More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3179 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2300  50S ribosomal protein L22  100 
 
 		 128 aa  253  6e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.823648  normal  0.116572 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3179  50S ribosomal protein L22  100 
 
 		 128 aa  253  6e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3443  50S ribosomal protein L22  95.31 
 
 		 128 aa  246  6e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.803585 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3662  50S ribosomal protein L22  95.31 
 
 		 127 aa  239  9e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1369  50S ribosomal protein L22  89.84 
 
 		 128 aa  233  1.0000000000000001e-60  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.137344  normal  0.529222 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1550  50S ribosomal protein L22  89.06 
 
 		 128 aa  230  5e-60  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5065  50S ribosomal protein L22  89.68 
 
 		 126 aa  230  5e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.451143 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0348  50S ribosomal protein L22  78.74 
 
 		 127 aa  197  5e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.839761  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1913  50S ribosomal protein L22  77.95 
 
 		 127 aa  196  7e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.012479  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1359  50S ribosomal protein L22  78.91 
 
 		 129 aa  195  2.0000000000000003e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.279063  normal  0.0319534 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2445  50S ribosomal protein L22  77.95 
 
 		 127 aa  194  4.0000000000000005e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2167  50S ribosomal protein L22  77.95 
 
 		 127 aa  194  4.0000000000000005e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.191137 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2128  50S ribosomal protein L22  77.17 
 
 		 127 aa  193  8.000000000000001e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.329159  normal  0.570722 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1684  ribosomal protein L22  74.6 
 
 		 126 aa  187  4e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.000041198  hitchhiker  0.0000116755 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2223  50S ribosomal protein L22  74.22 
 
 		 128 aa  186  7e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2741  ribosomal protein L22  73.02 
 
 		 126 aa  184  3e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0607325  normal  0.261464 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0575  50S ribosomal protein L22  72.66 
 
 		 128 aa  184  4e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1845  50S ribosomal protein L22  74.22 
 
 		 129 aa  184  4e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.000645692  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1228  50S ribosomal protein L22  74.22 
 
 		 129 aa  183  7e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1337  50S ribosomal protein L22  76.61 
 
 		 129 aa  183  8e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.45706  normal  0.109267 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1435  50S ribosomal protein L22  75.81 
 
 		 129 aa  182  1.0000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0550714  normal  0.0358127 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0991  50S ribosomal protein L22  72.66 
 
 		 129 aa  182  2.0000000000000003e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.560396  normal  0.0271545 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0703  50S ribosomal protein L22  72.95 
 
 		 129 aa  180  6e-45  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000047619  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0671  50S ribosomal protein L22  72.95 
 
 		 129 aa  180  6e-45  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000218971  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1191  50S ribosomal protein L22  73.44 
 
 		 129 aa  179  9.000000000000001e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.355223  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1961  50S ribosomal protein L22  71.88 
 
 		 129 aa  179  1e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0119726  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0590  50S ribosomal protein L22  71.54 
 
 		 126 aa  174  4e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0254  50S ribosomal protein L22  69.05 
 
 		 126 aa  173  8e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0287  50S ribosomal protein L22  69.05 
 
 		 126 aa  173  9e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1673  50S ribosomal protein L22  74.36 
 
 		 129 aa  170  5.999999999999999e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0764  50S ribosomal protein L22  65.87 
 
 		 126 aa  165  2e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.047416  normal  0.481823 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2529  50S ribosomal protein L22  67.21 
 
 		 126 aa  162  1.0000000000000001e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1721  50S ribosomal protein L22  66.39 
 
 		 126 aa  159  1e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0463489  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0366  50S ribosomal protein L22  66.39 
 
 		 126 aa  159  1e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2683  50S ribosomal protein L22  62.81 
 
 		 126 aa  157  5e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.143954  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1348  50S ribosomal protein L22  65.87 
 
 		 127 aa  155  2e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0388606 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1619  50S ribosomal protein L22  62.3 
 
 		 126 aa  153  8e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.362093  normal  0.315091 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2971  50S ribosomal protein L22  64.29 
 
 		 134 aa  152  2e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1254  50S ribosomal protein L22  65.04 
 
 		 125 aa  151  2.9999999999999998e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0671662  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1790  50S ribosomal protein L22  67.46 
 
 		 126 aa  150  4e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.130008  normal  0.0852564 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1941  50S ribosomal protein L22  61.11 
 
 		 153 aa  146  1.0000000000000001e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2813  50S ribosomal protein L22  61.11 
 
 		 126 aa  145  1.0000000000000001e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.569118  normal  0.433995 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0502  50S ribosomal protein L22  50.46 
 
 		 111 aa  106  8.000000000000001e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.195927  hitchhiker  0.000000000290326 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0332  50S ribosomal protein L22  50.46 
 
 		 111 aa  106  8.000000000000001e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.328707  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0852  50S ribosomal protein L22P  51.4 
 
 		 113 aa  104  3e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000720413  hitchhiker  0.0000829756 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1297  50S ribosomal protein L22  51.35 
 
 		 159 aa  102  1e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000469382  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2272  50S ribosomal protein L22  47.79 
 
 		 117 aa  102  2e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00000696854  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1389  50S ribosomal protein L22  50.45 
 
 		 159 aa  102  2e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.000000788979  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2313  50S ribosomal protein L22  47.79 
 
 		 117 aa  102  2e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000419164  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0427  50S ribosomal protein L22  48.11 
 
 		 114 aa  101  3e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.005659  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1826  50S ribosomal protein L22  46.9 
 
