187 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3274 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_3274  cyclic nucleotide-binding  100 
 
 
256 aa  514  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00132125 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2150  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  74.81 
 
 
258 aa  360  2e-98  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0697428  normal  0.281717 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3900  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  59.22 
 
 
254 aa  293  2e-78  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4763  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  48.87 
 
 
237 aa  226  2e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3375  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  48 
 
 
233 aa  188  7e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.301844  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0519  CRP/FNR family transcriptional regulator  41.82 
 
 
238 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.405099  normal  0.317582 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1232  Crp/FNR family transcriptional regulator  43.26 
 
 
257 aa  171  7.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000235089 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3744  cyclic nucleotide-binding protein  40.83 
 
 
247 aa  169  3e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3742  cyclic nucleotide-binding protein  40.55 
 
 
236 aa  168  7e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2533  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  35.11 
 
 
245 aa  145  5e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.23322 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2702  cyclic nucleotide-binding protein  38.71 
 
 
230 aa  141  8e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1444  Crp/FNR family transcriptional regulator  38.71 
 
 
231 aa  141  9e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.382452 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0177  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.27 
 
 
238 aa  137  2e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4415  CRP/FNR family transcriptional regulator  37.96 
 
 
251 aa  137  2e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1115  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.8 
 
 
250 aa  136  3.0000000000000003e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.804671  normal  0.524469 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3627  CRP/FNR family transcriptional regulator  35.21 
 
 
245 aa  135  5e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.460124 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1315  CRP/FNR family transcriptional regulator  33.8 
 
 
238 aa  135  6.0000000000000005e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.63413  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0542  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.14 
 
 
239 aa  132  6e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.936935  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1693  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.72 
 
 
239 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.3052  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1684  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.72 
 
 
239 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3729  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.84 
 
 
244 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5104  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.18 
 
 
243 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5755  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.18 
 
 
243 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.132685 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4421  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.18 
 
 
243 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3820  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  32.26 
 
 
239 aa  130  3e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.051999  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5274  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.34 
 
 
239 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5585  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.34 
 
 
239 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.808754 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4411  cyclic nucleotide-binding protein  32.88 
 
 
238 aa  129  5.0000000000000004e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.76047 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5290  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.56 
 
 
239 aa  128  7.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.420985  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5568  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.56 
 
 
239 aa  128  7.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1519  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.67 
 
 
239 aa  128  9.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3626  CRP/FNR family transcriptional regulator  32.86 
 
 
239 aa  128  9.000000000000001e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.468145 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3898  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.56 
 
 
239 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.472058  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4412  cyclic nucleotide-binding protein  32.87 
 
 
234 aa  126  4.0000000000000003e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.758145 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1390  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.74 
 
 
236 aa  125  4.0000000000000003e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5358  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.82 
 
 
240 aa  125  5e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2043  cyclic nucleotide-binding  33.02 
 
 
439 aa  125  6e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1714  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.55 
 
 
244 aa  125  7e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2530  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.55 
 
 
244 aa  125  7e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.201087 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2551  transcriptional regulator-related protein  33.8 
 
 
255 aa  124  1e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2537  transcriptional regulator-related protein  31.46 
 
 
252 aa  124  1e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.656483  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5841  Crp/Fnr family transcriptional regulator  35.27 
 
 
242 aa  124  1e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2740  CRP/FNR family transcriptional regulator  34.74 
 
 
232 aa  124  1e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00150781  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1669  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.55 
 
 
244 aa  124  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0359086 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1637  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.27 
 
 
232 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0811489  hitchhiker  0.00000101787 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5993  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.46 
 
 
246 aa  124  2e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1786  cyclic nucleotide-binding protein  33.8 
 
 
255 aa  124  2e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.150342  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1680  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.6 
 
 
340 aa  123  3e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0905  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.27 
 
 
243 aa  122  5e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1631  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.46 
 
 
248 aa  122  5e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0520  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.18 
 
