88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3988 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_3988  hypothetical protein  100 
 
 
51 aa  105  1e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4469  hypothetical protein  79.17 
 
 
99 aa  82.4  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2823  addiction module killer protein  68.63 
 
 
98 aa  79.7  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.989709  normal  0.299861 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8269  addiction module killer protein  72.92 
 
 
101 aa  79  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0194328  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2533  hypothetical protein  67.35 
 
 
96 aa  76.6  0.0000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000474289 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1221  addiction module killer protein  67.35 
 
 
96 aa  75.1  0.0000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.958057  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40600  hypothetical protein  71.43 
 
 
96 aa  73.9  0.0000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0457  hypothetical protein  68.09 
 
 
98 aa  73.6  0.000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2671  hypothetical protein  62 
 
 
99 aa  72  0.000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.171981  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0419  hypothetical protein  62.75 
 
 
101 aa  71.6  0.000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.366932  normal  0.900283 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6940  hypothetical protein  64.71 
 
 
97 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.112291  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3266  addiction module killer protein  62 
 
 
100 aa  72  0.000000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3154  addiction module killer protein  63.27 
 
 
96 aa  70.1  0.000000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.429668  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1444  hypothetical protein  62.75 
 
 
104 aa  69.3  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0450  hypothetical protein  58 
 
 
98 aa  68.9  0.00000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0910099  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1331  addiction module killer protein  68.09 
 
 
48 aa  68.6  0.00000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0428301 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3081  hypothetical protein  62 
 
 
98 aa  67.8  0.00000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4036  addiction module killer protein  68.89 
 
 
100 aa  67.8  0.00000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.440638 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1814  hypothetical protein  56.86 
 
 
104 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2739  hypothetical protein  56.86 
 
 
104 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2689  hypothetical protein  56.86 
 
 
98 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0225  hypothetical protein  60 
 
 
105 aa  66.2  0.0000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.273138 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3175  addiction module killer protein  60.78 
 
 
100 aa  65.9  0.0000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1253  addiction module killer protein  56.86 
 
 
98 aa  65.1  0.0000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0899  addiction module killer protein  60 
 
 
102 aa  65.5  0.0000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000789076  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2208  addiction module killer protein  55.1 
 
 
99 aa  65.1  0.0000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.63367  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0568  hypothetical protein  59.18 
 
 
86 aa  65.1  0.0000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4948  addiction module killer protein  61.22 
 
 
101 aa  65.1  0.0000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.583991  normal  0.477972 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4582  hypothetical protein  60.42 
 
 
112 aa  65.1  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.213587  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3781  hypothetical protein  60.42 
 
 
112 aa  65.1  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.519742  normal  0.404926 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0569  addiction module killer protein  59.18 
 
 
96 aa  64.7  0.0000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.443198 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3742  addiction module killer protein  60.42 
 
 
112 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.655044 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2313  hypothetical protein  60.42 
 
 
112 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.940968 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0236  addiction module killer protein  59.18 
 
 
95 aa  62.4  0.000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4951  addiction module killer protein  58.33 
 
 
105 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2536  hypothetical protein  53.06 
 
 
99 aa  61.6  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.224598 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5508  hypothetical protein  56.25 
 
 
109 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3673  addiction module killer protein  56.25 
 
 
105 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0172  addiction module killer protein  51.02 
 
 
121 aa  59.3  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.916333  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0607  addiction module killer protein  51.06 
 
 
95 aa  59.3  0.00000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0862  hypothetical protein  57.78 
 
 
123 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.622779  normal  0.178504 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2008  hypothetical protein  51.02 
 
 
97 aa  58.2  0.00000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1687  addiction module killer protein  46 
 
 
98 aa  57.8  0.00000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05544  hypothetical protein  52 
 
 
75 aa  57.4  0.00000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0570  addiction module killer protein  51.02 
 
 
99 aa  57.4  0.00000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  unclonable  0.00000000000132448  unclonable  2.98787e-21 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1307  hypothetical protein  50 
 
