More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_4188 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008255  CHU_0161  copper transport protein  37.01 
 
 
1456 aa  676    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.68268 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4386  CzcA family heavy metal efflux protein  37.46 
 
 
1058 aa  649    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0830  CzcA family heavy metal efflux protein  42.1 
 
 
1034 aa  793    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1332  CzcA family heavy metal efflux protein  36.07 
 
 
1045 aa  637    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2135  CzcA family heavy metal efflux protein  42.18 
 
 
1034 aa  778    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0043  CzcA family cobalt/zinc/cadmium efflux transporter permease  41.04 
 
 
1053 aa  778    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.815586  hitchhiker  0.00000942954 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2410  cobalt-zinc-cadmium resistance protein CzcA  41.63 
 
 
1048 aa  748    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.90909  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0978  CzcA family heavy metal efflux protein  39.82 
 
 
1021 aa  645    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1239  CzcA family heavy metal efflux protein  43.58 
 
 
1032 aa  772    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1298  CzcA family heavy metal efflux protein  42.91 
 
 
1033 aa  800    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0518  CzcA family heavy metal efflux protein  38.89 
 
 
1070 aa  652    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2264  CzcA family heavy metal efflux protein  36.98 
 
 
1066 aa  645    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2720  CzcA family heavy metal efflux protein  62.48 
 
 
1016 aa  1217    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.541366  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00409  putative cation efflux system transmembrane protein  43.46 
 
 
1049 aa  737    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0305789  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02377  putative cation efflux system transmembrane protein  36.88 
 
 
1038 aa  639    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.127084 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0493  cation efflux system transmembrane protein  42.33 
 
 
1064 aa  788    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1943  cation efflux system protein CzcA  47.99 
 
 
1024 aa  949    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.166034  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1959  putative RND efflux system protein  39.25 
 
 
1038 aa  686    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2867  CzcA family heavy metal efflux protein  38.11 
 
 
1066 aa  679    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.212232  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0520  CzcA family heavy metal efflux protein  38.56 
 
 
1075 aa  652    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0375  cation efflux family protein  42 
 
 
1053 aa  778    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1029  heavy metal efflux pump CzcA  42.53 
 
 
1077 aa  775    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0434658  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1512  cation efflux protein  37.24 
 
 
1455 aa  715    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.631882  normal  0.42011 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2371  HelA protein  42.49 
 
 
1049 aa  789    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1046  HelA protein  42.29 
 
 
1052 aa  780    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4803  heavy metal efflux pump CzcA  41.91 
 
 
1054 aa  773    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.791013  decreased coverage  0.00147418 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0296  heavy metal efflux pump CzcA  42.8 
 
 
1036 aa  724    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.100092  normal  0.521043 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4066  CzcA family heavy metal efflux protein  48.87 
 
 
1017 aa  982    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1875  heavy metal efflux pump CzcA  37.17 
 
 
1029 aa  640    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.66936  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2252  heavy metal efflux pump CzcA  41.43 
 
 
1032 aa  711    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2265  heavy metal efflux pump CzcA  36.42 
 
 
1051 aa  645    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.312771  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3457  heavy metal efflux pump, CzcA family protein  40.72 
 
 
1038 aa  696    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.230333  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2626  heavy metal efflux pump CzcA  40.88 
 
 
1032 aa  706    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.516302 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2801  heavy metal efflux pump CzcA  62.84 
 
 
1028 aa  1191    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.702528  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3503  heavy metal efflux pump CzcA  38.51 
 
 
1039 aa  677    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0796424  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3804  heavy metal efflux pump CzcA  43.74 
 
 
1038 aa  733    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.314763  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3968  heavy metal efflux pump CzcA  40.55 
 
 
1075 aa  757    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.108456  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5655  heavy metal efflux pump CzcA  55.91 
 
 
1037 aa  1110    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.657207  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0143  heavy metal efflux pump CzcA  60.31 
 
 
1023 aa  1111    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.609125  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1327  heavy metal efflux pump CzcA  41.67 
 
 
1059 aa  774    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.808518  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1457  heavy metal efflux pump CzcA  41.2 
 
 
1066 aa  692    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.40317  normal 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4384  CzcA family heavy metal efflux protein  37.69 
 
 
1047 aa  668    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.55849  normal  0.35087 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0031  heavy metal efflux pump CzcA  42.82 
 
 
1077 aa  781    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.399372  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0153  heavy metal efflux pump  42.33 
 
 
1045 aa  748    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1340  heavy metal efflux pump  40.46 
 
 
1047 aa  721    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.197837  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1418  heavy metal efflux pump  40.78 
 
 
1062 aa  723    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.765902  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3887  heavy metal efflux pump, CzcA family protein  49.85 
 
 
1017 aa  1001    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3621  heavy metal efflux pump CzcA  40.94 
 
 
1050 aa  771    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.099788  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3679  CzcA family heavy metal efflux protein  42.95 
 
 
1070 aa  783    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0973587  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2431  CzcA family heavy metal efflux protein  42.76 
 
