105 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2323 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2323  tricarballylate dehydrogenase  100 
 
 		 432 aa  858    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2383  tricarballylate dehydrogenase  71.3 
 
 		 434 aa  570  1e-161  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.401613  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3175  tricarballylate dehydrogenase  64.43 
 
 		 441 aa  508  1e-143  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1893  tricarballylate dehydrogenase  59.38 
 
 		 457 aa  479  1e-134  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.291034  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8556  tricarballylate dehydrogenase  43.24 
 
 		 462 aa  337  2.9999999999999997e-91  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.819008  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2722  tricarballylate dehydrogenase  41.91 
 
 		 468 aa  331  1e-89  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2274  tricarballylate dehydrogenase  42.35 
 
 		 465 aa  327  2.0000000000000001e-88  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.579032  normal  0.274442 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3133  tricarballylate dehydrogenase  39.04 
 
 		 476 aa  312  5.999999999999999e-84  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.615879  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2502  tricarballylate dehydrogenase  39.91 
 
 		 472 aa  309  5e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.927489  normal  0.370831 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4210  tricarballylate dehydrogenase  39.13 
 
 		 477 aa  303  3.0000000000000004e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6017  tricarballylate dehydrogenase  40.31 
 
 		 469 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.652214 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0750  tricarballylate dehydrogenase  38.6 
 
 		 467 aa  301  1e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0900786  normal  0.301353 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0811  tricarballylate dehydrogenase  38.6 
 
 		 467 aa  301  1e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.329314  normal  0.994664 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0847  tricarballylate dehydrogenase  38.6 
 
 		 467 aa  301  1e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.530072  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0738  tricarballylate dehydrogenase  38.6 
 
 		 467 aa  301  1e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0182155  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0798  tricarballylate dehydrogenase  38.38 
 
 		 467 aa  301  2e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.808469  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6301  tricarballylate dehydrogenase  39.69 
 
 		 468 aa  300  3e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5148  tricarballylate dehydrogenase  38.93 
 
 		 469 aa  298  1e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.226548  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3488  tricarballylate dehydrogenase  38.85 
 
 		 486 aa  297  2e-79  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2086  tricarballylate dehydrogenase  39.17 
 
 		 471 aa  298  2e-79  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.32911  normal  0.0400814 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0639  tricarballylate dehydrogenase  39.39 
 
 		 479 aa  296  4e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6134  tricarballylate dehydrogenase  38.6 
 
 		 469 aa  295  8e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5626  tricarballylate dehydrogenase  39.25 
 
 		 469 aa  295  8e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2986  tricarballylate dehydrogenase  44 
 
 		 477 aa  293  5e-78  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.0071938  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3815  tricarballylate dehydrogenase  39.39 
 
 		 469 aa  292  8e-78  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.990462 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0794  tricarballylate dehydrogenase  39.01 
 
 		 474 aa  292  9e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5878  tricarballylate dehydrogenase  38.38 
 
 		 469 aa  289  6e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4211  tricarballylate dehydrogenase  39.82 
 
 		 470 aa  286  5e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.287239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3858  tricarballylate dehydrogenase  39.05 
 
 		 474 aa  286  5e-76  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000815395 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3415  tricarballylate dehydrogenase  38.94 
 
 		 479 aa  285  1.0000000000000001e-75  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4070  tricarballylate dehydrogenase  38.5 
 
 		 479 aa  283  6.000000000000001e-75  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1064  tricarballylate dehydrogenase  27 
 
 		 505 aa  140  4.999999999999999e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3056  tricarballylate dehydrogenase  29.03 
 
 		 482 aa  132  1.0000000000000001e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2834  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  29.11 
 
 		 488 aa  131  3e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02608  conserved hypothetical protein  25.75 
 
 		 508 aa  124  3e-27  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.262389 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0283  tricarballylate dehydrogenase  26.62 
 
 		 493 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1003  putative succinate dehydrogenase/fumarate reductase, flavoprotein subunit  28.24 
 
 		 485 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.415422  normal  0.433093 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3133  tricarballylate dehydrogenase  27.29 
 
 		 524 aa  109  9.000000000000001e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.262589  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06133  conserved hypothetical protein  26.07 
 
 		 530 aa  84.7  0.000000000000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0200  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  27.25 
 
 		 488 aa  84.7  0.000000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5093  tricarballylate dehydrogenase  27.27 
 
 		 498 aa  80.5  0.00000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00496959 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3541  flavocytochrome c  25.45 
 
 		 589 aa  77  0.0000000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000144139  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6400  tricarballylate dehydrogenase  27.44 
 
 		 502 aa  75.9  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.479436  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2808  tricarballylate dehydrogenase  24.64 
 
 		 503 aa  68.6  0.0000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4036  flavocytochrome c  25.11 
 
 		 598 aa  68.9  0.0000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1226  fumarate reductase flavoprotein subunit  22.77 
 
 		 502 aa  67.8  0.0000000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.00121043  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4127  flavocytochrome c  25.32 
 
 		 598 aa  67.8  0.0000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.431024 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3597  flavocytochrome c  25.28 
 
 		 591 aa  67  0.0000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3582  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  25.39 
 
