215 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2835 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_2835  HAD family hydrolase  100 
 
 
231 aa  461  1e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.160416  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2805  HAD family hydrolase  85.1 
 
 
208 aa  356  1.9999999999999998e-97  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.187459 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3244  HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 3  77.88 
 
 
208 aa  330  2e-89  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4490  putative haloacid dehalogenase-like hydrolase  59.62 
 
 
209 aa  245  4e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2458  HAD family hydrolase  62.5 
 
 
208 aa  219  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.337506  normal  0.279583 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4363  phosphatase  35.26 
 
 
199 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4270  phosphatase  35.26 
 
 
199 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03770  phosphatase  35.26 
 
 
199 aa  116  3e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.943463  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4101  HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 3  35.26 
 
 
199 aa  116  3e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4133  phosphatase  35.26 
 
 
199 aa  116  3e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4408  phosphatase  35.26 
 
 
199 aa  116  3e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03719  hypothetical protein  35.26 
 
 
199 aa  116  3e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.77682  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4110  phosphatase  35.26 
 
 
199 aa  116  3e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0806852  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0033  phosphatase  35.87 
 
 
196 aa  115  3.9999999999999997e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4187  phosphatase  35.87 
 
 
196 aa  115  3.9999999999999997e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5332  phosphatase  34.74 
 
 
199 aa  115  5e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.284807 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4350  phosphatase  35.26 
 
 
199 aa  115  6.9999999999999995e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4237  phosphatase  35.26 
 
 
199 aa  114  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4501  phosphatase  37.43 
 
 
203 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.355951  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4259  phosphatase  35.26 
 
 
199 aa  114  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4415  phosphatase  35.26 
 
 
199 aa  114  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4304  phosphatase  35.26 
 
 
199 aa  114  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.766315  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4218  phosphatase  36.9 
 
 
203 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0029  phosphatase  35.33 
 
 
196 aa  113  3e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3957  phosphatase  34.97 
 
 
198 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4093  phosphatase  34.2 
 
 
199 aa  110  2.0000000000000002e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4879  phosphatase  35.23 
 
 
196 aa  107  2e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000893081 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1005  HAD family hydrolase  32.52 
 
 
209 aa  107  2e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.10158  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0571  HAD family hydrolase  32.16 
 
 
203 aa  100  2e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5618  HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 3  29.35 
 
 
211 aa  100  2e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2711  HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 3  34.02 
 
 
217 aa  98.2  1e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0647  HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 3  31.12 
 
 
204 aa  95.9  4e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000028477  normal  0.274345 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4154  phosphatase  35.58 
 
 
203 aa  90.9  2e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0909  haloacid dehalogenase-like hydrolase  31.03 
 
 
211 aa  89.7  3e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.538395  normal  0.573349 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1518  HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 3  26.89 
 
 
216 aa  88.6  8e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.801994 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0096  HAD superfamily hydrolase  29.1 
 
 
207 aa  85.5  6e-16  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.0000147851  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2037  putative haloacid dehalogenase-like hydrolase  29.95 
 
 
203 aa  75.5  0.0000000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0002  HAD family hydrolase  26.9 
 
 
200 aa  75.5  0.0000000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.142779  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2208  HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 3  30.65 
 
 
204 aa  75.1  0.000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1856  HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 3  28.57 
 
 
224 aa  73.9  0.000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12718  putative haloacid dehalogenase-like hydrolase  24.12 
 
 
203 aa  68.2  0.0000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0441  putative L-2-haloalkanoic acid dehalogenase (HAD aspartate-nucleophile hydrolase)  25.45 
 
 
207 aa  67.8  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.238349  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4958  hydrolase  28.65 
 
 
201 aa  67  0.0000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.158078  normal  0.959815 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0043  HAD family hydrolase  28.99 
 
 
200 aa  66.2  0.0000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.237358  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3008  HAD family hydrolase  26.53 
 
 
206 aa  66.2  0.0000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.103903  normal  0.720985 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3350  HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 3  29.13 
 
 
205 aa  65.9  0.0000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00377718  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3517  HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 3  25.91 
 
 
207 aa  65.9  0.0000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00913759  normal  0.088603 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2884  Haloacid dehalogenase domain protein hydrolase  28.89 
 
 
202 aa  65.9  0.0000000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1251  HAD family phosphatase  29.33 
 
 
202 aa  64.7  0.000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000890892  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0288  HAD family hydrolase  25.5 
 
 
203 aa  63.9  0.000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3093  hypothetical protein  28.64 
 
 
209 aa  62.4  0.000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.368672 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18080  haloacid dehalogenase superfamily protein, subfamily IA, variant 3 with third motif having DD or ED  32.81 
 
 
211 aa  62.8  0.000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.588171  normal  0.386622 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1023  HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 3  28.57 
 
