115 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3712 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_3712  hypothetical protein  100 
 
 
165 aa  330  4e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.298922 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3954  hypothetical protein  90.91 
 
 
165 aa  299  1e-80  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.670415  normal  0.692006 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1763  protein of unknown function DUF477  80.61 
 
 
165 aa  272  2.0000000000000002e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.479141  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1335  hypothetical protein  73.33 
 
 
165 aa  249  1e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.352128  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3400  hypothetical protein  68.48 
 
 
165 aa  231  3e-60  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.358552  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6687  hypothetical protein  63.64 
 
 
165 aa  213  8e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0251309  normal 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4546  hypothetical protein  60 
 
 
165 aa  212  1.9999999999999998e-54  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.059315  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2117  hypothetical protein  62.65 
 
 
166 aa  206  1e-52  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.442514  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1509  hypothetical protein  61.21 
 
 
165 aa  202  2e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.147456  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2692  hypothetical protein  58.54 
 
 
165 aa  200  8e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0286  hypothetical protein  60.84 
 
 
165 aa  196  1.0000000000000001e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.61862  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6200  hypothetical protein  58.54 
 
 
168 aa  193  7e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0510  hypothetical protein  60.84 
 
 
165 aa  192  2e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0328  hypothetical protein  60.84 
 
 
165 aa  192  2e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0315  hypothetical protein  58.79 
 
 
165 aa  190  6e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2048  hypothetical protein  57.06 
 
 
167 aa  189  1e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.422541  normal  0.953122 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3372  hypothetical protein  59.64 
 
 
165 aa  189  2e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3042  hypothetical protein  59.64 
 
 
165 aa  189  2e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2050  hypothetical protein  59.64 
 
 
166 aa  189  2e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.978311  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2234  hypothetical protein  59.64 
 
 
165 aa  189  2e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5309  protein of unknown function DUF477  56.1 
 
 
166 aa  187  5e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0729958  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1697  protein of unknown function DUF477  56.1 
 
 
166 aa  187  5e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1904  hypothetical protein  55.76 
 
 
165 aa  185  2e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.199775 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3393  hypothetical protein  52.73 
 
 
165 aa  179  1e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.391181  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1719  hypothetical protein  52.98 
 
 
169 aa  170  6.999999999999999e-42  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.912604 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0417  hypothetical protein  51.55 
 
 
169 aa  165  2e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4855  protein of unknown function DUF477  47.85 
 
 
174 aa  152  2.9999999999999998e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.198314  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0314  hypothetical protein  48 
 
 
183 aa  146  2.0000000000000003e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.513308 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1072  hypothetical protein  48.15 
 
 
173 aa  145  3e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0309  protein of unknown function DUF477  48 
 
 
183 aa  144  6e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.137525  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0379  hypothetical protein  48 
 
 
190 aa  141  3e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0104  hypothetical protein  40.48 
 
 
173 aa  137  7e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.437005  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0329  hypothetical protein  42.94 
 
 
180 aa  137  8.999999999999999e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.538689 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04651  hypothetical protein  51.08 
 
 
143 aa  136  1e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.024621  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0423  hypothetical protein  43.51 
 
 
180 aa  133  9.999999999999999e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0257  hypothetical protein  43.95 
 
 
176 aa  130  7.999999999999999e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.607458  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0660  protein of unknown function DUF477  40.85 
 
 
164 aa  128  3e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.729807  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1188  hypothetical protein  40.49 
 
 
164 aa  122  2e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0662  hypothetical protein  40.61 
 
 
173 aa  115  3e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.505723 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0553  protein of unknown function DUF477  40.24 
 
 
174 aa  114  5e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.468513  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2628  hypothetical protein  40.24 
 
 
167 aa  114  6.9999999999999995e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0605  protein of unknown function DUF477  40 
 
 
174 aa  114  7.999999999999999e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.406364  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0663  hypothetical protein  36.36 
 
 
178 aa  106  2e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.840878 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2521  protein of unknown function DUF477  38.85 
 
 
178 aa  96.7  1e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.636874  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0600  hypothetical protein  34.44 
 
 
191 aa  95.5  3e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0455  hypothetical protein  32.45 
 
 
174 aa  90.1  1e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0411  hypothetical protein  32.89 
 
 
174 aa  87.4  8e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0188943 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04775  hypothetical protein  35.61 
 
 
145 aa  82.8  0.000000000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.559491  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3703  hypothetical protein  35.34 
 
 
145 aa  79  0.00000000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.512882 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1402  protein of unknown function DUF477  37.04 
 
 
151 aa  79  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4335  protein of unknown function DUF477  33.33 
 
 
147 aa  75.5  0.0000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.533336 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5848  protein of unknown function DUF477  35.34 
 
