More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3370 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_3370  ABC transporter related  100 
 
 
306 aa  621  1e-177  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00450084 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2019  ABC transporter related  94.12 
 
 
306 aa  587  1e-167  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.778403  normal  0.141952 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4024  ABC transporter related  90.16 
 
 
306 aa  562  1.0000000000000001e-159  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3283  ABC transporter related  79.08 
 
 
306 aa  495  1e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.576419 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2361  ABC transporter, ATPase subunit  77.05 
 
 
306 aa  488  1e-137  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.112898  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2740  ABC transporter related  77.78 
 
 
306 aa  490  1e-137  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6149  putative ABC transporter (ATP binding protein)  75.08 
 
 
306 aa  478  1e-134  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.397223  normal  0.143638 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2277  ABC efflux pump, ATPase subunit  71.8 
 
 
308 aa  456  1e-127  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0775451  normal  0.282727 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4685  ABC transporter related  73.77 
 
 
315 aa  457  1e-127  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0550662 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0448  ABC transporter related  70.49 
 
 
308 aa  452  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6045  ABC transporter related  70.82 
 
 
308 aa  447  1e-125  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.463248  normal  0.338507 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2648  ABC transporter related  70.07 
 
 
318 aa  447  1e-125  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0412  ABC transporter related  70.49 
 
 
308 aa  447  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.173041 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0380  ABC transporter related  70.49 
 
 
308 aa  446  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3084  ABC transporter, ATP-binding protein  69.51 
 
 
308 aa  441  1e-123  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1715  ABC transporter related  70.16 
 
 
308 aa  441  1e-123  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.409646  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0809  ABC transporter related  71.48 
 
 
333 aa  444  1e-123  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0477  ABC transporter related  71.15 
 
 
308 aa  442  1e-123  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.330496  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4410  ABC transporter related  71.95 
 
 
307 aa  443  1e-123  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.107117  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0862  ABC transporter related  70.26 
 
 
308 aa  437  9.999999999999999e-123  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0153083  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0703  ABC transporter related  70.3 
 
 
310 aa  437  9.999999999999999e-123  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0518791 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0978  ABC transporter, ATP-binding protein  69.08 
 
 
309 aa  437  1e-121  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.080297  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5174  ABC transporter related  69.08 
 
 
314 aa  431  1e-120  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.179652 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5043  ABC transporter related  69.08 
 
 
314 aa  431  1e-120  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.675522  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4520  ABC transporter related  69.08 
 
 
314 aa  431  1e-120  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1608  ABC transporter related  68.3 
 
 
308 aa  430  1e-119  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.249581  normal  0.149154 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0541  ABC transporter, ATPase subunit  69.08 
 
 
314 aa  429  1e-119  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5107  ABC transporter related  69.08 
 
 
316 aa  431  1e-119  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3535  ABC transporter related  68.42 
 
 
314 aa  427  1e-118  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3269  ABC transporter related  70.92 
 
 
329 aa  426  1e-118  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1927  ABC transporter-related protein  68.95 
 
 
308 aa  425  1e-118  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.109839 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1911  ABC transporter related  68.09 
 
 
319 aa  426  1e-118  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.562875  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3261  ABC transporter related  68.52 
 
 
317 aa  424  1e-117  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.768671  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1498  ABC transporter related  67.54 
 
 
315 aa  420  1e-116  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.933175  normal  0.212759 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1331  ABC transporter related  66.56 
 
 
340 aa  421  1e-116  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03370  ABC transporter, ATP binding component  68.95 
 
 
308 aa  415  9.999999999999999e-116  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.372663  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1220  ABC transporter related  65.9 
 
 
309 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00788547 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03054  ABC transporter ATP-binding protein  66.12 
 
 
314 aa  410  1e-113  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1452  ABC transporter related  65.46 
 
 
306 aa  410  1e-113  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2923  ABC transporter, ATP-binding protein  64.47 
 
 
308 aa  405  1.0000000000000001e-112  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2525  ABC transporter related  65.13 
 
 
309 aa  407  1.0000000000000001e-112  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2327  ABC transporter related  66.67 
 
 
308 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3137  ABC transporter related protein  67.11 
 
 
316 aa  407  1.0000000000000001e-112  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00124665  normal  0.564525 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1657  ABC transporter related  62.75 
 
 
313 aa  402  1e-111  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2089  ABC transporter related  66.34 
 
 
308 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0116539  normal  0.492363 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0748  ABC transporter related  66.11 
 
 
318 aa  400  9.999999999999999e-111  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.329889 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2407  ABC transporter related  68.09 
 
 
311 aa  397  1e-109  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3274  ABC multidrug/carbohydrate efflux transporter, ATPase subunit  63.4 
 
 
308 aa  396  1e-109  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.791052  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0746  ABC transporter related  63.49 
 
 
310 aa  392  1e-108  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4007  ABC transporter related  63.07 
 
