242 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2975 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_2975  hypothetical protein  100 
 
 
295 aa  597  1e-170  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.298922 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2471  hypothetical protein  92.54 
 
 
295 aa  537  9.999999999999999e-153  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3480  hypothetical protein  82.37 
 
 
295 aa  511  1e-144  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2304  hypothetical protein  81.36 
 
 
295 aa  499  1e-140  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00318843  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2349  hypothetical protein  75.25 
 
 
295 aa  450  1e-125  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1684  hypothetical protein  70.85 
 
 
295 aa  444  1.0000000000000001e-124  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3822  hypothetical protein  75.25 
 
 
295 aa  447  1.0000000000000001e-124  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.169927 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3135  hypothetical protein  51.88 
 
 
310 aa  300  2e-80  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.338294 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1291  hypothetical protein  50.85 
 
 
294 aa  292  4e-78  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.40526  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0463  hypothetical protein  49.16 
 
 
299 aa  278  8e-74  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0468  hypothetical protein  49.16 
 
 
299 aa  278  8e-74  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.306988  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1534  hypothetical protein  48.31 
 
 
296 aa  271  1e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0415329  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0575  hypothetical protein  48.16 
 
 
299 aa  271  1e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0989  YicC domain protein  48.49 
 
 
294 aa  260  2e-68  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0120989 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0758  hypothetical protein  46.1 
 
 
295 aa  260  2e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.185602 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3194  hypothetical protein  47.97 
 
 
291 aa  257  1e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0395546 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1061  hypothetical protein  48.31 
 
 
295 aa  256  3e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0155271 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3719  hypothetical protein  45.24 
 
 
304 aa  252  5.000000000000001e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.381583  normal  0.118863 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1204  hypothetical protein  46.44 
 
 
295 aa  250  2e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00118666 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2782  domain of unknown function DUF1732  47.3 
 
 
291 aa  249  4e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3355  hypothetical protein  48.15 
 
 
295 aa  248  6e-65  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.649105 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0428  hypothetical protein  45.51 
 
 
295 aa  246  4e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1952  protein of unknown function DUF1732  43.39 
 
 
294 aa  239  2.9999999999999997e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.523153  normal  0.129872 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2276  domain of unknown function DUF1732  43.54 
 
 
304 aa  236  4e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.173041  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1999  hypothetical protein  43.2 
 
 
304 aa  236  5.0000000000000005e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.19753  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1764  hypothetical protein  44.11 
 
 
295 aa  232  6e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.58123  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1219  hypothetical protein  43.34 
 
 
293 aa  223  3e-57  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.237953 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1448  hypothetical protein  42.33 
 
 
302 aa  218  8.999999999999998e-56  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0364721  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2522  hypothetical protein  44.15 
 
 
293 aa  216  2.9999999999999998e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2441  hypothetical protein  39.73 
 
 
294 aa  209  6e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000733927 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1267  hypothetical protein  41.39 
 
 
298 aa  203  2e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2920  hypothetical protein  38.46 
 
 
296 aa  189  4e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1564  hypothetical protein  38.46 
 
 
296 aa  189  4e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.329203  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1103  hypothetical protein  39.46 
 
 
296 aa  186  3e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0116911 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04050  hypothetical protein  39.32 
 
 
287 aa  182  6e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4387  hypothetical protein  39 
 
 
287 aa  182  7e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.113802 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1528  hypothetical protein  38.93 
 
 
294 aa  181  1e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.214783  normal  0.106302 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70430  hypothetical protein  38.46 
 
 
287 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001828  protein YicC  36.03 
 
 
288 aa  171  1e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.172185  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6111  hypothetical protein  38.13 
 
 
287 aa  171  1e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.366969  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5295  hypothetical protein  36.79 
 
 
287 aa  170  2e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.10654  normal  0.478685 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00647  hypothetical protein  35.35 
 
 
288 aa  170  2e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5203  hypothetical protein  36.79 
 
 
287 aa  170  2e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.208712 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2588  hypothetical protein  35.35 
 
 
288 aa  169  4e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02840  hypothetical protein  37.54 
 
 
287 aa  169  7e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0178  hypothetical protein  35.93 
 
 
287 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.952539  hitchhiker  0.0000731437 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0319  hypothetical protein  35.57 
 
 
309 aa  167  2e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4257  hypothetical protein  36.58 
 
 
287 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0208  hypothetical protein  34.35 
 
