36 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2659 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_2659  hypothetical protein  100 
 
 
185 aa  363  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.663395  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2622  RDD  88.65 
 
 
180 aa  322  3e-87  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.72868  normal  0.883722 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2987  RDD domain containing protein  75.68 
 
 
175 aa  276  1e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2650  RDD  71.19 
 
 
188 aa  255  3e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.54052 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2241  hypothetical protein  70.22 
 
 
179 aa  253  9e-67  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0821619  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4656  hypothetical protein  64.57 
 
 
181 aa  238  4e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1910  hypothetical protein  68.05 
 
 
179 aa  231  5e-60  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.278125  normal  0.807288 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4293  RDD domain-containing protein  52.5 
 
 
181 aa  166  1e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1261  RDD domain containing protein  43.84 
 
 
152 aa  112  3e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.295928 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0811  RDD domain-containing protein  41.38 
 
 
154 aa  112  3e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.610403 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1128  RDD domain-containing protein  41.18 
 
 
152 aa  111  6e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1602  hypothetical protein  46.15 
 
 
152 aa  106  2e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1112  RDD domain containing protein  42.47 
 
 
152 aa  105  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2537  RDD domain-containing protein  39.86 
 
 
156 aa  102  5e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.92943  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2885  RDD domain-containing protein  44.6 
 
 
175 aa  100  1e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00250053 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0751  hypothetical protein  39.16 
 
 
156 aa  99.4  3e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0756  hypothetical protein  39.16 
 
 
156 aa  99.4  3e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.840052  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7575  RDD domain containing protein  38.15 
 
 
173 aa  84.3  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.724315  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5633  RDD domain-containing protein  39.71 
 
 
162 aa  79.3  0.00000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.832887  normal  0.15374 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2120  RDD domain containing protein  36.62 
 
 
157 aa  78.2  0.00000000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4760  RDD domain containing protein  34.53 
 
 
164 aa  75.5  0.0000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.724006  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4610  RDD domain containing protein  33.09 
 
 
164 aa  72.8  0.000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.830489  normal  0.318012 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4240  RDD domain-containing protein  33.09 
 
 
164 aa  72.8  0.000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6837  RDD domain-containing protein  37.78 
 
 
177 aa  71.2  0.000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.102457  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1844  RDD  32.17 
 
 
173 aa  55.5  0.0000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.353991  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1205  RDD domain-containing protein  39.24 
 
 
160 aa  50.4  0.00002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2640  hypothetical protein  32.21 
 
 
150 aa  49.7  0.00002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.253038  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1297  RDD domain-containing protein  32.21 
 
 
150 aa  50.4  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0238  RDD domain-containing protein  32.03 
 
 
164 aa  49.7  0.00002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1788  RDD domain containing protein  29.66 
 
 
187 aa  48.5  0.00006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0098202  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1706  RDD  25.9 
 
 
170 aa  47.8  0.00009  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.305495  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1176  RDD domain-containing protein  30.2 
 
 
150 aa  46.6  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0883  RDD domain-containing protein  28.67 
 
 
143 aa  47  0.0002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.188299 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1148  RDD domain containing protein  25.55 
 
 
185 aa  45.4  0.0004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.00101829  hitchhiker  0.000000000000525817 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1904  RDD  30.46 
 
 
149 aa  45.4  0.0005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.68973 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3590  RDD domain containing protein  29.69 
 
 
310 aa  41.6  0.006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>