160 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3747 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_3747  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  100 
 
 
297 aa  590  1e-168  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00138219 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5287  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  66.43 
 
 
295 aa  404  1e-111  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.111529  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4820  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  66.78 
 
 
295 aa  404  1e-111  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0428449 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3992  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  64.65 
 
 
306 aa  396  1e-109  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.243579 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0627  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  65.17 
 
 
303 aa  392  1e-108  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.916979  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1719  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  63.97 
 
 
297 aa  392  1e-108  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.641378  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1302  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  63.51 
 
 
303 aa  390  1e-107  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3714  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  65.05 
 
 
315 aa  388  1e-107  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.213938  hitchhiker  0.000489008 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1852  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  63.36 
 
 
294 aa  383  1e-105  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00409299 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0165  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  63.64 
 
 
303 aa  375  1e-103  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6422  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  67.01 
 
 
300 aa  375  1e-103  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5365  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  64.55 
 
 
274 aa  375  1e-103  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0827781  normal  0.24577 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1600  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  62.8 
 
 
305 aa  370  1e-101  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2061  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  65.07 
 
 
309 aa  365  1e-100  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0172201 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3530  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  61.11 
 
 
301 aa  361  7.0000000000000005e-99  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.47035 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1922  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  59.09 
 
 
302 aa  349  2e-95  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0279  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  58.74 
 
 
302 aa  346  2e-94  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0728517  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1016  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  57.05 
 
 
302 aa  346  2e-94  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1605  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  48.25 
 
 
325 aa  271  1e-71  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.316081 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0602  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  45.61 
 
 
330 aa  268  1e-70  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.171113  normal  0.0295962 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0583  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  44.56 
 
 
320 aa  266  2.9999999999999995e-70  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0708  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  45.96 
 
 
332 aa  265  5.999999999999999e-70  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.630035  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1742  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  47.81 
 
 
276 aa  264  2e-69  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0545  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  46.5 
 
 
330 aa  262  4.999999999999999e-69  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.659162  normal  0.856578 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0630  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  46.81 
 
 
330 aa  262  6e-69  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.774634  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2632  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  41.13 
 
 
310 aa  219  3.9999999999999997e-56  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3752  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  40.47 
 
 
304 aa  209  5e-53  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0151043  hitchhiker  0.000466186 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3266  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  40.85 
 
 
304 aa  205  8e-52  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0475034 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0020  bacteriochlorophyll/chlorophyll synthetase  38.44 
 
 
343 aa  192  6e-48  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.999427  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3341  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  38.44 
 
 
337 aa  189  4e-47  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.03622 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0876  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  37.76 
 
 
326 aa  186  6e-46  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.140721 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1449  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  36.21 
 
 
333 aa  185  8e-46  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.482254  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1105  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  34.38 
 
 
299 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.359039  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0806  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  38.23 
 
 
317 aa  183  3e-45  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.196063  hitchhiker  0.00946917 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1236  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  37 
 
 
318 aa  183  3e-45  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3844  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  36.84 
 
 
340 aa  183  4.0000000000000006e-45  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_04901  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  36.86 
 
 
315 aa  182  7e-45  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1089  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  34.83 
 
 
333 aa  181  1e-44  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1145  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  35.42 
 
 
333 aa  179  4e-44  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2084  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  37.37 
 
 
339 aa  179  4.999999999999999e-44  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.296271  normal  0.748804 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0427  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  36.52 
 
 
315 aa  178  9e-44  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1759  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  36.9 
 
 
316 aa  177  2e-43  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1866  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  35.97 
 
 
326 aa  177  2e-43  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_04831  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  35.86 
 
 
315 aa  177  2e-43  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.652512  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_04811  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  36.9 
 
 
316 aa  177  2e-43  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.233119  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_04521  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  35.86 
 
 
315 aa  177  2e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_04241  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  37.33 
 
 
316 aa  177  2e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1892  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  35.97 
 
 
326 aa  176  4e-43  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0278945  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1155  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  33.45 
 
 
376 aa  176  4e-43  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.142622  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1390  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  33.56 
 
 
334 aa  175  8e-43  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.937819  normal 
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_46085  predicted protein  37.95 
 
 
423 aa  174  1.9999999999999998e-42  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.232641  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1573  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  37.02 
 
 
317 aa  172  5e-42  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0576608  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_20661  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  36.21 
 
 
336 aa  170  3e-41  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.22766 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0911  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  34.02 
 
 
300 aa  162  6e-39  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.714122 
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_16384  predicted protein  34.26 
 
 
317 aa  156  3e-37  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.960686  normal  0.418422 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1210  bacteriochlorophyll/chlorophyll synthetase  32.18 
 
 
305 aa  149  5e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.441233  normal  0.145879 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1538  bacteriochlorophyll c synthase  32.14 
 
 
338 aa  139  4.999999999999999e-32  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2226  bacteriochlorophyll c synthase  31.16 
 
