More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2884 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_4129  NADH dehydrogenase I, D subunit  82.35 
 
 		 396 aa  686    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2921  NADH dehydrogenase I, D subunit  80.56 
 
 		 394 aa  676    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0800  NADH dehydrogenase subunit D  81.59 
 
 		 396 aa  677    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.331726  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1262  NADH dehydrogenase subunit D  81.59 
 
 		 396 aa  679    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0805  NADH dehydrogenase subunit D  81.33 
 
 		 396 aa  673    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0798929  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1082  NADH dehydrogenase I, D subunit  81.12 
 
 		 396 aa  683    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.129082 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1885  NADH dehydrogenase subunit D  92.13 
 
 		 402 aa  768    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.634993 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2396  NADH dehydrogenase I, D subunit  80.05 
 
 		 396 aa  667    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.213945  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1715  NADH dehydrogenase subunit D  80.05 
 
 		 396 aa  682    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0891  NADH dehydrogenase subunit D  81.33 
 
 		 396 aa  673    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.984899  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2515  NADH dehydrogenase subunit D  76.73 
 
 		 404 aa  644    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5799  NADH dehydrogenase I, D subunit  79.28 
 
 		 396 aa  676    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.143218  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1177  NADH dehydrogenase subunit D  76.73 
 
 		 402 aa  643    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.250747  normal  1 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3834  NADH dehydrogenase subunit D  78.06 
 
 		 396 aa  664    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.74836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3297  NADH dehydrogenase subunit D  92.07 
 
 		 402 aa  757    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4393  NADH dehydrogenase I, D subunit  81.59 
 
 		 396 aa  685    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0182447  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0781  NADH dehydrogenase subunit D  75.77 
 
 		 396 aa  640    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.673005  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2420  NADH dehydrogenase subunit D  82.35 
 
 		 396 aa  680    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1211  NADH dehydrogenase I, D subunit  80.87 
 
 		 396 aa  681    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2575  NADH dehydrogenase subunit D  94 
 
 		 401 aa  797    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0392469  normal  0.134645 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2404  NADH dehydrogenase subunit D  92.35 
 
 		 396 aa  758    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00163945 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1354  NADH dehydrogenase subunit D  80.56 
 
 		 396 aa  677    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.937388  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2884  NADH dehydrogenase subunit D  100 
 
 		 416 aa  863    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.736243  normal  0.115348 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1172  NADH dehydrogenase subunit D  83.33 
 
 		 396 aa  691    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2218  NADH dehydrogenase subunit D  90.52 
 
 		 402 aa  768    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.714071  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2833  NADH dehydrogenase subunit D  76.43 
 
 		 416 aa  650    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.371933  normal  0.138606 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0744  NADH dehydrogenase subunit D  75.96 
 
 		 403 aa  635    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2004  NADH dehydrogenase subunit D  77.24 
 
 		 402 aa  642    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.639359  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1025  NADH dehydrogenase subunit D  81.59 
 
 		 396 aa  684    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1358  NADH dehydrogenase subunit D  77.83 
 
 		 402 aa  651    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.121379  normal  0.0313197 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4560  NADH dehydrogenase subunit D  88.1 
 
 		 398 aa  740    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.17714 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2057  NADH dehydrogenase I, D subunit  81.89 
 
 		 396 aa  688    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.320233  normal  0.342596 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1016  NADH dehydrogenase I, D subunit  81.38 
 
 		 396 aa  684    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4630  NADH dehydrogenase I, D subunit  81 
 
 		 402 aa  669    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.193494 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3223  NADH dehydrogenase I, D subunit  80.56 
 
 		 392 aa  664    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0966966  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1173  NADH dehydrogenase subunit D  74.68 
 
 		 412 aa  630  1e-179  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.313794  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1311  NADH dehydrogenase subunit D  73.4 
 
 		 404 aa  624  1e-177  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  decreased coverage  0.00990981  normal  0.0474356 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2247  NADH dehydrogenase subunit D  71.89 
 
 		 412 aa  618  1e-176  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0299939  normal  0.120974 
 
 
-
 
NC_002978  WD0560  NADH dehydrogenase subunit D  67.94 
 
 		 390 aa  583  1.0000000000000001e-165  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1558  NADH dehydrogenase subunit D  68.29 
 
 		 392 aa  579  1e-164  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.970995  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0426  NADH dehydrogenase subunit D  67.01 
 
 		 393 aa  571  1.0000000000000001e-162  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2300  NADH dehydrogenase subunit D  67.35 
 
 		 403 aa  570  1e-161  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0616  NADH dehydrogenase subunit D  66.49 
 
 		 393 aa  566  1e-160  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0389154  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2985  NADH dehydrogenase subunit D  63.81 
 
 		 406 aa  563  1.0000000000000001e-159  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0128464  normal  0.286368 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1308  NADH dehydrogenase subunit D  63.68 
 
 		 418 aa  557  1e-157  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.652404  normal  0.522315 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0566  NADH dehydrogenase subunit D  67.36 
 
 		 388 aa  550  1e-155  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006693  CNH02730  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  64.45 
 
 		 452 aa  536  1e-151  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0924  NADH dehydrogenase subunit D  63.31 
 
 		 406 aa  534  1e-150  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1745  NADH dehydrogenase subunit D  62.02 
 
 		 417 aa  533  1e-150  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3331  NADH dehydrogenase subunit D  62.2 
 
 		 416 aa  534  1e-150  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.150101  normal  0.101451 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02414  hypothetical protein similar to NADH-ubiquinone oxidoreductase 49 kDa subunit, mitochondrial precursor (Eurofung)  62.34 
 
