298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2378 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_0126  TrkA-N domain protein  73.94 
 
 		 546 aa  814    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.379824  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2378  TrkA-N  100 
 
 		 575 aa  1160    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0498  TrkA-N  44.01 
 
 		 563 aa  463  1e-129  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.377674 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2071  TrkA-N  38.08 
 
 		 564 aa  427  1e-118  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0370371  normal  0.79514 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2004  TrkA-N domain protein  42 
 
 		 579 aa  424  1e-117  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.88767  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1436  TrkA-N domain protein  41.49 
 
 		 614 aa  417  9.999999999999999e-116  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2252  TrkA-N domain protein  40.53 
 
 		 607 aa  390  1e-107  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000542956  normal  0.119281 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2528  TrkA domain-containing protein  40.04 
 
 		 583 aa  391  1e-107  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2358  TrkA domain-containing protein  36.96 
 
 		 564 aa  389  1e-107  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2287  TrkA domain-containing protein  37.7 
 
 		 564 aa  373  1e-102  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03220  K+ transport system, NAD-binding component  34.38 
 
 		 650 aa  325  2e-87  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0076  TrkA-N domain protein  30.98 
 
 		 562 aa  289  9e-77  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2079  TrkA-N domain protein  26.96 
 
 		 371 aa  102  2e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1528  TrkA domain-containing protein  27.6 
 
 		 347 aa  102  3e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.857437  normal  0.417483 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0875  TrkA-N domain protein  26.32 
 
 		 350 aa  98.6  3e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4160  TrkA domain-containing protein  25.76 
 
 		 351 aa  98.2  4e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3127  K+ transport systems, NAD-binding component  26.15 
 
 		 337 aa  96.3  1e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0453  TrkA-N domain protein  27.56 
 
 		 346 aa  91.7  3e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3004  TrkA-N domain-containing protein  26.94 
 
 		 354 aa  91.3  4e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3909  TrkA domain-containing protein  26.95 
 
 		 355 aa  91.3  4e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0877338 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0303  response regulator receiver domain-containing protein  31.19 
 
 		 384 aa  91.3  5e-17  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3347  TrkA-N  27.59 
 
 		 352 aa  90.5  8e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.220422  normal  0.349567 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2971  TrkA domain-containing protein  23.68 
 
 		 350 aa  90.5  8e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3283  TrkA-N  28.37 
 
 		 332 aa  90.1  1e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.825743  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3877  TrkA-N domain protein  23.71 
 
 		 350 aa  89.4  2e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.705897 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3794  TrkA-N domain protein  23.71 
 
 		 350 aa  89  2e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.434274  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1045  TrkA domain-containing protein  27.38 
 
 		 350 aa  88.6  3e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.00000596347  hitchhiker  0.00364441 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5517  potassium uptake protein, TrkA family  24.91 
 
 		 330 aa  87.8  4e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3731  hypothetical protein  28.02 
 
 		 338 aa  88.2  4e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  0.00000000000159336  normal  0.309617 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0117  TrkA-N domain protein  33.33 
 
 		 345 aa  87.8  5e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5573  potassium uptake protein, TrkA family  25.78 
 
 		 330 aa  87.4  6e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5075  potassium channel protein  24.91 
 
 		 334 aa  87  8e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000793674  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5092  potassium channel protein  24.91 
 
 		 334 aa  87  8e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00108262  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5489  potassium uptake protein, TrkA family  25.78 
 
 		 330 aa  86.7  0.000000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5434  potassium uptake protein, TrkA family  26.25 
 
 		 337 aa  86.3  0.000000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5153  TrkA-N domain protein  27.8 
 
 		 355 aa  85.9  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000053583 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0063  TrkA family potassium uptake protein  24.24 
 
 		 351 aa  85.9  0.000000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2095  TrkA family potassium uptake protein  26.1 
 
 		 346 aa  85.5  0.000000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.188907  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3915  TrkA domain-containing protein  25.39 
 
 		 330 aa  85.9  0.000000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.557122  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2743  TrkA domain-containing protein  26 
 
 		 333 aa  85.9  0.000000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2680  TrkA domain-containing protein  26.42 
 
 		 397 aa  84.7  0.000000000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000721375  normal  0.421945 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5187  TrkA domain-containing protein  25.1 
 
 		 330 aa  84.3  0.000000000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1751  TrkA domain-containing protein  23.55 
 
 		 332 aa  84  0.000000000000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0451  TrkA domain-containing protein  23.51 
 
 		 336 aa  82.8  0.00000000000001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.278158  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2518  TrkA-N domain protein  27.84 
 
 		 362 aa  81.3  0.00000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1694  TrkA domain-containing protein  23.03 
 
 		 332 aa  80.5  0.00000000000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.249596  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1120  TrkA-N domain protein  31.08 
 
 		 335 aa  80.5  0.00000000000008  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000439413  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1634  TrkA domain-containing protein  23.15 
 
 		 339 aa  80.1  0.00000000000009  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.853014  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2566  TrkA-N  28.45 
 
 		 366 aa  80.5  0.00000000000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.353731  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5545  TrkA-N domain protein  26.67 
 
