More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2991 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_0734  replicative DNA helicase  70.84 
 
 
499 aa  720    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00267216  normal  0.96044 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1515  replicative DNA helicase  69.06 
 
 
498 aa  706    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.84588  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4633  replicative DNA helicase  72.58 
 
 
495 aa  736    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.746602  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5417  replicative DNA helicase  70.48 
 
 
495 aa  724    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0131044  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0450  replicative DNA helicase  69.79 
 
 
501 aa  704    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.741231  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2404  replicative DNA helicase  72.43 
 
 
493 aa  725    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.652213  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1193  replicative DNA helicase  68.88 
 
 
498 aa  697    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0321974  normal  0.164958 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3938  replicative DNA helicase  69.88 
 
 
495 aa  723    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.19512 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4306  replicative DNA helicase  69.88 
 
 
495 aa  723    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.337711  normal  0.052165 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2013  replicative DNA helicase  82.06 
 
 
496 aa  860    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.289169 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0563  replicative DNA helicase  68.14 
 
 
501 aa  705    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3475  replicative DNA helicase  65.67 
 
 
497 aa  648    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.248097 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3808  replicative DNA helicase  83.27 
 
 
502 aa  847    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.206642  normal  0.455208 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2458  replicative DNA helicase  94.78 
 
 
498 aa  972    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0617569  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3494  replicative DNA helicase  93.78 
 
 
498 aa  967    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2290  replicative DNA helicase  87.35 
 
 
498 aa  912    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.308147  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2991  replicative DNA helicase  100 
 
 
498 aa  1014    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1050  replicative DNA helicase  69.09 
 
 
498 aa  700    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.250549 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2289  replicative DNA helicase  82.26 
 
 
496 aa  863    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4412  replicative DNA helicase  70.28 
 
 
495 aa  724    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.226363 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0456  replicative DNA helicase  70 
 
 
501 aa  706    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.859558  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0490  replicative DNA helicase  61.24 
 
 
500 aa  638    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0987  replicative DNA helicase  70.73 
 
 
496 aa  726    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.326082  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2594  replicative DNA helicase  74.21 
 
 
495 aa  740    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0332961 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0416  replicative DNA helicase  72.31 
 
 
498 aa  725    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.727024 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2307  replicative DNA helicase  71.37 
 
 
497 aa  720    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.954316  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1928  replicative DNA helicase  59.28 
 
 
496 aa  551  1e-156  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.671087  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0323  replicative DNA helicase  59.28 
 
 
496 aa  551  1e-156  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0579  replicative DNA helicase  59.28 
 
 
496 aa  551  1e-155  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2373  replicative DNA helicase  56.29 
 
 
506 aa  542  1e-153  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.547053  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2508  replicative DNA helicase  58.02 
 
 
493 aa  532  1e-150  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.243738  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1778  replicative DNA helicase  54.78 
 
 
505 aa  523  1e-147  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0594772  normal  0.225806 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1209  replicative DNA helicase  56.26 
 
 
494 aa  524  1e-147  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.472945  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4469  replicative DNA helicase  54.89 
 
 
499 aa  507  9.999999999999999e-143  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1740  replicative DNA helicase  55.04 
 
 
501 aa  499  1e-140  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.057325  normal  0.693114 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0410  DnaB helicase  52.93 
 
 
507 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1848  replicative DNA helicase  52.18 
 
 
504 aa  467  9.999999999999999e-131  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2873  replicative DNA helicase  51.68 
 
 
494 aa  462  1e-129  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0766  replicative DNA helicase  50.81 
 
 
503 aa  460  9.999999999999999e-129  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.13273  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4055  replicative DNA helicase  48.74 
 
 
504 aa  455  1.0000000000000001e-126  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0142  replicative DNA helicase  50.21 
 
 
504 aa  427  1e-118  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0571  replicative DNA helicase  44.54 
 
 
488 aa  387  1e-106  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0553  replicative DNA helicase  44.97 
 
 
494 aa  388  1e-106  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.78949  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0451  replicative DNA helicase  44.89 
 
 
488 aa  387  1e-106  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0354  replicative DNA helicase  41.24 
 
 
483 aa  371  1e-101  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0258  primary replicative DNA helicase  43.48 
 
 
460 aa  355  1e-96  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.256093  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2211  replicative DNA helicase  40.17 
 
 
442 aa  334  2e-90  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2442  replicative DNA helicase  40.09 
 
 
457 aa  331  2e-89  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000892281 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2819  replicative DNA helicase  40.09 
 
 
457 aa  331  2e-89  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1931  replicative DNA helicase  41.68 
 
 
461 aa  326  8.000000000000001e-88  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4008  replicative DNA helicase  40.17 
 
 
453 aa  325  9e-88  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000502825  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2924  replicative DNA helicase  39.75 
 
 
459 aa  324  2e-87  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.124062  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0016  replicative DNA helicase  39.7 
 