 
144 aa  73.9  0.0000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.638132 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3603  protein of unknown function DUF477  35 
 
 
147 aa  72  0.000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2421  protein of unknown function DUF477  36.46 
 
 
215 aa  70.9  0.000000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1890  hypothetical protein  31.06 
 
 
145 aa  69.3  0.00000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1822  protein of unknown function DUF477  29.52 
 
 
212 aa  67.4  0.00000000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0121907  normal  0.874997 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1479  hypothetical protein  35 
 
 
208 aa  66.2  0.0000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0815961  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2528  hypothetical protein  33 
 
 
230 aa  65.9  0.0000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0293183  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1796  protein of unknown function DUF477  34.38 
 
 
215 aa  63.5  0.000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0823313 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1231  protein of unknown function DUF477  36.89 
 
 
202 aa  63.2  0.000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0259656 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2278  hypothetical protein  35.42 
 
 
210 aa  62.8  0.000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000166997  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2034  hypothetical protein  31.43 
 
 
211 aa  61.6  0.000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3876  hypothetical protein  42.05 
 
 
210 aa  59.7  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.782004  normal  0.0344553 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1223  protein of unknown function DUF477  37.76 
 
 
210 aa  59.3  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0010  hypothetical protein  34.44 
 
 
144 aa  58.9  0.00000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.347428  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0415  protein of unknown function DUF477  35.51 
 
 
215 aa  58.2  0.00000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0813  hypothetical protein  35.63 
 
 
205 aa  56.6  0.0000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2018  hypothetical protein  36.78 
 
 
208 aa  57.4  0.0000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.652517  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47050  hypothetical protein  35.79 
 
 
205 aa  57.4  0.0000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.530554  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2295  protein of unknown function DUF477  36.78 
 
 
208 aa  57  0.0000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00345747 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2030  protein of unknown function DUF477  35.05 
 
 
231 aa  56.2  0.0000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2362  protein of unknown function DUF477  30.77 
 
 
214 aa  56.2  0.0000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0549587  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4748  hypothetical protein  34.45 
 
 
231 aa  54.7  0.0000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0550887 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1373  hypothetical protein  30 
 
 
211 aa  54.3  0.0000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000592916  hitchhiker  0.000147717 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6374  hypothetical protein  37.66 
 
 
210 aa  53.5  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.437942  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3228  hypothetical protein  31.63 
 
 
213 aa  53.1  0.000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2020  hypothetical protein  30.3 
 
 
216 aa  52.8  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.0000109583  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0914  protein of unknown function DUF477  31.43 
 
 
213 aa  51.6  0.000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0918  protein of unknown function DUF477  31.43 
 
 
213 aa  51.6  0.000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0411456  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1771  hypothetical protein  27.88 
 
 
251 aa  50.8  0.000008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0395  hypothetical protein  34.04 
 
 
211 aa  50.1  0.00001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1671  hypothetical protein  33.33 
 
 
219 aa  50.1  0.00001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0119558 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0869  hypothetical protein  33.33 
 
 
213 aa  49.3  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0877  hypothetical protein  34.19 
 
 
231 aa  49.3  0.00002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0941608  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1083  hypothetical protein  30.39 
 
 
213 aa  48.5  0.00004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1980  protein of unknown function DUF477  32.18 
 
 
208 aa  48.5  0.00004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.302172 
 
 
-
 
NC_004310  BR1820  hypothetical protein  30.39 
 
 
213 aa  48.1  0.00005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.311649  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0989  hypothetical protein  34.15 
 
 
228 aa  48.1  0.00005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1752  hypothetical protein  30.39 
 
 
213 aa  48.1  0.00005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0926  hypothetical protein  29.91 
 
 
212 aa  47.4  0.00009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.297629 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2025  protein of unknown function DUF477  25.77 
 
 
212 aa  47.4  0.00009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.869796 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4288  hypothetical protein  31.58 
 
 
205 aa  47  0.0001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3452  hypothetical protein  32.99 
 
 
226 aa  47.4  0.0001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.562594  normal  0.0852747 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3991  hypothetical protein  31.58 
 
 
205 aa  45.8  0.0003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.296881  normal  0.226333 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1795  protein of unknown function DUF477  27.21 
 
 
288 aa  45.8  0.0003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.039663 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1232  protein of unknown function DUF477  28.16 
 
 
236 aa  45.4  0.0003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0269196 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0599  hypothetical protein  26.73 
 
 
396 aa  45.4  0.0004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1404  hypothetical protein  32.63 
 
 
205 aa  44.7  0.0006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4319  hypothetical protein  32.63 
 
 
205 aa  44.3  0.0007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1300  hypothetical protein  30.95 
 
 
205 aa  44.3  0.0008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0959913  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>