 
1070 aa  783    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1547  heavy metal efflux pump CzcA  36.36 
 
 
1045 aa  652    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00394954  normal  0.706432 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3509  heavy metal efflux pump CzcA  41.89 
 
 
1034 aa  768    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0008  heavy metal efflux pump CzcA  56.95 
 
 
1028 aa  1157    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1428  heavy metal efflux pump CzcA  38.13 
 
 
1065 aa  704    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.905049  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1856  heavy metal efflux pump CzcA  36.99 
 
 
1064 aa  665    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2095  heavy metal efflux pump CzcA  37.78 
 
 
1037 aa  669    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.31475  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2011  heavy metal efflux pump CzcA  50.49 
 
 
1021 aa  1066    Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1113  heavy metal efflux pump CzcA  43.37 
 
 
1040 aa  791    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31010  putative cation efflux system protein  40.37 
 
 
1045 aa  703    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000160016  unclonable  6.07631e-21 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1639  heavy metal efflux pump CzcA  37.39 
 
 
1019 aa  651    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.550101  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2108  heavy metal efflux pump CzcA  40.59 
 
 
1058 aa  707    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1375  heavy metal efflux pump CzcA  43.3 
 
 
1077 aa  790    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1020  heavy metal efflux pump CzcA  44.97 
 
 
1022 aa  744    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3858  CzcA family heavy metal efflux protein  48.67 
 
 
1017 aa  980    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4294  heavy metal efflux pump CzcA  93.08 
 
 
1026 aa  1775    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.200453  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2146  heavy metal efflux pump CzcA  38.53 
 
 
1083 aa  695    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.580962  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0411  heavy metal efflux pump CzcA  35.72 
 
 
1043 aa  645    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1955  cation efflux system protein  39.69 
 
 
1043 aa  726    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.180895  normal  0.172462 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3768  Co/Zn/Cd efflux system membrane component  38.72 
 
 
1038 aa  706    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.799569 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2319  CzcA family heavy metal efflux protein  39.6 
 
 
1035 aa  668    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0504  heavy metal efflux pump CzcA  41.83 
 
 
1031 aa  787    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2551  heavy metal efflux pump CzcA  39.2 
 
 
1040 aa  724    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2566  heavy metal efflux pump CzcA  40.37 
 
 
1046 aa  725    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.609364 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3513  CzcA family heavy metal efflux protein  38.79 
 
 
1070 aa  649    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0707  RND heavy metal efflux pump, CzcA subunit  40.72 
 
 
1083 aa  752    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.768299  normal  0.553477 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0576  heavy metal efflux pump CzcA  38.19 
 
 
1077 aa  637    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2144  heavy metal efflux pump CzcA  41.03 
 
 
1070 aa  729    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.212316 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4154  CzcA family heavy metal efflux protein  40.33 
 
 
1046 aa  683    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.36883 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3341  heavy metal efflux pump CzcA  41.23 
 
 
1070 aa  729    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.197745 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3646  heavy metal efflux pump CzcA  40.51 
 
 
1056 aa  707    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.556421 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4188  heavy metal efflux pump CzcA  100 
 
 
1026 aa  2008    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.809737 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3586  heavy metal efflux pump, CzcA family protein  37.75 
 
 
1062 aa  642    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4404  heavy metal efflux pump CzcA  36.28 
 
 
1065 aa  649    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4533  heavy metal efflux pump CzcA  40.81 
 
 
1069 aa  741    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1850  heavy metal efflux pump CzcA  41.74 
 
 
1072 aa  727    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.252043  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3951  CzcA family heavy metal efflux protein  48.67 
 
 
1017 aa  981    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1889  heavy metal efflux pump CzcA  37.78 
 
 
1079 aa  700    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.921811  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5980  heavy metal resistance protein CzcA  40.35 
 
 
1063 aa  745    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000345716  normal  0.120659 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6145  proton antiporter cation efflux protein NccA  38.55 
 
 
1076 aa  668    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6210  heavy metal efflux pump CzcA  38.9 
 
 
1076 aa  700    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.339725  normal  0.173806 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3011  heavy metal efflux pump CzcA  58.2 
 
 
1009 aa  952    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0135257 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4123  heavy metal cation tricomponent efflux pump HmyA  43.59 
 
 
1023 aa  761    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4468  heavy metal cation tricomponent efflux pump HmuA  41.48 
 
 
1043 aa  764    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.186725  normal  0.0193618 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2337  CzcA family heavy metal efflux protein  40.06 
 
 
1046 aa  721    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.0037806  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2449  heavy metal efflux pump CzcA  38.74 
 
 
1075 aa  665    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0518  CzcA family heavy metal efflux protein  38.7 
 
 
1070 aa  648    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2569  heavy metal efflux pump CzcA  38.91 
 
 
1078 aa  680    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.819785  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2579  heavy metal efflux pump CzcA  37.42 
 
 
1081 aa  672    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.820402 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4684  heavy metal efflux pump CzcA  42.95 
 
 
1070 aa  783    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2031  CzcA family heavy metal efflux protein  36.94 
 
 
1037 aa  665    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>