 
336 aa  133  3.9999999999999996e-30  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2360  bacteriochlorophyll c synthase  30.99 
 
 
333 aa  131  1.0000000000000001e-29  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.663632  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2172  bacteriochlorophyll c synthase  30.63 
 
 
333 aa  129  5.0000000000000004e-29  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2227  bacteriochlorophyll c synthase  31.91 
 
 
335 aa  124  1e-27  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0238  bacteriochlorophyll c synthase  30.18 
 
 
334 aa  123  4e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.325704  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1998  bacteriochlorophyll c synthase  31.44 
 
 
333 aa  121  9.999999999999999e-27  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.451912 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0941  bacteriochlorophyll c synthase  28.89 
 
 
337 aa  120  1.9999999999999998e-26  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.459505 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0368  bacteriochlorophyll c synthase  32.65 
 
 
335 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.259035  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0209  bacteriochlorophyll c synthase  29.45 
 
 
334 aa  110  3e-23  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1679  prenyltransferase  30.06 
 
 
281 aa  80.5  0.00000000000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.558367  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0002  tocopherol phytyltransferase  29.19 
 
 
299 aa  79.3  0.00000000000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1863  prenyltransferase  28.49 
 
 
289 aa  72.4  0.000000000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.959148  normal  0.340007 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1142  UbiA prenyltransferase  27.06 
 
 
267 aa  72  0.00000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1040  (S)-2,3-di-O-geranylgeranylglyceryl phosphate synthase  25.82 
 
 
279 aa  72  0.00000000001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2544  prenyltransferase  25.49 
 
 
281 aa  70.1  0.00000000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3192  UbiA prenyltransferase  26.24 
 
 
283 aa  69.7  0.00000000006  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.726332  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0977  (S)-2,3-di-O-geranylgeranylglyceryl phosphate synthase  26.23 
 
 
278 aa  69.3  0.00000000008  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.92785  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0636  prenyltransferase  29.09 
 
 
277 aa  68.6  0.0000000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0950  (S)-2,3-di-O-geranylgeranylglyceryl phosphate synthase  26.34 
 
 
278 aa  68.2  0.0000000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3472  tocopherol phytyltransferase  28.16 
 
 
318 aa  67.8  0.0000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.00788485  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0995  (S)-2,3-di-O-geranylgeranylglyceryl phosphate synthase  27.39 
 
 
278 aa  67.8  0.0000000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0176059  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1647  Geranylgeranylglycerol-phosphate geranylgeranyltransferase  27.98 
 
 
282 aa  65.5  0.0000000009  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.114853  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2079  prenyltransferase  30.72 
 
 
287 aa  64.3  0.000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.728738  normal  0.183793 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0771  Geranylgeranylglycerol-phosphate geranylgeranyltransferase  25.81 
 
 
259 aa  63.2  0.000000006  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0487917  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1730  (S)-2,3-di-O-geranylgeranylglyceryl phosphate synthase  26.79 
 
 
278 aa  62.4  0.000000009  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1338  prenyltransferase  28.25 
 
 
285 aa  62  0.00000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.823422 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0315  prenyltransferase  25.62 
 
 
283 aa  60.5  0.00000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0795  prenyltransferase  26.9 
 
 
282 aa  60.1  0.00000004  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.686663  hitchhiker  0.00000276603 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0726  tocopherol phytyltransferase  26.7 
 
 
314 aa  60.1  0.00000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.00119936  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1843  prenyltransferase  27.27 
 
 
279 aa  59.7  0.00000006  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.183334  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1016  UbiA prenyltransferase  30.07 
 
 
284 aa  58.9  0.00000009  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0625  prenyltransferase  28.27 
 
 
280 aa  58.5  0.0000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.24131  normal  0.221507 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3462  UbiA prenyltransferase  27.65 
 
 
313 aa  58.5  0.0000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0012  tocopherol phytyltransferase  25 
 
 
318 aa  57.8  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2757  UbiA prenyltransferase  26.05 
 
 
324 aa  58.2  0.0000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1933  (S)-2,3-di-O-geranylgeranylglyceryl phosphate synthase  28.65 
 
 
284 aa  57  0.0000004  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0010  tocopherol phytyltransferase  24.47 
 
 
318 aa  56.6  0.0000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0386  tocopherol phytyltransferase  24.37 
 
 
300 aa  55.8  0.0000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.00000735368  normal  0.905629 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002146  4-hydroxybenzoate polyprenyltransferase  22.88 
 
 
284 aa  55.1  0.000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3881  tocopherol phytyltransferase  25.13 
 
 
349 aa  53.9  0.000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.630797  decreased coverage  0.00732369 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1697  prenyltransferase  28.4 
 
 
279 aa  52.8  0.000006  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3485  UbiA prenyltransferase  23.42 
 
 
291 aa  52.4  0.000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00272  4-hydroxybenzoate octaprenyltransferase  24.16 
 
 
284 aa  52.8  0.000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>