 
287 aa  166  5e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3605  hypothetical protein  35.81 
 
 
287 aa  165  6.9999999999999995e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3778  hypothetical protein  36.58 
 
 
287 aa  165  6.9999999999999995e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0956  hypothetical protein  34.34 
 
 
288 aa  164  1.0000000000000001e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.253768  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0318  hypothetical protein  35.02 
 
 
287 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0351  hypothetical protein  36.24 
 
 
287 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5548  hypothetical protein  35.29 
 
 
287 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.395212 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4283  hypothetical protein  35.23 
 
 
290 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0377  hypothetical protein  33.67 
 
 
287 aa  163  3e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000000623436 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3837  hypothetical protein  33.33 
 
 
287 aa  163  3e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5343  hypothetical protein  36.12 
 
 
287 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.02593 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0107  hypothetical protein  34.69 
 
 
287 aa  162  5.0000000000000005e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0455  hypothetical protein  36.21 
 
 
287 aa  162  7e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2475  domain of unknown function DUF1732  36.61 
 
 
287 aa  162  8.000000000000001e-39  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3845  hypothetical protein  32.99 
 
 
287 aa  162  8.000000000000001e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0394  hypothetical protein  36.21 
 
 
287 aa  162  8.000000000000001e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000359441 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0380  hypothetical protein  36.21 
 
 
287 aa  161  1e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.257824 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0367  hypothetical protein  36.21 
 
 
287 aa  161  1e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0369  hypothetical protein  36.21 
 
 
287 aa  161  1e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0076  hypothetical protein  36.16 
 
 
287 aa  160  3e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0212  hypothetical protein  35.53 
 
 
287 aa  159  7e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3684  hypothetical protein  35.37 
 
 
288 aa  158  1e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0517661 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0095  hypothetical protein  34.46 
 
 
287 aa  158  1e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.403752  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4848  hypothetical protein  33.67 
 
 
287 aa  157  3e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0744075  hitchhiker  0.0000405788 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0250  hypothetical protein  35.69 
 
 
295 aa  156  3e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000288973  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3489  hypothetical protein  34.45 
 
 
287 aa  157  3e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0987  hypothetical protein  33.45 
 
 
292 aa  155  1e-36  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00101858  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0055  hypothetical protein  32.99 
 
 
287 aa  154  1e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.926553  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0048  hypothetical protein  32.99 
 
 
287 aa  154  1e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1143  hypothetical protein  32.77 
 
 
292 aa  154  2e-36  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.37182  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4161  hypothetical protein  32.99 
 
 
287 aa  154  2e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.226862  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3207  hypothetical protein  35.27 
 
 
287 aa  154  2e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2574  hypothetical protein  38.05 
 
 
291 aa  151  1e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0448816 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0716  domain of unknown function DUF1732  36.36 
 
 
287 aa  150  2e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.637431  hitchhiker  0.00000131074 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4362  hypothetical protein  32.56 
 
 
288 aa  150  2e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.637906  normal  0.0170975 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4569  hypothetical protein  35.23 
 
 
287 aa  150  2e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000202204 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0562  yicC family protein  36.36 
 
 
287 aa  150  2e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3652  hypothetical protein  31.29 
 
 
287 aa  149  4e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2607  hypothetical protein  36.36 
 
 
291 aa  149  8e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.034124  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4015  hypothetical protein  33.11 
 
 
287 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3952  hypothetical protein  33.11 
 
 
287 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2445  hypothetical protein  36.27 
 
 
288 aa  147  2.0000000000000003e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.465243 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4122  hypothetical protein  32.77 
 
 
287 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.970694  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4061  hypothetical protein  33.11 
 
 
287 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.879365 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3934  hypothetical protein  33.11 
 
 
287 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.818058  hitchhiker  0.00001038 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4116  hypothetical protein  33.22 
 
 
287 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.124592  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03501  hypothetical protein  33.45 
 
 
287 aa  145  1e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.137526  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4145  hypothetical protein  33.45 
 
 
287 aa  145  1e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0120633  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0067  hypothetical protein  33.45 
 
 
287 aa  145  1e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0211389  hitchhiker  0.00000185241 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5014  hypothetical protein  33.45 
 
 
287 aa  145  1e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4069  hypothetical protein  33.45 
 
 
287 aa  144  1e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.105197  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4405  hypothetical protein  32.9 
 
 
287 aa  144  1e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>