 
239 aa  122  6e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2723  CRP/FNR family transcriptional regulator  33.8 
 
 
232 aa  122  7e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4396  cyclic nucleotide-binding protein  34.84 
 
 
242 aa  121  9.999999999999999e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.49675 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1448  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.45 
 
 
269 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.957897  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0397  CRP/FNR family transcriptional regulator  32.72 
 
 
244 aa  120  1.9999999999999998e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.934312  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4150  CRP/FNR family transcriptional regulator  33.64 
 
 
260 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0712018  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4275  cyclic nucleotide-binding protein  29.3 
 
 
246 aa  119  4.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4216  CRP/FNR family transcriptional regulator  33.64 
 
 
260 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.317081 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3301  CRP/FNR family transcriptional regulator  33.64 
 
 
260 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.228531  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4335  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.3 
 
 
246 aa  119  4.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.157616 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4389  CRP/FNR family transcriptional regulator  33.47 
 
 
260 aa  118  9e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2386  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.16 
 
 
268 aa  117  9.999999999999999e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.799782  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4409  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.65 
 
 
236 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.47639 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1316  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  34.7 
 
 
247 aa  117  9.999999999999999e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.327041  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2132  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.86 
 
 
247 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0511998 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1182  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.92 
 
 
240 aa  117  1.9999999999999998e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.939173  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5590  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.29 
 
 
242 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5269  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.39 
 
 
340 aa  116  3e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3818  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.92 
 
 
265 aa  117  3e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.827272  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0173  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.4 
 
 
263 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0178  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  35.5 
 
 
237 aa  115  5e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1802  CRP/FNR family transcriptional regulator  33.2 
 
 
260 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.642506 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2036  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.16 
 
 
255 aa  113  3e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.411103  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1963  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.6 
 
 
246 aa  112  4.0000000000000004e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.555453  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1537  hypothetical protein  31.8 
 
 
236 aa  112  5e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4113  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.36 
 
 
260 aa  112  5e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2260  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.04 
 
 
254 aa  112  6e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3639  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.36 
 
 
260 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0061  cyclic nucleotide-binding protein  35.38 
 
 
237 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2421  Crp/FNR family transcriptional regulator  33 
 
 
239 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.269594  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3386  cyclic nucleotide-binding protein  35.38 
 
 
237 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1647  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.22 
 
 
263 aa  109  4.0000000000000004e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.362036  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6495  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.91 
 
 
267 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.956501  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1130  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.91 
 
 
267 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.440884 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0784  hypothetical protein  34.91 
 
 
237 aa  109  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.195176  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1787  CRP/FNR family transcriptional regulator  30.52 
 
 
232 aa  109  4.0000000000000004e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.22283  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1356  hypothetical protein  29.95 
 
 
236 aa  108  1e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.073199  normal  0.394003 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1834  cyclic nucleotide-binding protein  34.83 
 
 
241 aa  107  1e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1916  cyclic nucleotide-binding  33.02 
 
 
274 aa  108  1e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2550  transcriptional regulator-related protein  30.09 
 
 
230 aa  107  2e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0534  hypothetical protein  32.09 
 
 
344 aa  106  3e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5519  CRP/FNR family transcriptional regulator  32.88 
 
 
257 aa  106  3e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.968442  normal  0.190361 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0045  hypothetical protein  31.96 
 
 
269 aa  105  7e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0821  hypothetical protein  32.09 
 
 
312 aa  105  7e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0831  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  28.09 
 
 
255 aa  105  7e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.104237  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2194  hypothetical protein  31.96 
 
 
269 aa  105  7e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.396995  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0645  hypothetical protein  31.96 
 
 
269 aa  105  7e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0659  hypothetical protein  31.96 
 
 
269 aa  105  7e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2513  hypothetical protein  31.96 
 
 
269 aa  105  7e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.225416  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3898  regulatory protein Crp  31.78 
 
 
253 aa  105  9e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0891135 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>