44 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3596 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3596  hypothetical protein  100 
 
 		 108 aa  218  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.167839  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1698  hypothetical protein  82.35 
 
 		 118 aa  176  1e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.319534 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1919  protein of unknown function UPF0153  75.7 
 
 		 110 aa  171  3.9999999999999995e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.54208  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7105  hypothetical protein  70.3 
 
 		 106 aa  152  1e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2209  hypothetical protein  68.52 
 
 		 108 aa  150  4e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5429  protein of unknown function UPF0153  55.45 
 
 		 106 aa  119  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0259414  hitchhiker  0.00694306 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0093  hypothetical protein  52.53 
 
 		 106 aa  112  2.0000000000000002e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.531483  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1247  hypothetical protein  50 
 
 		 117 aa  107  4.0000000000000004e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0028  protein of unknown function UPF0153  61.73 
 
 		 100 aa  94  7e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.186945  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0025  hypothetical protein  64.29 
 
 		 104 aa  91.7  3e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0233008 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3008  hypothetical protein  43.82 
 
 		 103 aa  77.8  0.00000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1159  hypothetical protein  43.69 
 
 		 108 aa  71.6  0.000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.122155  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2436  protein of unknown function UPF0153  40.95 
 
 		 108 aa  67.4  0.00000000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1450  protein of unknown function UPF0153  41.18 
 
 		 102 aa  63.5  0.0000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2181  protein of unknown function UPF0153  39.66 
 
 		 120 aa  62.8  0.000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.33654  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0398  protein of unknown function UPF0153  38.68 
 
 		 131 aa  62.4  0.000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1595  ferredoxin  38.05 
 
 		 134 aa  60.1  0.000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.640546 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1923  ferredoxin  38.05 
 
 		 134 aa  60.1  0.000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00135966 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1860  ferredoxin  38.05 
 
 		 134 aa  60.1  0.000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1999  hypothetical protein  38.53 
 
 		 134 aa  59.7  0.00000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1413  hypothetical protein  38.05 
 
 		 134 aa  59.7  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.504066  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1866  ferredoxin  38.05 
 
 		 134 aa  58.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.354364  normal  0.828444 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1940  protein of unknown function UPF0153  38.74 
 
 		 120 aa  58.5  0.00000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1253  hypothetical protein  33.94 
 
 		 117 aa  57.8  0.00000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.579212  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0856  hypothetical protein  34.51 
 
 		 127 aa  57  0.00000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00250  hypothetical protein  36.28 
 
 		 109 aa  55.8  0.0000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3316  protein of unknown function UPF0153  36.28 
 
 		 109 aa  55.8  0.0000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0842  hypothetical protein  34.86 
 
 		 127 aa  55.5  0.0000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0802023  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00247  predicted ferredoxin  36.28 
 
 		 109 aa  55.8  0.0000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0819  hypothetical protein  34.86 
 
 		 127 aa  55.5  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0818071  normal  0.417746 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3331  hypothetical protein  36.28 
 
 		 109 aa  55.8  0.0000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.331076  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4370  hypothetical protein  34.51 
 
 		 127 aa  56.2  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2174  hypothetical protein  35.92 
 
 		 141 aa  54.3  0.0000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.592421  normal  0.594741 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1365  hypothetical protein  35.16 
 
 		 361 aa  50.8  0.000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.493188  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0169  protein of unknown function UPF0153  31.19 
 
 		 141 aa  50.8  0.000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2001  protein of unknown function UPF0153  34.52 
 
 		 119 aa  49.3  0.00002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1008  ferredoxin  36.28 
 
 		 127 aa  47.8  0.00005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0878906  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1827  hypothetical protein  31.82 
 
 		 123 aa  47.8  0.00006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.889307 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0886  hypothetical protein  36.28 
 
 		 127 aa  47.4  0.00006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2884  hypothetical protein  37.17 
 
 		 117 aa  43.9  0.0007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000156715  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03952  ferredoxin  40.24 
 
 		 127 aa  43.1  0.001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22700  putative ferredoxin  32.11 
 
 		 123 aa  41.2  0.004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.025963 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3004  hypothetical protein  31.73 
 
 		 114 aa  40.4  0.007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2432  protein of unknown function UPF0153  32.04 
 
 		 116 aa  40.4  0.008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>