More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1890 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_1890  ABC transporter related  100 
 
 		 239 aa  471  1e-132  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.865524  normal  0.522252 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3573  ABC transporter related  92.47 
 
 		 239 aa  434  1e-121  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.402201 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1993  ABC transporter related  91.21 
 
 		 239 aa  428  1e-119  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.535094  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7087  ABC transporter, ATP-binding protein  76.15 
 
 		 241 aa  369  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.657304 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3906  ABC transporter related  58.78 
 
 		 250 aa  282  4.0000000000000003e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1819  ABC transporter related  58.47 
 
 		 253 aa  278  5e-74  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0027  branched chain amino acid ABC transporter ATPase  59.17 
 
 		 254 aa  277  1e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3040  ABC transporter related  59.84 
 
 		 253 aa  276  2e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4631  ABC transporter related  60.52 
 
 		 241 aa  276  2e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.723682  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3274  branched chain amino acid ABC transporter ATPase  58.75 
 
 		 251 aa  275  4e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.760616  normal  0.258501 
 
 
-
 
NC_003296  RS01742  amino-acid composite ATP-binding transmembrane ABC transporter protein  57.32 
 
 		 247 aa  275  5e-73  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.823741  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1520  ABC transporter related  60.85 
 
 		 270 aa  275  5e-73  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.49035  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5330  ABC transporter related  61.04 
 
 		 251 aa  275  6e-73  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.240884  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2963  ABC transporter related  58.33 
 
 		 251 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0092  ABC transporter related  58.33 
 
 		 251 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0778  ABC transporter related  59.75 
 
 		 241 aa  273  2.0000000000000002e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.113362  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0109  ABC transporter related  58.33 
 
 		 251 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0575  ABC transporter related  58.16 
 
 		 248 aa  272  3e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4656  ABC transporter related  56.5 
 
 		 247 aa  272  3e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.114918 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4524  ABC transporter related  56.5 
 
 		 247 aa  272  3e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.180068  normal  0.792034 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0092  ABC transporter related  58.33 
 
 		 251 aa  272  4.0000000000000004e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.65269  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0093  ABC transporter related  57.02 
 
 		 252 aa  271  5.000000000000001e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.899173  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1507  ABC transporter related  57.63 
 
 		 243 aa  271  7e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0083  ABC transporter related  57.02 
 
 		 252 aa  271  8.000000000000001e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0988  ABC transporter-related protein  57.26 
 
 		 247 aa  271  9e-72  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2940  ABC transporter related  58.12 
 
 		 255 aa  271  9e-72  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0524506  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3361  ABC transporter related  56.1 
 
 		 247 aa  270  1e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.280372  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0909  ABC transporter related  59.41 
 
 		 248 aa  269  2e-71  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.179486  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0191  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  60 
 
 		 251 aa  269  2e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.148253  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3510  ABC transporter-related protein  57.32 
 
 		 247 aa  270  2e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.131724 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4057  hydrophobic amino acid ABC transporter ATP-binding protein  60 
 
 		 251 aa  269  2e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3321  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  60.08 
 
 		 252 aa  268  5.9999999999999995e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2943  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  59.58 
 
 		 251 aa  267  1e-70  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4099  ABC transporter related  58.47 
 
 		 251 aa  267  1e-70  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3002  hydrophobic amino acid ABC transporter ATP-binding protein  59.58 
 
 		 251 aa  267  1e-70  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3368  hydrophobic amino acid ABC transporter ATP-binding protein  59.58 
 
 		 251 aa  267  1e-70  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1600  hydrophobic amino acid ABC transporter ATP-binding protein  59.58 
 
 		 252 aa  267  1e-70  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.671798  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0803  ABC transporter related  56.22 
 
 		 252 aa  267  1e-70  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3983  hydrophobic amino acid ABC transporter ATP-binding protein  60 
 
 		 251 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0695  ABC transporter related  60.68 
 
 		 252 aa  265  4e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.321828  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3234  ABC transporter related  54.85 
 
 		 248 aa  263  1e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.171288  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0266  ABC transporter related  55.56 
 
 		 249 aa  263  1e-69  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.084852  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2319  ABC transporter related protein  57.2 
 
 		 249 aa  263  2e-69  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2426  ABC transporter-related protein  56.65 
 
 		 249 aa  262  4e-69  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3053  ABC transporter related protein  57.69 
 
 		 235 aa  259  4e-68  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2873  ABC transporter related  55.46 
 
 		 252 aa  257  9e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.296726  normal  0.770144 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3247  putative high-affinity branched-chain amino acid transport protein, ATP binding protein  56.96 
 
 		 231 aa  257  1e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.438057 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0998  branched chain amino acid ABC transporter ATPase  56.9 
 
 		 271 aa  256  3e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3890  ABC transporter related  55.74 
 
 		 255 aa  254  7e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.563961  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1227  ABC transporter related  56.54 
 
 		 243 aa  250  1e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1895  branched-chain amino acid ABC transporter ATPase  51.93 
 
 		 234 aa  249  2e-65  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.250393  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1325  ABC transporter-like protein  54.24 
 
