41 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1994 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_1994  hypothetical protein  100 
 
 
544 aa  1080    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2123  hypothetical protein  71.19 
 
 
455 aa  459  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.140853  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3457  hypothetical protein  52.11 
 
 
611 aa  211  3e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.801555  normal  0.385071 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4981  hypothetical protein  52.61 
 
 
418 aa  200  7e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000575205 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1182  hypothetical protein  46.79 
 
 
640 aa  192  2e-47  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.964915  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2767  hypothetical protein  46.78 
 
 
455 aa  188  3e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1427  hypothetical protein  46.46 
 
 
476 aa  186  1.0000000000000001e-45  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2598  hypothetical protein  48.13 
 
 
554 aa  184  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3078  hypothetical protein  47.09 
 
 
358 aa  183  7e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.183188 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0512  hypothetical protein  46.08 
 
 
278 aa  176  7e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0509  hypothetical protein  46.54 
 
 
278 aa  176  7e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6575  hypothetical protein  49 
 
 
555 aa  176  9.999999999999999e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.576123  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7311  hypothetical protein  49 
 
 
555 aa  176  9.999999999999999e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2013  hypothetical protein  49 
 
 
555 aa  175  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1691  hypothetical protein  46.3 
 
 
360 aa  168  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.10741  normal  0.517365 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1413  hypothetical protein  46.51 
 
 
360 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.328656  normal  0.0564528 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1417  hypothetical protein  46.05 
 
 
360 aa  166  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.237583  normal  0.104082 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1825  hypothetical protein  48.83 
 
 
608 aa  164  3e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.949516  normal  0.422245 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4297  hypothetical protein  46 
 
 
555 aa  164  3e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3522  hypothetical protein  47.74 
 
 
336 aa  164  3e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.136391  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3921  hypothetical protein  44.08 
 
 
433 aa  154  5e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4090  hypothetical protein  44.55 
 
 
433 aa  152  1e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.150292 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0791  hypothetical protein  38.25 
 
 
232 aa  126  9e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.749366 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3719  IS66 Orf2 family protein  51.43 
 
 
423 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0920  hypothetical protein  47.22 
 
 
238 aa  107  4e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0269  hypothetical protein  49.54 
 
 
117 aa  102  2e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3172  hypothetical protein  53.27 
 
 
233 aa  95.1  3e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0267646 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3627  hypothetical protein  34.88 
 
 
246 aa  94.7  4e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1989  hypothetical protein  46.23 
 
 
150 aa  92  3e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  hitchhiker  0.0000737355  normal  0.0314361 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2162  hypothetical protein  40.91 
 
 
235 aa  90.5  7e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.683012 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1647  hypothetical protein  48.15 
 
 
235 aa  85.9  0.000000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.816874 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3133  hypothetical protein  43.27 
 
 
152 aa  84.3  0.000000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0163555  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1121  hypothetical protein  46 
 
 
243 aa  83.6  0.000000000000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.666751  normal  0.104737 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2886  hypothetical protein  51.81 
 
 
240 aa  81.6  0.00000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0470567  normal  0.128421 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3727  hypothetical protein  41.44 
 
 
135 aa  72.4  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.464181  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3059  hypothetical protein  43.16 
 
 
307 aa  70.9  0.00000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1095  hypothetical protein  42.37 
 
 
341 aa  55.8  0.000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2297  phage-related tail fibre protein-like protein  40.62 
 
 
525 aa  53.9  0.000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.364157  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0745  hypothetical protein  27.27 
 
 
118 aa  53.1  0.00001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0294492  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0324  hypothetical protein  25.45 
 
 
117 aa  50.1  0.0001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  decreased coverage  0.00000000426021  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2380  Phage-related tail fibre protein-like  30.77 
 
 
590 aa  48.5  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.335162  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>