More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2612 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_1789  glycosyl transferase family protein  83.09 
 
 
889 aa  1514    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.121922  normal  0.0753716 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2928  glycosyl transferase family 2  84.75 
 
 
944 aa  1591    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.904629  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1280  glycosyl transferase family protein  41.84 
 
 
889 aa  678    Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0531421  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1698  glycosyl transferase family 2  41.85 
 
 
844 aa  666    Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.00000612337  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2860  glycosyl transferase family protein  94.44 
 
 
899 aa  1721    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00529842  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2600  glycosyl transferase family protein  83.97 
 
 
919 aa  1565    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0728813  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2612  glycosyl transferase family protein  100 
 
 
895 aa  1826    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.228291  hitchhiker  0.00221032 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1779  glycosyl transferase family protein  83.58 
 
 
889 aa  1537    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4173  putative beta-(1-3)-glucosyl transferase, ndvB-like protein  77.9 
 
 
895 aa  1401    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.761366  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4423  glycosyl transferase family protein  55.22 
 
 
905 aa  980    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.501491  normal  0.0679911 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1089  glycosyl transferase family protein  37.44 
 
 
885 aa  576  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.182025  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39140  Glycosyl transferase, family 2  38.99 
 
 
863 aa  568  1e-160  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0104614  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4093  glycosyl transferase family protein  37.92 
 
 
863 aa  562  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.363982  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1135  glycosyl transferase family protein  37.8 
 
 
862 aa  559  1e-158  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.67659 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49360  glucosyl transferase  38.31 
 
 
869 aa  559  1e-158  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.169531  normal  0.125269 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1526  beta-(1-3)-glucosyl transferase, putative  37.61 
 
 
863 aa  557  1e-157  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.166405 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4198  glycosyl transferase family protein  37.8 
 
 
863 aa  559  1e-157  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.80228  normal  0.702129 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2146  glycosyl transferase family protein  38.92 
 
 
903 aa  555  1e-156  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.302574  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1332  glycosyl transferase family protein  37.84 
 
 
831 aa  533  1e-150  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0376589 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0560  glycosyl transferase family protein  37.92 
 
 
917 aa  533  1e-150  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.922438  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3209  glycosyl transferase family 2  36.1 
 
 
868 aa  490  1e-137  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.871407  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1524  glycosyl transferase, group 2 family protein  35.89 
 
 
842 aa  489  1e-136  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.566497  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1372  glycosyl transferase family protein  35.27 
 
 
859 aa  487  1e-136  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0188568  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1338  glycosyl transferase family protein  33.21 
 
 
772 aa  253  1e-65  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1373  putative beta (1-6) glucan synthase  36.67 
 
 
535 aa  214  5.999999999999999e-54  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000927844  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2308  glycosyl transferase family 2  28.44 
 
 
610 aa  211  6e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0847563  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4421  putative beta (1-6) glucans synthase  39.81 
 
 
541 aa  209  3e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0112946  normal  0.554528 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1605  glycoside hydrolase family protein  36.78 
 
 
531 aa  207  8e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2930  putative beta (1-6) glucans synthase, NdvC-like protein  39.34 
 
 
536 aa  206  2e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0666963  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3208  putative glucan 1,3-beta-glucosidase  34.93 
 
 
540 aa  203  9e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.537701  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1290  glycoside hydrolase family protein  38.58 
 
 
521 aa  201  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35060  Glycoside hydrolase  38.39 
 
 
533 aa  201  7e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.923975  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1332  beta (1-6) glucans synthase  38.75 
 
 
522 aa  200  9e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.438077  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2858  putative beta (1-6) glucans synthase  38.74 
 
 
558 aa  200  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.178086  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3979  exo-beta-1 3-glucanase-like protein  40.34 
 
 
521 aa  199  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.724466  normal  0.625635 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2614  putative beta (1-6) glucans synthase  39.23 
 
 
558 aa  199  3e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.272631  hitchhiker  0.00127237 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4171  putative beta (1-6) glucans synthase, ndvC-like protein  38.74 
 
 
538 aa  197  5.000000000000001e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1740  beta (1-6) glucans synthase, putative  40.34 
 
 
525 aa  197  6e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2602  putative beta (1-6) glucans synthase  39.87 
 
 
541 aa  194  6e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.288043  normal  0.341232 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0068  exo-beta-1 3-glucanase-like  37.88 
 
 
638 aa  192  2e-47  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00110829  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1668  exo-beta-1 3-glucanase-like protein  35.66 
 
 
650 aa  192  2e-47  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.137314  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1781  putative beta (1-6) glucans synthase  37.27 
 
 
494 aa  191  7e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2837  glycoside hydrolase family protein  37.93 
 
 
529 aa  185  3e-45  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.413837  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1787  putative beta (1-6) glucans synthase  38.13 
 
 
532 aa  184  8.000000000000001e-45  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0597936 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0992  cellulose synthase (UDP-forming)  28 
 
 
501 aa  137  8e-31  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.832352 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3721  putative glycosyl hydrolase  32.44 
 
 
295 aa  127  8.000000000000001e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.439077  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1324  Cellulose synthase (UDP-forming)  32.16 
 
 
652 aa  126  2e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.531441  normal  0.84698 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0714  glycosyl transferase family protein  29.92 
 
 
501 aa  126  2e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0487319  decreased coverage  0.00470024 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0670  glycosyl transferase family protein  28.65 
 
 
501 aa  125  3e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.249955  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1164  cellulose synthase (UDP-forming)  32.16 
 
