More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2986 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2986  30S ribosomal protein S18  100 
 
 		 79 aa  158  3e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.574471 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3488  30S ribosomal protein S18  98.73 
 
 		 79 aa  156  9e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.329035  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2463  30S ribosomal protein S18  98.73 
 
 		 79 aa  155  2e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1692  30S ribosomal protein S18  96.2 
 
 		 79 aa  154  3e-37  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.240883  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2295  30S ribosomal protein S18  97.47 
 
 		 79 aa  154  3e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0262135  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2356  30S ribosomal protein S18  94.94 
 
 		 79 aa  154  6e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.160998  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1917  30S ribosomal protein S18  81.01 
 
 		 82 aa  133  9.999999999999999e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.160715  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0460  30S ribosomal protein S18  79.75 
 
 		 82 aa  132  1.9999999999999998e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0454  30S ribosomal protein S18  79.75 
 
 		 82 aa  132  1.9999999999999998e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0234797  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1519  30S ribosomal protein S18  80.25 
 
 		 82 aa  132  1.9999999999999998e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.114713  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0568  30S ribosomal protein S18  79.75 
 
 		 82 aa  131  1.9999999999999998e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1511  30S ribosomal protein S18  85.14 
 
 		 95 aa  131  3.9999999999999996e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3119  30S ribosomal protein S18  86.3 
 
 		 88 aa  130  3.9999999999999996e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.258718  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1196  30S ribosomal protein S18  80.52 
 
 		 82 aa  130  6e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.215666  normal  0.0237747 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1053  30S ribosomal protein S18  80.52 
 
 		 82 aa  130  6e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.271077 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0740  30S ribosomal protein S18  78.21 
 
 		 82 aa  130  6e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.182149 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0493  30S ribosomal protein S18  85.14 
 
 		 82 aa  130  6.999999999999999e-30  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3039  30S ribosomal protein S18  81.08 
 
 		 91 aa  129  2.0000000000000002e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.230428 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3814  30S ribosomal protein S18  96.2 
 
 		 79 aa  128  2.0000000000000002e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.295923  normal  0.120309 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2187  30S ribosomal protein S18  82.43 
 
 		 75 aa  129  2.0000000000000002e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1044  30S ribosomal protein S18  82.43 
 
 		 75 aa  129  2.0000000000000002e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.143453 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0890  30S ribosomal protein S18  81.08 
 
 		 75 aa  127  4.0000000000000003e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0721689  normal  0.483607 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2511  30S ribosomal protein S18  87.14 
 
 		 92 aa  127  5.0000000000000004e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.460729  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0140  30S ribosomal protein S18  79.73 
 
 		 75 aa  125  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1351  30S ribosomal protein S18  79.73 
 
 		 75 aa  125  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0404596  normal  0.254507 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1773  30S ribosomal protein S18  79.73 
 
 		 75 aa  125  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1211  SSU ribosomal protein S18P  83.56 
 
 		 84 aa  125  2.0000000000000002e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.114712  normal  0.854081 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5420  30S ribosomal protein S18  90.77 
 
 		 83 aa  121  3e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0173473  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1415  30S ribosomal protein S18  77.78 
 
 		 74 aa  121  3e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0899  30S ribosomal protein S18  89.23 
 
 		 80 aa  120  4e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0242171 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2304  30S ribosomal protein S18  89.23 
 
 		 80 aa  120  5e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.554922  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4636  30S ribosomal protein S18  90.77 
 
 		 82 aa  120  9e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.171123  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3362  ribosomal protein S18  89.06 
 
 		 81 aa  119  9.999999999999999e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2591  30S ribosomal protein S18  90.77 
 
 		 83 aa  119  9.999999999999999e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0274344 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4416  30S ribosomal protein S18  87.69 
 
 		 84 aa  119  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.221922 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4309  30S ribosomal protein S18  87.69 
 
 		 84 aa  119  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0685461 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1621  30S ribosomal protein S18  77.03 
 
 		 75 aa  119  1.9999999999999998e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0249871  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3941  30S ribosomal protein S18  87.69 
 
 		 84 aa  119  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.182221 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1901  30S ribosomal protein S18  76.39 
 
 		 74 aa  117  6e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.162774 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0413  30S ribosomal protein S18  86.15 
 
 		 78 aa  116  9.999999999999999e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.420055  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0084  30S ribosomal protein S18  75 
 
 		 74 aa  115  1.9999999999999998e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.448199  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2460  SSU ribosomal protein S18P  63.16 
 
 		 106 aa  102  1e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.168294 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0584  30S ribosomal protein S18  65.71 
 
 		 74 aa  92.4  2e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.501506  hitchhiker  6.40936e-16 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0656  30S ribosomal protein S18  62.86 
 
 		 74 aa  91.3  4e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1436  30S ribosomal protein S18  64.71 
 
 		 75 aa  91.3  4e-18  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00709518  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3062  30S ribosomal protein S18  64.71 
 
 		 75 aa  91.3  4e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.382795  normal  0.211294 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0743  30S ribosomal protein S18  64.71 
 
 		 75 aa  90.5  6e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000702658  hitchhiker  0.000126667 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3928  30S ribosomal protein S18  64.71 
 
 		 75 aa  90.5  6e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0734  30S ribosomal protein S18  64.71 
 
 		 75 aa  90.5  6e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0213573  hitchhiker  0.0000000101296 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0755  30S ribosomal protein S18  64.71 
 
