More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2856 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2856  elongation factor Ts  100 
 
 		 308 aa  617  1e-176  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.268304 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2827  elongation factor Ts  95.45 
 
 		 308 aa  592  1e-168  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.161224  normal  0.539807 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3267  elongation factor Ts  92.53 
 
 		 308 aa  578  1e-164  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.285007  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2437  elongation factor Ts  87.34 
 
 		 308 aa  533  1e-150  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.223909  normal  0.179071 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1695  elongation factor Ts  79.8 
 
 		 307 aa  492  9.999999999999999e-139  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4516  elongation factor Ts  79.07 
 
 		 300 aa  483  1e-135  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1858  elongation factor Ts  77.52 
 
 		 307 aa  474  1e-133  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0307388 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1693  elongation factor Ts  63.33 
 
 		 310 aa  366  1e-100  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.576382 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2525  elongation factor Ts  59.02 
 
 		 308 aa  353  2e-96  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1382  elongation factor Ts  58.59 
 
 		 307 aa  353  2e-96  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1777  elongation factor Ts  59.15 
 
 		 308 aa  340  1e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1161  elongation factor Ts  57.29 
 
 		 305 aa  337  1.9999999999999998e-91  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.352257  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1118  elongation factor Ts  57.29 
 
 		 305 aa  337  1.9999999999999998e-91  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.681588  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1584  elongation factor Ts  59.15 
 
 		 308 aa  337  1.9999999999999998e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1132  elongation factor Ts  56.23 
 
 		 307 aa  334  1e-90  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2030  elongation factor Ts  55.25 
 
 		 310 aa  329  3e-89  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1381  elongation factor Ts  56.73 
 
 		 312 aa  329  3e-89  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.281717  normal  0.0336463 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2224  elongation factor Ts  60.33 
 
 		 310 aa  328  9e-89  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0584  elongation factor Ts  55.56 
 
 		 307 aa  326  3e-88  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.227112  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4438  elongation factor Ts  59.55 
 
 		 307 aa  321  9.999999999999999e-87  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000816473 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4828  elongation factor Ts  59.28 
 
 		 307 aa  321  9.999999999999999e-87  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0383674  normal  0.015487 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0461  elongation factor Ts  54.1 
 
 		 307 aa  318  5e-86  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.679488  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1697  elongation factor Ts  59.09 
 
 		 307 aa  317  2e-85  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.691617  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2034  elongation factor Ts  59.09 
 
 		 306 aa  316  3e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0653103 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2348  elongation factor Ts  59.09 
 
 		 306 aa  313  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.474929 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2074  elongation factor Ts  59.09 
 
 		 306 aa  313  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0812187  normal  0.288352 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3348  elongation factor Ts  53.42 
 
 		 301 aa  313  1.9999999999999998e-84  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.829134  normal  0.955126 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3195  translation elongation factor Ts  57.19 
 
 		 308 aa  311  1e-83  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3449  elongation factor Ts  57.42 
 
 		 308 aa  310  2e-83  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.190771  normal  0.488523 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1841  translation elongation factor Ts (EF-Ts)  52.32 
 
 		 303 aa  301  7.000000000000001e-81  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.844303 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1695  elongation factor Ts  56 
 
 		 301 aa  301  8.000000000000001e-81  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1211  elongation factor Ts  54.97 
 
 		 291 aa  300  2e-80  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1587  elongation factor Ts  54.25 
 
 		 309 aa  296  3e-79  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.612941  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3725  elongation factor Ts  52.51 
 
 		 296 aa  295  1e-78  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.689523  normal  0.208993 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1959  elongation factor Ts  55.52 
 
 		 308 aa  287  1e-76  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2804  elongation factor Ts  49.36 
 
 		 312 aa  285  1.0000000000000001e-75  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00290624  normal  0.651872 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2305  elongation factor Ts  52 
 
 		 291 aa  283  2.0000000000000002e-75  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.427266  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1549  elongation factor Ts  52.84 
 
 		 291 aa  277  1e-73  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.406336 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1920  translation elongation factor Ts  50.33 
 
 		 303 aa  266  4e-70  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  1.1869799999999998e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1370  elongation factor Ts  52.92 
 
 		 308 aa  251  8.000000000000001e-66  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.312706  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2709  elongation factor Ts  45.57 
 
 		 311 aa  244  9.999999999999999e-64  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.203498  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2861  elongation factor Ts  50.65 
 
 		 298 aa  243  3e-63  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.135417  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1432  elongation factor Ts  50.65 
 
 		 298 aa  243  3e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.744073  hitchhiker  0.00915816 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1511  elongation factor Ts  50.65 
 
 		 298 aa  240  2e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.501204  normal  0.0222785 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0079  translation elongation factor Ts  44.44 
 
 		 294 aa  239  2.9999999999999997e-62  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000572472  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2060  elongation factor Ts  45 
 
 		 313 aa  231  1e-59  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.515297 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0214  translation elongation factor Ts  44 
 
 		 292 aa  230  2e-59  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0516  elongation factor Ts  39.72 
 