 		 117 aa  101  4e-21  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.424136  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2709  50S ribosomal protein L22  46.3 
 
 		 111 aa  101  4e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2394  50S ribosomal protein L22  46.3 
 
 		 111 aa  101  4e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2706  ribosomal protein L22  46.67 
 
 		 118 aa  99.8  1e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0196461  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0958  50S ribosomal protein L22  43.94 
 
 		 149 aa  99  2e-20  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00139982  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0284  50S ribosomal protein L22P  49.06 
 
 		 109 aa  98.6  2e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000221006  hitchhiker  0.00000160224 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2397  50S ribosomal protein L22  49.54 
 
 		 115 aa  99.4  2e-20  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0178523  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3918  50S ribosomal protein L22  52.78 
 
 		 152 aa  98.2  3e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4310  50S ribosomal protein L22  52.78 
 
 		 152 aa  98.2  3e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.620955  normal  0.0104158 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0116  50S ribosomal protein L22  46.3 
 
 		 113 aa  98.2  3e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000205775  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1478  50S ribosomal protein L22  48.62 
 
 		 115 aa  97.8  4e-20  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000000148826  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1190  50S ribosomal protein L22  49.09 
 
 		 158 aa  97.8  4e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0681571 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00735  50S ribosomal protein L22  52.83 
 
 		 110 aa  97.4  5e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0112  50S ribosomal protein L22  45.37 
 
 		 113 aa  96.7  1e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0431  50S ribosomal protein L22  50.94 
 
 		 109 aa  96.3  1e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000491035  decreased coverage  0.00000564548 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0127  50S ribosomal protein L22  44.44 
 
 		 113 aa  95.5  2e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.10741e-62 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0115  50S ribosomal protein L22  44.44 
 
 		 113 aa  95.5  2e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.000000000000621136  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0111  50S ribosomal protein L22  44.44 
 
 		 113 aa  95.5  2e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  2.44613e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0109  50S ribosomal protein L22  44.44 
 
 		 113 aa  95.5  2e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000108329  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3333  50S ribosomal protein L22  49.06 
 
 		 109 aa  95.5  2e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.000000899002  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0115  50S ribosomal protein L22  44.44 
 
 		 113 aa  95.5  2e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000016654  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001737  LSU ribosomal protein L22p (L17e)  51.89 
 
 		 110 aa  95.5  2e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000377263  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4908  50S ribosomal protein L22  48.6 
 
 		 110 aa  95.5  2e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00527898  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0109  50S ribosomal protein L22  45.37 
 
 		 113 aa  94.7  3e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000370436  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0325  50S ribosomal protein L22  50.94 
 
 		 110 aa  94.7  3e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0199306  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3019  50S ribosomal protein L22  45.28 
 
 		 113 aa  95.1  3e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0177222  hitchhiker  0.00747036 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0146  50S ribosomal protein L22  44.44 
 
 		 113 aa  94.4  4e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000364158  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0115  50S ribosomal protein L22  44.44 
 
 		 113 aa  94.4  4e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000000818335  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0136  50S ribosomal protein L22  44.44 
 
 		 113 aa  94.4  4e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.000009071  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5190  50S ribosomal protein L22  44.44 
 
 		 113 aa  94.4  4e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000302093  unclonable  1.1617299999999999e-25 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01220  50S ribosomal protein L22  47.22 
 
 		 113 aa  94.7  4e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.860809  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0343  50S ribosomal protein L22  48.6 
 
 		 110 aa  94.7  4e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.056681  decreased coverage  0.000263918 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3994  ribosomal protein L22  48.11 
 
 		 109 aa  94.7  4e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000855576 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0296  50S ribosomal protein L22  46.79 
 
 		 117 aa  94.7  4e-19  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  unclonable  1.09394e-28 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03166  50S ribosomal protein L22  50.94 
 
 		 110 aa  94.4  5e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0020187  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0398  ribosomal protein L22  50.94 
 
 		 110 aa  94.4  5e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000320162  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4638  50S ribosomal protein L22  50.94 
 
 		 110 aa  94.4  5e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0328992  normal  0.0807063 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3631  50S ribosomal protein L22  50.94 
 
 		 110 aa  94.4  5e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000221962  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3631  50S ribosomal protein L22  50.94 
 
 		 110 aa  94.4  5e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.026549  normal  0.464818 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0300  ribosomal protein L22  47.17 
 
 		 110 aa  94.4  5e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00141002  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3509  50S ribosomal protein L22  50.94 
 
 		 110 aa  94.4  5e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000131038  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3798  50S ribosomal protein L22  50.94 
 
 		 110 aa  94.4  5e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000622145  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3700  50S ribosomal protein L22  50.94 
 
 		 110 aa  94.4  5e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000326609  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3610  50S ribosomal protein L22  50.94 
 
 		 110 aa  94.4  5e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000037432  hitchhiker  0.00902859 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3802  50S ribosomal protein L22  50.94 
 
 		 110 aa  94.4  5e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0244265  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0398  50S ribosomal protein L22  50.94 
 
 		 110 aa  94.4  5e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000614919  hitchhiker  0.000253189 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03117  hypothetical protein  50.94 
 
 		 110 aa  94.4  5e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00216887  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3704  50S ribosomal protein L22  50.94 
 
 		 110 aa  94.4  5e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000889443  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3739  50S ribosomal protein L22  50.94 
 
 		 110 aa  94.4  5e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.334388  normal  0.0231342 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3746  50S ribosomal protein L22  50.94 
 
 		 110 aa  94  6e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000646625  hitchhiker  0.0040389 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>