58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3003 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3003  Outer membrane autotransporter barrel  100 
 
 		 1695 aa  3133    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.277946 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5804  cell surface receptor IPT/TIG domain-containing protein  49.87 
 
 		 1394 aa  418  9.999999999999999e-116  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.512223  normal  0.443028 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5889  cell surface receptor IPT/TIG domain-containing protein  41.04 
 
 		 859 aa  271  5e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.622586 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0756  polymorphic outer membrane protein  60.4 
 
 		 2042 aa  160  2e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.442384  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2564  cell surface receptor IPT/TIG domain protein  47.41 
 
 		 247 aa  132  5.0000000000000004e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.168937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_14944  predicted protein  24.04 
 
 		 4372 aa  131  9.000000000000001e-29  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2563  cell surface receptor IPT/TIG domain protein  44.34 
 
 		 336 aa  130  3e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.23893  normal  1 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_31813  predicted protein  24.54 
 
 		 1581 aa  90.5  3e-16  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.209863 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3285  Outer membrane autotransporter barrel  26.72 
 
 		 1895 aa  86.3  0.000000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.761058 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0325  cell surface receptor IPT/TIG domain protein  25.79 
 
 		 597 aa  83.6  0.00000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2341  cell surface receptor IPT/TIG domain protein  63.53 
 
 		 757 aa  83.6  0.00000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.480473 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3065  PA14 domain-containing protein  32.79 
 
 		 14944 aa  80.9  0.0000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2915  cell wall/surface repeat protein  39.01 
 
 		 1310 aa  80.9  0.0000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2919  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  36.08 
 
 		 1876 aa  78.2  0.000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.830797  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3640  outer membrane autotransporter barrel domain protein  52.63 
 
 		 1673 aa  77.8  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2781  outer membrane autotransporter  26.28 
 
 		 2886 aa  77.4  0.000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0115  putative hemagglutinin-related protein  36.21 
 
 		 1672 aa  77.4  0.000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4248  cell surface receptor IPT/TIG domain-containing protein  56.38 
 
 		 1848 aa  73.2  0.00000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.296495 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2855  cell surface receptor IPT/TIG domain-containing protein  32.43 
 
 		 726 aa  72.8  0.00000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1250  cell surface receptor IPT/TIG domain-containing protein  33.56 
 
 		 740 aa  72.8  0.00000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.816915  normal  0.345768 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3263  hypothetical protein  40.17 
 
 		 487 aa  66.6  0.000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.000325549  normal  0.271166 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0844  cell surface receptor IPT/TIG domain protein  42.11 
 
 		 311 aa  65.9  0.000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2327  cell surface receptor IPT/TIG domain-containing protein  33.33 
 
 		 12684 aa  63.9  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.614505 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_92778  predicted protein  24.24 
 
 		 1716 aa  64.3  0.00000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.217653 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0105  protease-like  41.84 
 
 		 1478 aa  63.5  0.00000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.34808 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1932  hypothetical protein  24.2 
 
 		 604 aa  63.2  0.00000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6378  hypothetical protein  47.19 
 
 		 556 aa  62.8  0.00000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.355816 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1454  cell surface receptor IPT/TIG domain protein  32.18 
 
 		 1095 aa  60.5  0.0000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000744178  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5752  lipase class 3  32.8 
 
 		 512 aa  60.8  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0300845  normal  0.133238 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4051  PKD domain-containing protein  29.99 
 
 		 2262 aa  60.1  0.0000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2980  integrin-like protein  38.54 
 
 		 1126 aa  59.7  0.0000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.16679  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0654  cell surface receptor IPT/TIG domain protein  40 
 
 		 311 aa  58.5  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6489  hypothetical protein  54.67 
 
 		 631 aa  57.8  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3346  hypothetical protein  47.73 
 
 		 300 aa  58.2  0.000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.605131  normal  0.0139562 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1715  regulator of chromosome condensation, RCC1  38.79 
 
 		 563 aa  56.6  0.000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000999119 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2978  regulator of chromosome condensation, RCC1  49.35 
 
 		 561 aa  56.2  0.000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.310394  hitchhiker  0.0000443731 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2290  YD repeat protein  40.78 
 
 		 6272 aa  56.2  0.000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3230  Ig-like, group 2  36.08 
 
 		 1245 aa  54.7  0.00001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.16456  normal  0.0136569 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2049  hypothetical protein  28.75 
 
 		 14609 aa  54.7  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2696  outer membrane autotransporter  26.82 
 
 		 2194 aa  52  0.00009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.533245 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4018  integrin-like protein  44.64 
 
 		 1275 aa  52  0.0001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4229  FG-GAP repeat protein  35.47 
 
 		 1527 aa  50.1  0.0003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.460586  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4812  peptidase S8 and S53 subtilisin kexin sedolisin  45.83 
 
 		 912 aa  50.4  0.0003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.680654  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1387  integrin-like protein  31.03 
 
 		 1490 aa  50.1  0.0004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.051369 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3865  hypothetical protein  28.21 
 
 		 367 aa  49.7  0.0004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.197458  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2775  hypothetical protein  57.14 
 
 		 1182 aa  49.3  0.0006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.465678  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1858  IPT/TIG domain-containing protein  48.57 
 
 		 1081 aa  49.3  0.0006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0239021  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1588  Outer membrane autotransporter barrel  25.1 
 
 		 1184 aa  49.3  0.0006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.635077 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0450  protease  44.32 
 
 		 1207 aa  49.3  0.0007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.470359 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0251  outer membrane autotransporter  23.26 
 
 		 1359 aa  49.3  0.0007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0490823  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2054  hypothetical protein  45.16 
 
 		 342 aa  49.3  0.0007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.368347 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2914  cell surface receptor IPT/TIG domain protein  53.49 
 
 		 1035 aa  48.5  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3540  hypothetical protein  36 
 
 		 1289 aa  48.1  0.002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5077  hypothetical protein  44.57 
 
 		 1009 aa  47.8  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.101156  normal  0.100954 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1593  regulator of chromosome condensation RCC1  30.19 
 
 		 558 aa  47.8  0.002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0107683  decreased coverage  0.00113997 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03554  hemagglutinin-like protein  22.76 
 
 		 1222 aa  46.6  0.004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0460  integrin-like protein  42.68 
 
 		 1124 aa  46.6  0.004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.849275 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2088  cell surface receptor IPT/TIG domain-containing protein  34.06 
 
 		 323 aa  46.2  0.006  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>