 
215 aa  62  0.000000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.486582  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38090  haloacid dehalogenase superfamily protein, subfamily IA, variant 3 with third motif having DD or ED  31.55 
 
 
194 aa  61.2  0.00000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.516929  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4881  HAD family hydrolase  28.37 
 
 
211 aa  60.1  0.00000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1100  HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 3  31.07 
 
 
219 aa  58.9  0.00000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0287  HAD family hydrolase  25.12 
 
 
205 aa  58.5  0.00000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.146619  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0524  putative HAD superfamily hydrolase  24.32 
 
 
209 aa  58.5  0.00000009  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.172538  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1892  HAD family hydrolase  26.15 
 
 
210 aa  58.2  0.0000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.606117  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0245  HAD family hydrolase  25.41 
 
 
231 aa  57  0.0000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3215  HAD superfamily hydrolase  26.92 
 
 
216 aa  56.6  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2528  HAD family hydrolase  25.94 
 
 
204 aa  57  0.0000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1720  HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 3  32.03 
 
 
209 aa  56.6  0.0000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  hitchhiker  0.00306678  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0394  hydrolase  28.42 
 
 
210 aa  55.8  0.0000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.778884 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0412  HAD family hydrolase  22.45 
 
 
223 aa  55.1  0.0000008  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3413  epoxide hydrolase-like phosphatase  40 
 
 
210 aa  55.1  0.0000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.15685  normal  0.959449 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4067  HAD-superfamily hydrolase, phosphatase  36.99 
 
 
212 aa  55.1  0.0000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.144005  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2715  HAD family hydrolase  26.42 
 
 
207 aa  54.7  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3489  HAD family hydrolase  31.46 
 
 
201 aa  54.7  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2026  HAD family hydrolase  27.41 
 
 
203 aa  54.3  0.000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.151114  normal  0.583157 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0053  HAD family hydrolase  27.8 
 
 
207 aa  54.3  0.000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3459  HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 3  42.42 
 
 
216 aa  53.9  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0792688  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0887  HAD family hydrolase  28.43 
 
 
206 aa  53.5  0.000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0649  hydrolase  37.14 
 
 
211 aa  53.5  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2882  HAD family hydrolase  24.54 
 
 
207 aa  54.3  0.000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0448644  normal  0.225863 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0509  HAD-superfamily hydrolase  28.64 
 
 
207 aa  53.1  0.000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2117  HAD family hydrolase  39.13 
 
 
210 aa  53.5  0.000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3596  hydrolase  28.64 
 
 
207 aa  53.1  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.623468  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2121  epoxide hydrolase domain-containing phosphatase  33.33 
 
 
215 aa  53.1  0.000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.581961  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0669  HAD family hydrolase  28.64 
 
 
207 aa  53.1  0.000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0965  HAD family hydrolase  28.64 
 
 
207 aa  53.1  0.000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.171916  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3582  HAD family hydrolase  28.64 
 
 
207 aa  53.1  0.000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.548756  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3607  HAD family hydrolase  28.64 
 
 
207 aa  53.1  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1935  HAD family hydrolase  28.64 
 
 
207 aa  53.1  0.000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.729707  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2925  HAD-superfamily hydrolase  25.23 
 
 
207 aa  52.8  0.000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3272  HAD family hydrolase  28.42 
 
 
207 aa  52.8  0.000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6895  HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 3  26.55 
 
 
195 aa  52.8  0.000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2256  HAD family hydrolase  41.27 
 
 
231 aa  52.8  0.000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00707302  hitchhiker  0.00176576 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1288  HAD family hydrolase  28.06 
 
 
212 aa  52.4  0.000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.888389  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1436  hypothetical protein  23.92 
 
 
214 aa  52.4  0.000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0136141  normal  0.0979488 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3290  HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 3  32.65 
 
 
200 aa  52.4  0.000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0030  HAD family phosphatase  28.83 
 
 
213 aa  52  0.000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.181132  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1787  Haloacid dehalogenase domain protein hydrolase  27.32 
 
 
218 aa  52  0.000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.170193 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1973  epoxide hydrolase  38.57 
 
 
212 aa  52  0.000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0784  HAD-superfamily hydrolase  34.29 
 
 
216 aa  51.6  0.00001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1780  2,3-diketo-5-methylthio-1-phosphopentane phosphatase  27.32 
 
 
231 aa  51.6  0.00001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.269926  normal  0.265772 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4259  HAD-superfamily hydrolase, subfamily IA, variant 3  35.63 
 
 
203 aa  51.6  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0900  HAD family hydrolase  23.08 
 
 
196 aa  51.2  0.00001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0492  HAD superfamily hydrolase  38.03 
 
 
205 aa  50.8  0.00002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0976  HAD family hydrolase  22.89 
 
 
198 aa  50.8  0.00002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>