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1939  outer membrane protein W  32.63 
 
 		 210 aa  77  0.0000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.940404  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0734  OmpW  29.03 
 
 		 200 aa  76.6  0.0000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>