 		 492 aa  64.3  0.000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.381566 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_04200  succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein subunit  23.09 
 
 		 481 aa  63.5  0.000000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.906237  normal  0.517886 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0208  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  23.13 
 
 		 534 aa  63.2  0.000000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000177  normal  0.616185 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0138  flavocytochrome c  23.25 
 
 		 608 aa  60.5  0.00000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000254788  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0325  3-ketosteroid-delta-1-dehydrogenase  28.64 
 
 		 550 aa  60.5  0.00000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.681292  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2466  flavocytochrome c  22.2 
 
 		 599 aa  58.5  0.0000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3625  flavocytochrome c  24.95 
 
 		 596 aa  58.9  0.0000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1095  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  26.2 
 
 		 482 aa  58.2  0.0000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1445  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  24.14 
 
 		 493 aa  57  0.0000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000784469 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2675  hypothetical protein  29.66 
 
 		 528 aa  55.1  0.000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0187257  normal  0.0233154 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2529  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  26.73 
 
 		 560 aa  54.7  0.000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0694  fumarate reductase, flavoprotein subunit precursor  24.79 
 
 		 584 aa  54.3  0.000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1530  flavocytochrome c  22.93 
 
 		 464 aa  53.5  0.000008  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000593943  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4061  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  24.12 
 
 		 476 aa  52.8  0.00001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0049  fumarate reductase flavoprotein subunit  23.92 
 
 		 616 aa  51.6  0.00002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00375543  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0098  fumarate reductase, flavoprotein subunit  22.55 
 
 		 465 aa  52  0.00002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0203  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  24.87 
 
 		 470 aa  52  0.00002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3782  FMN-binding domain protein  20.68 
 
 		 715 aa  52.4  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00440346  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2741  flavocytochrome c  22.22 
 
 		 637 aa  52  0.00002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0768  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  26.62 
 
 		 550 aa  51.2  0.00003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6873  3-ketosteroid-delta-1-dehydrogenase  26.89 
 
 		 569 aa  51.2  0.00003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.901911  normal  0.6243 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0378  flavocytochrome c  22.67 
 
 		 591 aa  51.6  0.00003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000382997  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0913  flavocytochrome c  24.42 
 
 		 483 aa  50.8  0.00005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.387235  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3488  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  22.4 
 
 		 491 aa  49.7  0.00009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11650  flavocytochrome c  27.87 
 
 		 504 aa  48.5  0.0002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1421  fumarate reductase flavoprotein subunit  24.49 
 
 		 589 aa  48.5  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0722  flavocytochrome c  23.78 
 
 		 596 aa  48.1  0.0003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4718  3-ketosteroid-delta-1-dehydrogenase  28.25 
 
 		 564 aa  48.5  0.0003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.329428 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3818  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  23.16 
 
 		 545 aa  48.1  0.0003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0669548  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3768  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein-like  30.12 
 
 		 460 aa  47.8  0.0004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3387  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  21.61 
 
 		 557 aa  47.8  0.0004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3846  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  27.04 
 
 		 486 aa  47.8  0.0004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_10064  predicted protein  29.53 
 
 		 561 aa  47  0.0006  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.14351 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3690  flavocytochrome c  24.05 
 
 		 583 aa  46.6  0.0008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3411  hypothetical protein  24.08 
 
 		 500 aa  46.6  0.0008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0735026  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3320  3-ketosteroid-delta-1-dehydrogenase  27.03 
 
 		 564 aa  46.6  0.0008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2586  flavocytochrome c  22.08 
 
 		 588 aa  45.8  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.110511  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0344  flavocytochrome c flavin subunit, putative  23.56 
 
 		 519 aa  46.6  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.892888 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3776  flavocytochrome c  23.16 
 
 		 596 aa  45.8  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00235124 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2381  NADH:flavin oxidoreductase/fumarate reductase, flavoprotein subunit, putative  23.18 
 
 		 1005 aa  45.4  0.002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3058  flavocytochrome c flavin subunit, putative  33.02 
 
 		 517 aa  45.8  0.002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2856  hypothetical protein  22.41 
 
 		 493 aa  45.4  0.002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2900  hypothetical protein  22.41 
 
 		 493 aa  45.4  0.002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2887  hypothetical protein  22.2 
 
 		 658 aa  45.8  0.002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11847  hypothetical protein  24.21 
 
 		 487 aa  44.7  0.003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  9.81807e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4092  hypothetical protein  29.81 
 
 		 582 aa  44.7  0.003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.0167446 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1005  hypothetical protein  30.09 
 
 		 555 aa  44.3  0.004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0143655 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3368  flavocytochrome c  30.48 
 
 		 519 aa  44.3  0.004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4550  hypothetical protein  25.65 
 
 		 482 aa  43.9  0.005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.288577 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2894  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  23.89 
 
 		 529 aa  43.9  0.005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0165292  hitchhiker  0.000448653 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0316  hypothetical protein  25.52 
 
 		 487 aa  43.9  0.006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.719492  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0326  hypothetical protein  25.52 
 
 		 487 aa  43.9  0.006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.173098 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>