 		 288 aa  222  4.9999999999999996e-57  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.203151  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2679  translation elongation factor Ts  41.85 
 
 		 310 aa  223  4.9999999999999996e-57  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000300093  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4882  translation elongation factor Ts  42.99 
 
 		 314 aa  221  8e-57  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2109  elongation factor Ts  44.71 
 
 		 287 aa  221  8e-57  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1953  elongation factor Ts  43.83 
 
 		 303 aa  217  2e-55  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.055152  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1671  elongation factor Ts  43.83 
 
 		 303 aa  217  2e-55  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000532175  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2045  elongation factor Ts  42.72 
 
 		 312 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00216112  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0786  elongation factor Ts  44.33 
 
 		 290 aa  216  5.9999999999999996e-55  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.124254 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0347  elongation factor Ts  44.93 
 
 		 286 aa  215  5.9999999999999996e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1496  translation elongation factor Ts  41.2 
 
 		 289 aa  215  5.9999999999999996e-55  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0515  elongation factor Ts  39.72 
 
 		 288 aa  215  7e-55  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0809  elongation factor Ts  42.24 
 
 		 294 aa  215  8e-55  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.333937  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1862  elongation factor Ts  40.59 
 
 		 292 aa  215  9e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.981206  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1445  elongation factor Ts  42.57 
 
 		 292 aa  214  9.999999999999999e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0721565  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1161  elongation factor Ts  42.57 
 
 		 292 aa  214  9.999999999999999e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.899352 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0351  elongation factor Ts  44.22 
 
 		 294 aa  213  1.9999999999999998e-54  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.556574  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0708  elongation factor Ts  45.31 
 
 		 283 aa  214  1.9999999999999998e-54  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0168239  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00168  elongation factor Ts  44.98 
 
 		 283 aa  213  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0115413  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3433  translation elongation factor Ts  44.98 
 
 		 283 aa  213  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0243528  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0172  elongation factor Ts  44.98 
 
 		 283 aa  213  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.403994  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0180  elongation factor Ts  44.98 
 
 		 283 aa  213  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00454958  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0163  elongation factor Ts  44.98 
 
 		 283 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00406817  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00167  hypothetical protein  44.98 
 
 		 283 aa  213  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00987131  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3490  elongation factor Ts  44.98 
 
 		 283 aa  213  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.126778  normal  0.506395 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0174  elongation factor Ts  44.98 
 
 		 283 aa  213  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0152981  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0181  elongation factor Ts  44.98 
 
 		 283 aa  213  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0337912  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1809  elongation factor Ts  41.5 
 
 		 288 aa  212  4.9999999999999996e-54  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.864602  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1089  elongation factor Ts  43.59 
 
 		 283 aa  211  1e-53  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0664105  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2377  translation elongation factor Ts  41.67 
 
 		 267 aa  210  3e-53  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1160  elongation factor Ts  42.62 
 
 		 293 aa  210  3e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0242  elongation factor Ts  44.66 
 
 		 283 aa  209  4e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0239  elongation factor Ts  44.66 
 
 		 283 aa  209  4e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.637528  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0239  elongation factor Ts  44.66 
 
 		 283 aa  209  4e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.62558 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0255  elongation factor Ts  44.66 
 
 		 283 aa  209  4e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3649  elongation factor Ts  45.18 
 
 		 295 aa  208  7e-53  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00136281  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1544  elongation factor Ts  42.39 
 
 		 296 aa  207  1e-52  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3789  elongation factor Ts  42.35 
 
 		 283 aa  207  1e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00180508 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0609  elongation factor Ts  42.39 
 
 		 296 aa  207  1e-52  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.00638051  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0390  elongation factor Ts  43.89 
 
 		 294 aa  208  1e-52  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.432291  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07660  translation elongation factor Ts  43.09 
 
 		 299 aa  207  2e-52  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00000000136741  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3867  elongation factor Ts  45.85 
 
 		 295 aa  207  2e-52  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000442897  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3873  elongation factor Ts  45.85 
 
 		 295 aa  207  2e-52  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000877189  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0257  elongation factor Ts  44.34 
 
 		 283 aa  207  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0428296  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0559  elongation factor Ts  41.47 
 
 		 292 aa  206  3e-52  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0031589 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1319  elongation factor Ts  44.85 
 
 		 295 aa  206  5e-52  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000605396  hitchhiker  4.6093e-17 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1453  translation elongation factor Ts  41.16 
 
 		 292 aa  205  7e-52  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.358895  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1142  elongation factor Ts  44.16 
 
 		 294 aa  204  1e-51  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000657358  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2034  elongation factor Ts  44.88 
 
 		 294 aa  204  1e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3677  elongation factor Ts  45.51 
 
 		 295 aa  204  2e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0354011  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3567  elongation factor Ts  45.51 
 
 		 295 aa  204  2e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000987514  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3585  elongation factor Ts  45.51 
 
 		 295 aa  204  2e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.425648  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3964  elongation factor Ts  45.51 
 
 		 295 aa  204  2e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000429522  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3838  elongation factor Ts  45.51 
 
 		 295 aa  204  2e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  5.61449e-62 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>