 
652 aa  125  4e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.614869 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0705  glycosyl transferase family 2  29.89 
 
 
501 aa  124  7e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.411435  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0704  glycosyl transferase family 2  29.1 
 
 
501 aa  123  9.999999999999999e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.441471  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4379  glycoside hydrolase family protein  30.86 
 
 
295 aa  122  3e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1478  glycosyl transferase family 2  30.77 
 
 
533 aa  122  3e-26  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0273  Cellulose synthase (UDP-forming)  31.4 
 
 
652 aa  122  3e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.79882  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0333  cellulose synthase  32.95 
 
 
788 aa  121  4.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.963251  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1978  cellulose synthase (UDP-forming)  32.95 
 
 
788 aa  121  4.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.693808 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2904  glycosyl transferase family protein  25.27 
 
 
546 aa  120  9.999999999999999e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0962  cellulose synthase (UDP-forming)  31.2 
 
 
788 aa  119  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.373289 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4173  hypothetical protein  32.46 
 
 
778 aa  118  6e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.703833  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2377  cellulose synthase (UDP-forming)  26.26 
 
 
716 aa  117  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.77594  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4660  glycosyl transferase family 2  29.3 
 
 
488 aa  116  2.0000000000000002e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.116626  normal  0.331734 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1398  cellulose synthase (UDP-forming)  27.78 
 
 
740 aa  116  2.0000000000000002e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  decreased coverage  0.00289904  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1766  glycosyl transferase family 2  32.92 
 
 
505 aa  115  5e-24  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.214339  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6029  cellulose synthase (UDP-forming)  26.83 
 
 
712 aa  114  7.000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1367  cellulose synthase catalytic subunit (UDP-forming)  30.71 
 
 
831 aa  114  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.393143  normal  0.0964081 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1279  Cellulose synthase (UDP-forming)  29.92 
 
 
672 aa  113  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.14202  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1245  Cellulose synthase (UDP-forming)  29.51 
 
 
672 aa  112  3e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.731886  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1567  cellulose synthase catalytic subunit (UDP-forming)  30.34 
 
 
834 aa  112  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.554043  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1738  glycosyl transferase family protein  29.21 
 
 
658 aa  112  4.0000000000000004e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0016739  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1133  cellulose synthase (UDP-forming)  29.51 
 
 
672 aa  111  5e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0362124  normal  0.973174 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2151  cellulose synthase (UDP-forming)  29.54 
 
 
737 aa  110  8.000000000000001e-23  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.242321 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1312  cellulose synthase catalytic subunit (UDP-forming)  30 
 
 
822 aa  110  1e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.779544  normal  0.794607 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0275  cellulose synthase catalytic subunit (UDP-forming)  32.03 
 
 
794 aa  110  1e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4799  cellulose synthase catalytic subunit (UDP-forming)  31.64 
 
 
930 aa  110  1e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.105872 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0340  cell wall biosynthesis glycosyltransferase-like protein  24.57 
 
 
503 aa  110  1e-22  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  decreased coverage  0.00114469  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3509  cellulose synthase (UDP-forming)  27.65 
 
 
666 aa  109  2e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.901561  normal  0.396718 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6620  glycosyl transferase family 2  26.54 
 
 
508 aa  109  2e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0107  cellulose synthase catalytic subunit (UDP-forming)  30.86 
 
 
811 aa  108  3e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.885965 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4805  cellulose synthase catalytic subunit (UDP-forming)  31.25 
 
 
804 aa  108  3e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.254969  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2898  cell wall biosynthesis glycosyltransferase  28.2 
 
 
505 aa  108  4e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3398  Cellulose synthase (UDP-forming)  27.06 
 
 
768 aa  108  4e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.874799  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5208  cellulose synthase (UDP-forming)  29.96 
 
 
726 aa  108  5e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.823689  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2745  putative inner membrane glycosyl transferase  28.2 
 
 
520 aa  108  5e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  unclonable  0.00354883  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0095  glycosyl transferase family 2  25.92 
 
 
494 aa  108  6e-22  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.176574  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3741  cellulose synthase catalytic subunit (UDP-forming)  30.48 
 
 
810 aa  107  9e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1129  putative inner membrane glycosyltransferase  28.46 
 
 
662 aa  107  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0230  Cellulose synthase (UDP-forming)  31.67 
 
 
586 aa  107  1e-21  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.634513  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4219  glycosyl transferase family protein  27.84 
 
 
659 aa  107  1e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0374  cellulose synthase (UDP-forming)  26.37 
 
 
661 aa  107  1e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1932  glycosyl transferase family 2  26.74 
 
 
1140 aa  106  2e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.273416  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1704  glycosyl transferase family protein  25 
 
 
514 aa  106  2e-21  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0466  cellulose synthase (UDP-forming)  29.66 
 
 
749 aa  106  2e-21  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.500609  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2031  glycosyl transferase family protein  27.76 
 
 
1140 aa  106  2e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.550572  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05410  glycosyltransferase  26.98 
 
 
490 aa  105  5e-21  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0342  glycosyl transferase, group 2 family protein, putative  28.35 
 
 
633 aa  105  5e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.270731  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0569  cellulose synthase (UDP-forming)  29.37 
 
 
758 aa  105  5e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0852  glycosyl transferase family protein  28.46 
 
 
520 aa  105  5e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1333  glycosyl transferase family protein  28.46 
 
 
520 aa  105  5e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5475  glycosyl transferase family protein  28.93 
 
 
509 aa  104  6e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>