 		 75 aa  90.5  6e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000506389  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3641  30S ribosomal protein S18  64.71 
 
 		 75 aa  90.5  6e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000922351  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3258  30S ribosomal protein S18  64.71 
 
 		 75 aa  90.5  6e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000185776  hitchhiker  0.00000962833 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0689  30S ribosomal protein S18  64.71 
 
 		 75 aa  90.5  6e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00223713  hitchhiker  0.000284829 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0703  30S ribosomal protein S18  64.71 
 
 		 75 aa  90.5  6e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000172761  hitchhiker  0.00040257 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0713  30S ribosomal protein S18  64.71 
 
 		 75 aa  90.5  6e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.348938  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0517  30S ribosomal protein S18  64.71 
 
 		 75 aa  90.5  7e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.370813  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3584  30S ribosomal protein S18  63.24 
 
 		 75 aa  89.4  1e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.173791  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3282  30S ribosomal protein S18  63.24 
 
 		 75 aa  90.1  1e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0561913  hitchhiker  0.000203056 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1338  30S ribosomal protein S18  61.76 
 
 		 76 aa  89.4  1e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0621321  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4210  30S ribosomal protein S18  63.24 
 
 		 75 aa  89.4  1e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.882361  hitchhiker  0.000251035 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1031  30S ribosomal protein S18  61.76 
 
 		 76 aa  89.4  1e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0759  30S ribosomal protein S18  63.24 
 
 		 75 aa  89.4  1e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.190988  hitchhiker  0.000000223269 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04069  30S ribosomal protein S18  62.86 
 
 		 75 aa  89.4  2e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3791  ribosomal protein S18  62.86 
 
 		 75 aa  89.4  2e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00509801  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0776  30S ribosomal protein S18  62.86 
 
 		 75 aa  89.4  2e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00000892175  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4672  30S ribosomal protein S18  62.86 
 
 		 75 aa  89.4  2e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.998059 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4811  30S ribosomal protein S18  62.86 
 
 		 75 aa  89.4  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0274683  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1641  30S ribosomal protein S18  61.76 
 
 		 75 aa  89.4  2e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0283547  normal  0.0346788 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3811  30S ribosomal protein S18  62.86 
 
 		 75 aa  89.4  2e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0521651 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3421  ribosomal protein S18  63.24 
 
 		 75 aa  89  2e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.169339 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4671  30S ribosomal protein S18  62.86 
 
 		 75 aa  89.4  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00669693  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5717  30S ribosomal protein S18  62.86 
 
 		 75 aa  89.4  2e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.375297  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0796  30S ribosomal protein S18  62.86 
 
 		 75 aa  89.4  2e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000510602  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4763  30S ribosomal protein S18  62.86 
 
 		 75 aa  89.4  2e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4446  30S ribosomal protein S18  62.86 
 
 		 75 aa  89.4  2e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0572  ribosomal protein S18  63.24 
 
 		 75 aa  89  2e-17  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.504032  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4753  30S ribosomal protein S18  62.86 
 
 		 75 aa  89.4  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0729519  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04031  hypothetical protein  62.86 
 
 		 75 aa  89.4  2e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3349  30S ribosomal protein S18  63.24 
 
 		 75 aa  89  2e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000024458  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4735  30S ribosomal protein S18  62.86 
 
 		 75 aa  89.4  2e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.260572  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4789  30S ribosomal protein S18  62.86 
 
 		 75 aa  89.4  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0963003  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0373  30S ribosomal protein S18  62.86 
 
 		 75 aa  89.4  2e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0319671  normal  0.0301658 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4661  30S ribosomal protein S18  62.86 
 
 		 75 aa  89.4  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.13301  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3590  30S ribosomal protein S18  62.86 
 
 		 75 aa  88.6  3e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.307968  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3433  30S ribosomal protein S18  62.86 
 
 		 75 aa  88.6  3e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00939921  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2037  ribosomal protein S18  64.18 
 
 		 76 aa  87.4  6e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.166902  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0924  ribosomal protein S18  61.76 
 
 		 74 aa  87  7e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.373301  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1549  30S ribosomal protein S18  57.35 
 
 		 75 aa  87  8e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1434  30S ribosomal protein S18  57.35 
 
 		 75 aa  87  8e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2588  30S ribosomal protein S18  58.82 
 
 		 76 aa  87  8e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.752864 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3637  30S ribosomal protein S18  61.43 
 
 		 75 aa  86.7  9e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0682  30S ribosomal protein S18  61.43 
 
 		 75 aa  86.7  9e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0448  30S ribosomal protein S18  61.43 
 
 		 75 aa  86.7  9e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00435788 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3782  30S ribosomal protein S18  61.43 
 
 		 75 aa  86.7  9e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00745  30S ribosomal protein S18  57.35 
 
 		 76 aa  85.9  2e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.613411  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2823  ribosomal protein S18  60 
 
 		 92 aa  85.5  2e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.408333  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2445  ribosomal protein S18  60 
 
 		 92 aa  85.5  2e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0042166 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0694  30S ribosomal protein S18  52.7 
 
 		 95 aa  84.3  5e-16  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.276766  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1934  ribosomal protein S18  62.69 
 
 		 74 aa  84  7e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.250727  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1949  30S ribosomal protein S18  51.39 
 
 		 94 aa  83.6  8e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.879875  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>