 
466 aa  324  2e-87  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0016  replicative DNA helicase  39.7 
 
 
466 aa  324  2e-87  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0124899  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5578  replicative DNA helicase  40.17 
 
 
453 aa  323  4e-87  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.6689500000000002e-23 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5321  replicative DNA helicase  40.17 
 
 
453 aa  323  4e-87  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0278999  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5149  replicative DNA helicase  40.17 
 
 
453 aa  323  4e-87  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000056604  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5165  replicative DNA helicase  40.17 
 
 
453 aa  323  4e-87  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000098375  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5717  replicative DNA helicase  40.17 
 
 
453 aa  323  4e-87  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.000000000293177  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5656  replicative DNA helicase  40.17 
 
 
453 aa  323  4e-87  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.0000000115662  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5595  replicative DNA helicase  40.17 
 
 
453 aa  323  5e-87  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000964148  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3301  replicative DNA helicase  39.53 
 
 
440 aa  323  5e-87  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.21798  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2537  replicative DNA helicase  39.49 
 
 
466 aa  322  7e-87  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5340  replicative DNA helicase  39.96 
 
 
449 aa  322  9.999999999999999e-87  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000000100588  hitchhiker  0.000000000805673 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5261  replicative DNA helicase  39.96 
 
 
453 aa  322  9.999999999999999e-87  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000442873  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0082  replicative DNA helicase  39.03 
 
 
446 aa  321  1.9999999999999998e-86  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1330  primary replicative DNA helicase  39.13 
 
 
462 aa  320  5e-86  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.455664  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1220  primary replicative DNA helicase  41.94 
 
 
469 aa  319  9e-86  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.452255 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4930  replicative DNA helicase  40.29 
 
 
465 aa  319  9e-86  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000680092 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3990  replicative DNA helicase  40.13 
 
 
444 aa  318  1e-85  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000661916 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1325  primary replicative DNA helicase  39.96 
 
 
454 aa  318  1e-85  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2256  primary replicative DNA helicase  38.89 
 
 
445 aa  317  3e-85  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000224677  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1149  replicative DNA helicase  39.91 
 
 
444 aa  315  9.999999999999999e-85  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000486046  hitchhiker  0.00581399 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0585  replicative DNA helicase  38.73 
 
 
464 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.35566 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2580  replicative DNA helicase  39.68 
 
 
468 aa  314  1.9999999999999998e-84  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.962288  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65130  replicative DNA helicase  38.24 
 
 
464 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4754  replicative DNA helicase  40.08 
 
 
465 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.100967 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4873  replicative DNA helicase  40.08 
 
 
465 aa  314  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.495294  normal  0.581353 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5658  replicative DNA helicase  38.24 
 
 
464 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.313319  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4349  replicative DNA helicase  38.61 
 
 
441 aa  314  2.9999999999999996e-84  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0748508  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4664  replicative DNA helicase  39.46 
 
 
465 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0851035 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2391  replicative DNA helicase  40.3 
 
 
469 aa  313  5.999999999999999e-84  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2910  primary replicative DNA helicase  39.19 
 
 
448 aa  312  1e-83  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000000233122  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4929  replicative DNA helicase  38.32 
 
 
464 aa  311  2e-83  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2568  primary replicative DNA helicase  38.51 
 
 
456 aa  311  2e-83  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00282826  normal  0.174192 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1337  replicative DNA helicase  39.19 
 
 
450 aa  310  5e-83  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1735  replicative DNA helicase  39.79 
 
 
461 aa  308  1.0000000000000001e-82  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0740032  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0985  replicative DNA helicase  40.04 
 
 
472 aa  308  1.0000000000000001e-82  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.701163 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1815  replicative DNA helicase  39.49 
 
 
446 aa  308  1.0000000000000001e-82  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0649  replicative DNA helicase  37.42 
 
 
464 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000112072 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27870  primary replicative DNA helicase  39.2 
 
 
464 aa  307  2.0000000000000002e-82  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0308941  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2387  replicative DNA helicase  37.18 
 
 
442 aa  308  2.0000000000000002e-82  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0998  replicative DNA helicase  38.35 
 
 
456 aa  306  4.0000000000000004e-82  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3273  replicative DNA helicase  37.97 
 
 
456 aa  306  4.0000000000000004e-82  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3540  replicative DNA helicase  38.96 
 
 
454 aa  306  5.0000000000000004e-82  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0538  replicative DNA helicase  38.11 
 
 
465 aa  306  7e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.294706 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1097  replicative DNA helicase  36.06 
 
 
481 aa  305  1.0000000000000001e-81  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.513997  normal  0.0220544 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2970  replicative DNA helicase  36.08 
 
 
444 aa  305  1.0000000000000001e-81  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04796  replicative DNA helicase  37.58 
 
 
476 aa  304  2.0000000000000002e-81  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.744907  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1827  replicative DNA helicase  38.33 
 
 
481 aa  304  3.0000000000000004e-81  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.981728  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>