More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2289 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_2289  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  100 
 
 
542 aa  1102    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.121386  normal  0.561686 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3223  UvrD/REP helicase  30.04 
 
 
591 aa  143  9e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2573  hypothetical protein  30.18 
 
 
260 aa  87.8  5e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.0000474072  normal  0.0702383 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0765  UvrD/REP helicase  21.7 
 
 
669 aa  81.6  0.00000000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  unclonable  0.0000586014  normal  0.102674 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3271  UvrD/REP helicase  28.52 
 
 
607 aa  74.3  0.000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1056  ATP-dependent DNA helicase  26.94 
 
 
687 aa  68.9  0.0000000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0776  UvrD/REP helicase  28.32 
 
 
1143 aa  68.9  0.0000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.240899 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0683  UvrD/REP helicase  24.28 
 
 
669 aa  68.2  0.0000000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1021  UvrD/REP helicase  24.72 
 
 
783 aa  67.4  0.0000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.751613  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03230  DNA-dependent helicase II  28.06 
 
 
728 aa  66.2  0.000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0080  DNA helicase II  29.25 
 
 
721 aa  66.2  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0096  UvrD/REP helicase  29.8 
 
 
735 aa  66.6  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.60003  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3457  UvrD/REP helicase  40.96 
 
 
700 aa  66.2  0.000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5065  DNA-dependent helicase II  27.03 
 
 
727 aa  65.1  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2335  ATP-dependent DNA helicase UvrD  32.76 
 
 
745 aa  64.7  0.000000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000479464  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1806  DNA-dependent helicase II  26.46 
 
 
721 aa  64.7  0.000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1807  DNA-dependent helicase II  26.46 
 
 
721 aa  64.7  0.000000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0546  ATP-dependent DNA helicase UvrD  24.65 
 
 
713 aa  64.7  0.000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0502  UvrD/REP helicase  28.35 
 
 
620 aa  64.3  0.000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1771  UvrD/REP helicase  28.63 
 
 
508 aa  64.3  0.000000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.734897  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3947  DNA-dependent helicase II  28.24 
 
 
730 aa  63.9  0.000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0849  UvrD/REP helicase  35.78 
 
 
845 aa  63.5  0.000000009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.462782  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3792  UvrD/REP helicase  26.53 
 
 
736 aa  63.5  0.000000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.976756  normal  0.84533 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5516  DNA helicase II  27.03 
 
 
727 aa  62.8  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1172  UvrD/REP helicase  36.21 
 
 
1128 aa  63.2  0.00000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0506148  normal  0.313669 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0254  UvrD/REP helicase  30.07 
 
 
742 aa  62.8  0.00000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.016007  decreased coverage  0.00234339 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0348  DNA helicase  25.1 
 
 
698 aa  63.2  0.00000001  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  decreased coverage  0.00900686  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002086  ATP-dependent DNA helicase UvrD/PcrA  32.2 
 
 
724 aa  62  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0453  UvrD/REP helicase  36.04 
 
 
681 aa  62.4  0.00000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.611277  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1723  ATP-dependent DNA helicase UvrD  25.1 
 
 
825 aa  62.4  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.410033 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2473  UvrD/REP helicase  36.67 
 
 
1162 aa  61.6  0.00000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.131096  hitchhiker  0.00644747 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3773  UvrD/REP helicase  24.08 
 
 
787 aa  62  0.00000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0813  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.38 
 
 
830 aa  61.6  0.00000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00156939  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2813  UvrD/REP helicase  29.33 
 
 
754 aa  62  0.00000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1916  ATP-dependent DNA helicase UvrD  26.22 
 
 
818 aa  62  0.00000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.28639  hitchhiker  0.00561083 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0283  UvrD/REP helicase  35.45 
 
 
725 aa  60.8  0.00000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.638383  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2052  UvrD/REP helicase  31.03 
 
 
726 aa  60.8  0.00000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.322566  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0716  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.68 
 
 
685 aa  60.8  0.00000005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf847  ATP-dependent DNA helicase  24.3 
 
 
726 aa  60.8  0.00000006  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  0.710587  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1808  UvrD/REP helicase  31.03 
 
 
725 aa  60.8  0.00000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2122  UvrD/REP helicase  31.03 
 
 
726 aa  60.8  0.00000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.370294  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0754  ATP-dependent DNA helicase Rep  25.17 
 
 
587 aa  60.8  0.00000006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.643559  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3295  UvrD/REP helicase  33.64 
 
 
717 aa  60.5  0.00000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.763792  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00351  DNA-dependent helicase II  31.58 
 
 
724 aa  60.5  0.00000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0577  ATP-dependent DNA helicase PcrA  21.87 
 
 
743 aa  60.5  0.00000008  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.893036  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0222  DNA-dependent helicase II  30.63 
 
 
734 aa  60.5  0.00000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.211627  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1007  UvrD/REP helicase  23.83 
 
 
738 aa  60.5  0.00000008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1037  DNA-dependent helicase II  26.09 
 
 
726 aa  60.5  0.00000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4513  DNA-dependent helicase II  27.91 
 