 		 341 aa  79.3  0.0000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.789205 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00100  potassium channel protein  25.19 
 
 		 335 aa  79.3  0.0000000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.377928  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08671  VIC family potassium channel protein  28.57 
 
 		 351 aa  79.3  0.0000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0368  TrkA-N domain protein  25.93 
 
 		 356 aa  78.6  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0361  TrkA-N domain protein  26.75 
 
 		 356 aa  78.6  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0556  TrkA domain-containing protein  20.73 
 
 		 346 aa  77.8  0.0000000000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0715  VIC family potassium channel protein  28.12 
 
 		 351 aa  76.6  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.4714  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0683  potassium channel protein  30.86 
 
 		 341 aa  76.6  0.000000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07711  VIC family potassium channel protein  28.12 
 
 		 351 aa  76.6  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.584573  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1590  TrkA-N domain protein  32.59 
 
 		 252 aa  75.9  0.000000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07731  VIC family potassium channel protein  28.12 
 
 		 351 aa  75.9  0.000000000002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0471  TrkA domain-containing protein  24.7 
 
 		 325 aa  75.1  0.000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1142  TrkA domain-containing protein  25.32 
 
 		 341 aa  73.6  0.000000000008  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2039  TrkA-N domain protein  30.41 
 
 		 350 aa  72.4  0.00000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0800  TrkA-N domain protein  24.43 
 
 		 331 aa  72.4  0.00000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.501698  normal  0.632091 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2212  TrkA domain-containing protein  26.41 
 
 		 347 aa  70.9  0.00000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.217414  normal  0.271729 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0064  TrkA-N domain protein  24.51 
 
 		 337 aa  70.9  0.00000000006  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1744  VIC family potassium channel protein  28.02 
 
 		 352 aa  70.5  0.00000000007  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2888  TrkA-N  27.27 
 
 		 357 aa  70.9  0.00000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1744  TrkA-N domain protein  25.54 
 
 		 368 aa  69.7  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.844821 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0618  VIC family potassium channel protein  27.24 
 
 		 351 aa  69.7  0.0000000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14401  K+ transport system, NAD-binding component  27.52 
 
 		 352 aa  70.1  0.0000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000716154 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2999  TrkA-N domain protein  28.44 
 
 		 388 aa  69.3  0.0000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1148  TrkA-N domain protein  33.11 
 
 		 614 aa  69.3  0.0000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.549431 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_06531  putative potassium channel, VIC family protein  30.82 
 
 		 359 aa  68.6  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0922  TrkA domain-containing protein  26.28 
 
 		 335 aa  67.8  0.0000000005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3105  TrkA-N  33.87 
 
 		 683 aa  67.4  0.0000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.716552 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1743  TrkA-N domain protein  31.39 
 
 		 256 aa  67  0.0000000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.589845 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1520  TrkA domain-containing protein  25.87 
 
 		 324 aa  67  0.000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.639077  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2939  TrkA-N  28.37 
 
 		 749 aa  65.9  0.000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0858519 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1323  TrkA-N domain protein  28.49 
 
 		 346 aa  65.9  0.000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1256  TrkA-N domain protein  25.96 
 
 		 350 aa  65.9  0.000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.430368  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1654  TrkA domain-containing protein  25.09 
 
 		 335 aa  65.5  0.000000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.190782  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1138  TrkA-N domain protein  23.79 
 
 		 366 aa  64.7  0.000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.576747  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3680  TrkA domain-containing protein  24.61 
 
 		 509 aa  63.2  0.00000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3336  TrkA domain-containing protein  32.35 
 
 		 359 aa  62.4  0.00000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.819763  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2168  TrkA-N domain protein  27.75 
 
 		 531 aa  62.4  0.00000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1024  TrkA domain-containing protein  25.91 
 
 		 335 aa  61.6  0.00000004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.282206 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1754  hypothetical protein  31.29 
 
 		 227 aa  61.6  0.00000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0169137  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3372  TrkA-N domain protein  28.26 
 
 		 251 aa  61.6  0.00000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0161  TrkA domain-containing protein  30.52 
 
 		 568 aa  61.6  0.00000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.000200021  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2769  TrkA-N domain protein  38.38 
 
 		 565 aa  61.2  0.00000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2794  TrkA-N domain protein  25.33 
 
 		 568 aa  60.5  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3306  TrkA-N domain protein  25.33 
 
 		 568 aa  60.1  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.484589 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1881  TrkA-N  31.48 
 
 		 498 aa  59.7  0.0000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11690  TrkA-N domain protein  28.95 
 
 		 215 aa  58.9  0.0000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00343321  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0403  VIC family potassium channel protein  26.51 
 
 		 346 aa  58.9  0.0000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.133961  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3499  TrkA-N domain protein  22.91 
 
 		 356 aa  59.7  0.0000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0133106  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1529  TrkA-N domain protein  25.35 
 
 		 395 aa  59.3  0.0000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.479554  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_10941  hypothetical protein  26.51 
 
 		 346 aa  58.5  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00275534 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0397  TrkA domain-containing protein  32.12 
 
 		 500 aa  58.2  0.0000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.377542  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>