37 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3273 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3273  hypothetical protein  100 
 
 		 186 aa  366  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00114404 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2151  hypothetical protein  80.11 
 
 		 186 aa  298  4e-80  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0990519  normal  0.164648 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1318  hypothetical protein  61.29 
 
 		 185 aa  229  2e-59  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3899  protein of unknown function DUF1457  60.22 
 
 		 189 aa  225  3e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3130  hypothetical protein  64.36 
 
 		 184 aa  223  1e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0916882  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5216  hypothetical protein  59.14 
 
 		 185 aa  219  3e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.897887  normal  0.15918 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1646  hypothetical protein  63.44 
 
 		 185 aa  199  3e-50  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1044  hypothetical protein  33.09 
 
 		 200 aa  92.4  3e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2645  hypothetical protein  35.77 
 
 		 223 aa  92  4e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.421367  normal  0.712081 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4633  hypothetical protein  44.74 
 
 		 199 aa  91.7  6e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.367804  normal  0.0918513 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0930  hypothetical protein  35.04 
 
 		 216 aa  91.3  7e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.432355 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2216  protein of unknown function DUF1457  44.86 
 
 		 206 aa  90.1  1e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.196388 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2054  protein of unknown function DUF1457  37.7 
 
 		 205 aa  89.4  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.592031  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1854  protein of unknown function DUF1457  34.04 
 
 		 205 aa  87.4  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.142291  normal  0.0154454 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2534  protein of unknown function DUF1457  47.12 
 
 		 206 aa  85.9  3e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.573206  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2259  hypothetical protein  47.12 
 
 		 248 aa  85.5  4e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0461584 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1724  hypothetical protein  36.22 
 
 		 209 aa  84  0.000000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.715312  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5126  protein of unknown function DUF1457  44.87 
 
 		 197 aa  75.1  0.0000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3233  hypothetical protein  44.87 
 
 		 196 aa  71.2  0.000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0701746  normal  0.515147 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1076  hypothetical protein  29.79 
 
 		 186 aa  70.1  0.00000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00643993  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1936  hypothetical protein  31.72 
 
 		 224 aa  69.3  0.00000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3746  hypothetical protein  30.99 
 
 		 182 aa  68.9  0.00000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0768901  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1258  hypothetical protein  30.16 
 
 		 220 aa  62.8  0.000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.118855  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1219  hypothetical protein  29.37 
 
 		 233 aa  59.7  0.00000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2070  hypothetical protein  29.1 
 
 		 211 aa  53.5  0.000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000000170748 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1359  hypothetical protein  26.8 
 
 		 165 aa  51.2  0.000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.410531  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3165  hypothetical protein  25.71 
 
 		 176 aa  46.6  0.0002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.468528  normal  0.186856 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1268  hypothetical protein  32.88 
 
 		 315 aa  47  0.0002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2442  hypothetical protein  34.21 
 
 		 242 aa  46.6  0.0002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000723195 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0103  hypothetical protein  25.62 
 
 		 166 aa  45.4  0.0005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.147246 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2097  hypothetical protein  25.6 
 
 		 147 aa  45.4  0.0005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.168181  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1102  hypothetical protein  32.14 
 
 		 223 aa  45.4  0.0005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.923866  normal  0.0200778 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6079  hypothetical protein  31.52 
 
 		 225 aa  44.3  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3935  hypothetical protein  30.86 
 
 		 252 aa  44.3  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1565  hypothetical protein  31.52 
 
 		 223 aa  44.3  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.333128  normal  0.716752 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3073  hypothetical protein  36 
 
 		 165 aa  42.7  0.003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.590013  normal  0.400925 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2140  hypothetical protein  23.91 
 
 		 165 aa  42.4  0.004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>