 
727 aa  60.5  0.00000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3374  ATP-dependent DNA helicase Rep  25.68 
 
 
671 aa  60.1  0.00000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.654782  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1516  UvrD/REP helicase  24.6 
 
 
688 aa  60.5  0.00000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.200062  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0583  ATP-dependent DNA helicase Rep  24.34 
 
 
677 aa  59.7  0.0000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0572  UvrD/REP helicase  24.34 
 
 
677 aa  59.7  0.0000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2677  UvrD/REP helicase  25.93 
 
 
826 aa  59.7  0.0000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0317  UvrD/REP helicase  31.87 
 
 
1032 aa  59.7  0.0000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.907606  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2047  UvrD/REP helicase  26.46 
 
 
786 aa  59.7  0.0000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2355  UvrD/REP helicase  29.91 
 
 
724 aa  59.7  0.0000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000607129  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3746  UvrD/REP helicase  26.76 
 
 
730 aa  60.1  0.0000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2794  UvrD-like DNA helicase domain-containing protein  35.61 
 
 
1124 aa  59.7  0.0000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.370193 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1682  UvrD/REP helicase  23.39 
 
 
743 aa  59.7  0.0000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4584  UvrD/REP helicase  33.1 
 
 
1041 aa  60.1  0.0000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.446149  normal  0.423836 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1474  UvrD/REP helicase  25 
 
 
781 aa  59.7  0.0000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.517963 
 
 
-
 
NC_002936  DET1196  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.71 
 
 
738 aa  59.7  0.0000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1537  UvrD/REP helicase  24.79 
 
 
688 aa  58.9  0.0000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3520  UvrD/REP helicase  25.48 
 
 
671 aa  59.3  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1633  UvrD/REP helicase  22.56 
 
 
681 aa  59.3  0.0000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0794  UvrD/REP helicase  24.41 
 
 
735 aa  58.9  0.0000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4232  UvrD/REP helicase  32.74 
 
 
674 aa  59.3  0.0000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1590  UvrD/REP helicase  25.88 
 
 
790 aa  59.3  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5331  UvrD/REP helicase  29.34 
 
 
822 aa  59.3  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5487  putative ATP-dependent DNA helicase Rep  28.12 
 
 
591 aa  58.9  0.0000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0127  DNA helicase II  25 
 
 
646 aa  58.9  0.0000002  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.889231  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3324  ATP-dependent DNA helicase UvrD  25.93 
 
 
816 aa  59.3  0.0000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0235629 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3456  UvrD/REP helicase  25.48 
 
 
671 aa  59.3  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0930  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.62 
 
 
837 aa  59.3  0.0000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_979  UvrD/REP helicase  24.71 
 
 
738 aa  59.3  0.0000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2440  UvrD/REP helicase  25.31 
 
 
786 aa  58.5  0.0000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.605331  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0715  UvrD/REP helicase  30.72 
 
 
690 aa  58.2  0.0000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0599  DNA-dependent helicase II  26.32 
 
 
717 aa  58.5  0.0000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3142  UvrD/REP helicase  27.73 
 
 
687 aa  58.5  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.345803  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1845  UvrD/REP helicase  25.89 
 
 
620 aa  58.5  0.0000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0780  UvrD/REP helicase  33.33 
 
 
1192 aa  58.5  0.0000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.15427  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1443  superfamily I DNA/RNA helicase  36.59 
 
 
920 aa  58.2  0.0000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  unclonable  0.000000114812  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3335  UvrD/REP helicase  31.82 
 
 
694 aa  58.5  0.0000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.667259 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0745  UvrD/REP helicase  31.03 
 
 
655 aa  58.9  0.0000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00200  DNA helicase II  26.89 
 
 
723 aa  58.2  0.0000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.105669  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2235  DNA helicase II protein  25.31 
 
 
829 aa  58.2  0.0000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2924  UvrD/REP helicase  32.8 
 
 
778 aa  58.2  0.0000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1108  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.55 
 
 
686 aa  58.2  0.0000004  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4241  UvrD/REP helicase  32.14 
 
 
907 aa  58.2  0.0000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  unclonable  0.000000000158675 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00520  DNA-dependent helicase II  26.54 
 
 
726 aa  58.2  0.0000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.851543  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1930  UvrD/REP helicase  27.37 
 
 
1082 aa  58.2  0.0000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00120508  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1142  ATP-dependent DNA helicase UvrD  26.77 
 
 
788 aa  58.2  0.0000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.140222 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1416  putative ATP-dependent DNA helicase PcrA  21.83 
 
 
664 aa  58.2  0.0000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2070  UvrD/REP helicase  31.36 
 
 
789 aa  58.2  0.0000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.535098  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1171  UvrD/REP helicase  37.5 
 
 
1132 aa  58.2  0.0000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5644  DNA-dependent helicase II  26.67 
 
 
727 aa  57.8  0.0000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_3023  UvrD/REP helicase  34.71 
 
 
706 aa  57.8  0.0000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2187  ATP-dependent DNA helicase Rep  29.55 
 
 
662 aa  57.8  0.0000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.285249  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10008  putative helicase  30.51 
 
 
773 aa  57.8  0.0000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>