 
115 aa  57.4  0.00000007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000276635  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0501  hypothetical protein  61.54 
 
 
115 aa  57  0.00000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0855  addiction module killer protein  52 
 
 
97 aa  56.2  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.503668  normal  0.632611 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4138  hypothetical protein  52 
 
 
113 aa  55.5  0.0000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0172764  normal  0.111049 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3122  hypothetical protein  52.17 
 
 
114 aa  55.1  0.0000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1183  hypothetical protein  52 
 
 
113 aa  55.5  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.18062  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6312  addiction module killer protein  43.14 
 
 
106 aa  55.1  0.0000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0289736  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1836  hypothetical protein  50 
 
 
115 aa  55.1  0.0000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.204816  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3001  addiction module killer protein  47.92 
 
 
107 aa  54.3  0.0000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2958  hypothetical protein  50 
 
 
116 aa  53.9  0.0000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.285599  normal  0.740348 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0041  addiction module killer protein  48 
 
 
105 aa  53.9  0.0000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0185  hypothetical protein  47.06 
 
 
102 aa  53.5  0.0000009  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.431442  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36110  hypothetical protein  50 
 
 
111 aa  53.1  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3921  addiction module killer protein  57.14 
 
 
110 aa  53.1  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0315086  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2516  hypothetical protein  61.9 
 
 
110 aa  53.1  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.726824  normal  0.463921 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4549  addiction module killer protein  53.33 
 
 
123 aa  53.5  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3599  hypothetical protein  57.14 
 
 
110 aa  53.1  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.164625  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0684  hypothetical protein  50 
 
 
99 aa  53.1  0.000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00337855  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2241  addiction module killer protein  48 
 
 
111 aa  53.1  0.000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1302  addiction module killer protein  45.1 
 
 
112 aa  53.1  0.000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4221  hypothetical protein  50 
 
 
107 aa  52.4  0.000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010518  Mrad2831_6456  addiction module killer protein  53.49 
 
 
108 aa  52  0.000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0367  addiction module killer protein  50 
 
 
118 aa  51.6  0.000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.247793 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5334  hypothetical protein  57.14 
 
 
110 aa  51.2  0.000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.723187  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3503  addiction module killer protein  57.14 
 
 
110 aa  51.2  0.000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.149451  hitchhiker  0.00969032 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4762  addiction module killer protein  53.49 
 
 
108 aa  50.4  0.000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.621816  normal  0.875805 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4242  addiction module killer protein  53.49 
 
 
108 aa  50.1  0.000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4612  addiction module killer protein  53.49 
 
 
108 aa  50.1  0.00001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.232205  normal  0.148561 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4017  hypothetical protein  47.06 
 
 
104 aa  48.9  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0016  probable addiction module killer protein  43.75 
 
 
111 aa  48.9  0.00003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.299758  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2734  addiction module killer protein  45.83 
 
 
112 aa  47.8  0.00005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3349  hypothetical protein  51.02 
 
 
112 aa  47.8  0.00005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.000920139  normal  0.437854 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0277  putative addiction module killer protein  46.94 
 
 
107 aa  47.8  0.00006  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2122  addiction module killer protein  55.81 
 
 
106 aa  47.4  0.00006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.434531  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0084  hypothetical protein  44.44 
 
 
118 aa  45.8  0.0002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.033356  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3915  hypothetical protein  43.75 
 
 
111 aa  45.8  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0050  addiction module killer protein  41.18 
 
 
108 aa  46.2  0.0002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3745  addiction module killer protein  44.19 
 
 
101 aa  45.1  0.0004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.117851  hitchhiker  0.00174099 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1427  hypothetical protein  41.67 
 
 
97 aa  43.5  0.001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0167884  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1200  hypothetical protein  41.67 
 
 
69 aa  42.7  0.002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.00000134873  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5374  hypothetical protein  41.86 
 
 
107 aa  42  0.003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.000336277  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1245  addiction module killer protein  40.48 
 
 
119 aa  40.4  0.009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0173  putative addiction module killer protein  52.78 
 
 
42 aa  40.4  0.009  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>