 		 243 aa  249  3e-65  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0593111 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2042  ABC transporter related  53.36 
 
 		 247 aa  246  2e-64  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000858552 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1675  ABC transporter related  53.78 
 
 		 247 aa  246  2e-64  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2185  ABC transporter related protein  53.36 
 
 		 247 aa  246  3e-64  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1819  ABC transporter-related protein  52.94 
 
 		 247 aa  244  6e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1384  ABC transporter related  54.94 
 
 		 234 aa  244  8e-64  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1126  putative amino acid ATP-binding ABC transporter protein  53.85 
 
 		 237 aa  243  9.999999999999999e-64  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.577077  normal  0.0994747 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1730  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  52.1 
 
 		 247 aa  242  3.9999999999999997e-63  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1127  ABC transporter related  53.85 
 
 		 235 aa  242  3.9999999999999997e-63  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.674727  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20640  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, ATPase component  52.74 
 
 		 239 aa  242  3.9999999999999997e-63  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.171574  normal  0.883119 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0537  ABC transporter related  51.5 
 
 		 249 aa  239  2e-62  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.135709  unclonable  0.0000000163343 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3793  ABC transporter related  51.91 
 
 		 238 aa  240  2e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1865  ABC transporter related  52.52 
 
 		 247 aa  239  2e-62  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3204  ABC transporter related  52.52 
 
 		 237 aa  239  2.9999999999999997e-62  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3770  ABC transporter related protein  51.48 
 
 		 237 aa  239  2.9999999999999997e-62  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.160524  normal  0.0116376 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2931  ABC transporter related  51.07 
 
 		 237 aa  239  2.9999999999999997e-62  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2363  high-affinity branched chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  50.43 
 
 		 235 aa  239  4e-62  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2125  ABC transporter related  52.52 
 
 		 247 aa  239  4e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4073  ABC transporter related  52.99 
 
 		 243 aa  238  5e-62  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.131918 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1291  ABC transporter related  51.71 
 
 		 264 aa  238  5.999999999999999e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1724  ABC transporter related  52.99 
 
 		 235 aa  237  9e-62  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2552  branched-chain amino acid ABC transporter ATP-binding protein  52.36 
 
 		 234 aa  238  9e-62  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0356  ABC transporter related  54.51 
 
 		 242 aa  237  1e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.435146 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0356  ABC transporter related  51.93 
 
 		 240 aa  237  1e-61  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4922  ABC transporter related  52.16 
 
 		 233 aa  237  1e-61  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000104533  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2236  ABC transporter related  52.56 
 
 		 234 aa  237  1e-61  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0732075  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3532  ABC transporter related  50 
 
 		 236 aa  236  2e-61  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.10442  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0614  ABC transporter related  50.65 
 
 		 231 aa  236  2e-61  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2845  ABC transporter-related protein  51.48 
 
 		 253 aa  236  3e-61  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0734764  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3391  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  52.36 
 
 		 234 aa  235  4e-61  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0479  ABC transporter related protein  50.22 
 
 		 231 aa  235  4e-61  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000373417  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2102  ABC transporter related  51.28 
 
 		 265 aa  235  4e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0402  ABC-type branched-chain amino acid transport system, ATPase component  50.85 
 
 		 236 aa  235  6e-61  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0364  ABC transporter  50.43 
 
 		 437 aa  234  7e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0199162  unclonable  0.000000063148 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3205  ABC transporter related  51.49 
 
 		 239 aa  234  7e-61  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.689067  normal  0.429117 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0800  ABC transporter related  49.57 
 
 		 238 aa  234  8e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.595603 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3056  ABC transporter related  48.94 
 
 		 239 aa  234  8e-61  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0387789  hitchhiker  0.000278383 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0408  ABC transporter-like protein  53.65 
 
 		 237 aa  234  1.0000000000000001e-60  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.314132  normal  0.281925 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0788  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  49.57 
 
 		 238 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0992  hydrophobic amino acid ABC transporter ATP-binding protein  49.57 
 
 		 238 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.00134652  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4335  ABC transporter related  51.06 
 
 		 236 aa  233  2.0000000000000002e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.150909  normal  0.128098 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1261  ABC transporter related  50.64 
 
 		 235 aa  233  2.0000000000000002e-60  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1146  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  49.57 
 
 		 238 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.000313887  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1946  ABC transporter related protein  50 
 
 		 233 aa  233  2.0000000000000002e-60  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.987949  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0882  hydrophobic amino acid ABC transporter ATP-binding protein  49.57 
 
 		 238 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  unclonable  0.000000000000026853  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3361  ABC transporter related  51.5 
 
 		 242 aa  233  2.0000000000000002e-60  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.413712 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0266  hydrophobic amino acid ABC transporter ATP-binding protein  49.57 
 
 		 238 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  unclonable  0.0000000214299  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0986  hydrophobic amino acid ABC transporter ATP-binding protein  49.57 
 
 		 238 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.0000000350992  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2855  ABC transporter related protein  52.59 
 
 		 245 aa  233  2.0000000000000002e-60  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000134885  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>