 
308 aa  394  1e-108  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2723  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  60.73 
 
 
308 aa  384  1e-105  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0638  ABC-A-subfamily transporter  63.49 
 
 
318 aa  375  1e-103  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.541118  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2014  ABC transporter related  61.51 
 
 
309 aa  373  1e-102  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0835  ABC transporter, ATPase subunit  49.01 
 
 
309 aa  276  4e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.594095  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0881  ABC transporter-related protein  49.34 
 
 
309 aa  273  2.0000000000000002e-72  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0885  ABC transporter related  49.34 
 
 
309 aa  273  3e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.536039  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0897  ABC transporter related  49.01 
 
 
309 aa  262  4e-69  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1859  ABC transporter related  44.84 
 
 
307 aa  256  3e-67  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1926  ABC transporter related  45.03 
 
 
326 aa  255  7e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0069  ABC transporter component  45.82 
 
 
336 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.248175  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4181  ABC transporter-like  45.31 
 
 
310 aa  253  3e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.511532 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15500  ABC transporter, ATP binding component  44.19 
 
 
310 aa  250  2e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1895  ABC transporter ATP-binding protein  44.19 
 
 
310 aa  249  4e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000838668 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3820  ABC transporter related  44.19 
 
 
310 aa  249  4e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3122  ABC transporter related  44.3 
 
 
310 aa  249  5e-65  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1097  ABC transporter related  43.14 
 
 
316 aa  249  6e-65  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1470  ABC transporter related  44.19 
 
 
310 aa  247  1e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1156  ABC transporter related protein  43.65 
 
 
312 aa  247  2e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.165511  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3349  ABC transporter, ATP-binding protein  44.3 
 
 
308 aa  247  2e-64  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0209833  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3477  ABC transporter related  44.3 
 
 
308 aa  247  2e-64  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1505  ABC transporter related  43.87 
 
 
310 aa  246  2e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27770  ABC transporter ATP-binding protein  43 
 
 
310 aa  246  3e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.109755 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2345  ABC transporter ATP-binding protein  43 
 
 
310 aa  245  6e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.246308  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3253  ABC transporter-related protein  42.38 
 
 
316 aa  245  6.999999999999999e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.458377  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0067  ABC transporter related  41.45 
 
 
319 aa  245  6.999999999999999e-64  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.269646 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0393  ABC multidrug efflux pump, ATPase subunit  41.58 
 
 
310 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3996  ABC transporter-related protein  43.32 
 
 
307 aa  242  5e-63  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1630  ABC transporter  42.72 
 
 
310 aa  242  7e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0229972  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2122  ABC transporter, ATP-binding protein  42.21 
 
 
308 aa  241  1e-62  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2615  ABC transporter, ATP-binding protein  43.75 
 
 
305 aa  241  1e-62  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.762057  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0880  ABC transporter related protein  40.82 
 
 
309 aa  241  1e-62  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2136  ABC transporter related  40 
 
 
304 aa  241  1e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00658879  normal  0.0667998 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3855  ABC transporter, ATP-binding protein  42.72 
 
 
310 aa  240  2e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.324637  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3565  ABC transporter related  41.25 
 
 
310 aa  240  2e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.162027  hitchhiker  0.0000528496 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0338  ABC transporter related  41.72 
 
 
308 aa  240  2e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.892099  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0420  ABC transporter related  41.72 
 
 
308 aa  240  2e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.344346  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4185  ABC transporter related  40.79 
 
 
320 aa  239  2.9999999999999997e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1017  ABC transporter ATP-binding protein  43.65 
 
 
306 aa  239  2.9999999999999997e-62  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1010  ABC transporter, ATP-binding protein  41.72 
 
 
304 aa  239  2.9999999999999997e-62  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000156347  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1140  ABC transporter ATP-binding protein  41.72 
 
 
304 aa  239  2.9999999999999997e-62  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000662244  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00126  predicted transporter subunit: ATP-binding component of ABC superfamily  43.18 
 
 
308 aa  239  4e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3475  ABC transporter related protein  43.18 
 
 
308 aa  239  4e-62  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0131  ABC transporter, ATP-binding protein  43.18 
 
 
308 aa  239  4e-62  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3518  ABC transporter, ATPase subunit  41.78 
 
 
308 aa  239  4e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.461095  normal  0.297301 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00125  hypothetical protein  43.18 
 
 
308 aa  239  4e-62  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1778  ABC transporter related  44.63 
 
 
320 aa  239  4e-62  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.627055  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3532  ABC transporter related  43.18 
 
 
308 aa  239  4e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0137  ABC transporter, ATP-binding protein  43.18 
 
 
308 aa  239  4e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0129  ABC transporter, ATP-binding protein  43.18 
 
 
308 aa  239  4e-62  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1170  ribosomal protein S16  42.72 
 
 
318 aa  239  5e-62  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.36106  hitchhiker  0.000000135751 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>