 		 475 aa  530  1e-149  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.151267 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5177  NADH dehydrogenase subunit D  61.78 
 
 		 417 aa  526  1e-148  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.752973  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1145  NADH dehydrogenase subunit D  61.54 
 
 		 417 aa  522  1e-147  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0197205  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1504  NADH dehydrogenase subunit D  61.3 
 
 		 417 aa  519  1e-146  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00434712 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1406  NADH dehydrogenase subunit D  61.06 
 
 		 417 aa  519  1e-146  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.564759  normal  0.621774 
 
 
-
 
NC_009046  PICST_68160  NADH-ubiquinone oxidoreductase 49 kDa subunit, mitochondrial precursor  61.9 
 
 		 474 aa  519  1e-146  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1266  NADH dehydrogenase subunit D  60.58 
 
 		 417 aa  518  1e-146  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.26222 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1031  NADH dehydrogenase subunit D  61.06 
 
 		 417 aa  519  1e-146  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0235722  normal  0.1717 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2270  NADH dehydrogenase subunit D  61.06 
 
 		 417 aa  514  1.0000000000000001e-145  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0316798  normal  0.103385 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1427  NADH dehydrogenase subunit D  59.62 
 
 		 417 aa  517  1.0000000000000001e-145  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.448612  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0416  NADH dehydrogenase subunit D  61.06 
 
 		 417 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1293  NADH dehydrogenase subunit D  61.06 
 
 		 417 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0734  NADH dehydrogenase subunit D  61.06 
 
 		 417 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.301756  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1133  NADH dehydrogenase subunit D  61.06 
 
 		 417 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.154075  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1826  NADH dehydrogenase subunit D  61.06 
 
 		 417 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1438  NADH dehydrogenase subunit D  61.06 
 
 		 417 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.09225  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2163  NADH dehydrogenase subunit D  61.06 
 
 		 417 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.549103  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5574  NADH dehydrogenase subunit D  61.3 
 
 		 417 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0121919  normal  0.276957 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1064  NADH dehydrogenase subunit D  61.06 
 
 		 417 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.240648  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2058  NADH dehydrogenase subunit D  61.54 
 
 		 417 aa  515  1.0000000000000001e-145  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1302  NADH dehydrogenase subunit D  61.06 
 
 		 417 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1634  NADH dehydrogenase subunit D  61.3 
 
 		 417 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.166476  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2284  NADH dehydrogenase subunit D  61.06 
 
 		 417 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0248166  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2246  NADH dehydrogenase subunit D  61.3 
 
 		 417 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.105278  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2627  NADH dehydrogenase subunit D  61.24 
 
 		 417 aa  513  1e-144  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2254  NADH dehydrogenase subunit D  61.24 
 
 		 417 aa  513  1e-144  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000154911 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2006  NADH dehydrogenase subunit D  60.58 
 
 		 417 aa  512  1e-144  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000196393  normal  0.17064 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1346  NADH dehydrogenase subunit D  60.1 
 
 		 417 aa  511  1e-144  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00313693  hitchhiker  0.00709586 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1094  NADH dehydrogenase subunit D  59.86 
 
 		 417 aa  509  1e-143  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.402289  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3253  NADH dehydrogenase subunit D  59.86 
 
 		 417 aa  508  1e-143  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.626895  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3211  NADH dehydrogenase subunit D  60.1 
 
 		 417 aa  511  1e-143  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2059  NADH dehydrogenase subunit D  59.38 
 
 		 417 aa  507  9.999999999999999e-143  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.102892  normal  0.0817308 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2810  NADH dehydrogenase subunit D  59.38 
 
 		 417 aa  506  9.999999999999999e-143  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.299965 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3507  NADH dehydrogenase subunit D  58.89 
 
 		 417 aa  506  9.999999999999999e-143  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0989  NADH dehydrogenase subunit D  60.05 
 
 		 417 aa  502  1e-141  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.287966  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1888  NADH dehydrogenase subunit D  58.65 
 
 		 417 aa  504  1e-141  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.187802  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0964  NADH dehydrogenase subunit D  58.65 
 
 		 417 aa  503  1e-141  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.389115  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1496  NADH dehydrogenase subunit D  59.38 
 
 		 417 aa  503  1e-141  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.709173  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0930  NADH dehydrogenase subunit D  58.65 
 
 		 417 aa  501  1e-141  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.156514  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2211  NADH dehydrogenase subunit D  58.65 
 
 		 417 aa  504  1e-141  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.518232 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0875  NADH dehydrogenase subunit D  58.65 
 
 		 417 aa  500  1e-140  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.334972  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0711  NADH dehydrogenase I, D subunit  60.29 
 
 		 417 aa  500  1e-140  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.577358  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0820  NADH dehydrogenase subunit D  57.93 
 
 		 417 aa  501  1e-140  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.205502  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1048  NADH dehydrogenase subunit D  57.93 
 
 		 417 aa  498  1e-140  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0960  NADH dehydrogenase subunit D  58.65 
 
 		 417 aa  500  1e-140  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000966275 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0952  NADH dehydrogenase subunit D  58.89 
 
 		 417 aa  498  1e-139  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.597503 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3632  NADH dehydrogenase subunit D  60.36 
 
 		 397 aa  496  1e-139  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.638594 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2833  NADH dehydrogenase subunit D  59.38 
 
 		 417 aa  491  9.999999999999999e-139  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1967  NADH dehydrogenase subunit D  58.17 
 
 		 417 aa  493  9.999999999999999e-139  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0788296 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2027  NADH dehydrogenase subunit D  57.69 
 
 		 436 aa  489  1e-137  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.127355  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>