More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1808 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_1808  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 233 aa  475  1e-133  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3651  TetR family transcriptional regulator  87.98 
 
 		 233 aa  407  1e-113  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.496262 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4298  transcriptional regulator, TetR family  78.11 
 
 		 233 aa  372  1e-102  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.530374  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1649  TetR family transcriptional regulator  73.39 
 
 		 233 aa  356  9.999999999999999e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.617035  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2285  TetR family transcriptional regulator  68.24 
 
 		 233 aa  322  3e-87  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.522027  normal  0.380806 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2701  TetR family transcriptional regulator  70.32 
 
 		 239 aa  320  9.999999999999999e-87  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2845  TetR family transcriptional regulator  65.67 
 
 		 233 aa  295  3e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3709  TetR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 221 aa  88.6  7e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0975739  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3702  TetR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 204 aa  85.5  6e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1971  transcriptional regulator, TetR family  55.36 
 
 		 196 aa  62.8  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2419  transcriptional regulator, TetR family  47.06 
 
 		 212 aa  60.8  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.47163  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2369  transcriptional regulator, TetR family  47.06 
 
 		 212 aa  60.8  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7816  transcriptional regulator, TetR family  29.77 
 
 		 216 aa  59.3  0.00000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1260  transcriptional regulator, TetR family  36.7 
 
 		 222 aa  58.9  0.00000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.194739 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5318  transcriptional regulator, TetR family  45.16 
 
 		 197 aa  58.5  0.00000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4369  TetR family transcriptional regulator  52 
 
 		 204 aa  57.8  0.0000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.645452 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0667  TetR family transcriptional regulator  37.66 
 
 		 200 aa  57.8  0.0000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000042492  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0740  TetR family transcriptional regulator  52 
 
 		 205 aa  57.4  0.0000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.891023  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1987  TetR family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 210 aa  57  0.0000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4481  transcriptional regulator, TetR family  36.63 
 
 		 216 aa  57.8  0.0000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.918639  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0994  transcriptional regulator, TetR family  40.58 
 
 		 271 aa  56.2  0.0000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2497  transcriptional regulator, TetR family  34.86 
 
 		 221 aa  56.2  0.0000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000693939 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4147  TetR family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 234 aa  55.8  0.0000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3312  transcriptional regulator UidR  46.43 
 
 		 198 aa  56.2  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2134  transcriptional regulator, TetR family  30.16 
 
 		 219 aa  55.5  0.0000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00399747  normal  0.0273951 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11503  transcriptional regulator  30.61 
 
 		 187 aa  55.5  0.0000007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.243571 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2256  TetR family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 207 aa  55.1  0.0000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0681818  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2775  TetR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 228 aa  55.1  0.0000009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0212844  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1164  TetR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 184 aa  54.7  0.000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000872016  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1052  TetR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 215 aa  55.1  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.857726  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1150  TetR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 222 aa  55.1  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2074  transcriptional regulator, TetR family  32.17 
 
 		 189 aa  54.7  0.000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.902771  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2448  TetR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 192 aa  54.7  0.000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2550  TetR family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 218 aa  55.1  0.000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.714249  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2493  TetR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 192 aa  54.7  0.000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.126348  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2595  TetR family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 218 aa  55.1  0.000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.470916  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2485  TetR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 192 aa  54.7  0.000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2589  TetR family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 218 aa  55.1  0.000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0467088  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1050  transcriptional regulator, TetR family  38.89 
 
 		 225 aa  53.9  0.000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.549541 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3293  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 190 aa  54.3  0.000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00124137 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4533  TetR family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 218 aa  53.9  0.000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.505005  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0850  TetR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 209 aa  53.9  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0204358 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3066  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 190 aa  54.3  0.000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.122558 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3501  TetR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 209 aa  54.3  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.191946  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5773  TetR family transcriptional regulator  47.27 
 
 		 198 aa  54.3  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4865  TetR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 209 aa  54.3  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6138  TetR family transcriptional regulator  47.27 
 
 		 198 aa  54.3  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.890581 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1419  TetR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 220 aa  53.1  0.000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0199  TetR family regulatory protein  28.93 
 
 		 214 aa  53.5  0.000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7672  TetR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 198 aa  53.1  0.000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.245363  normal  0.688993 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7736  putative transcriptional regulator, TetR family  31.07 
 
 		 205 aa  53.5  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.97147  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0050  TetR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 210 aa  53.5  0.000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2034  TetR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 216 aa  53.1  0.000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.480509  normal  0.0875613 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0931  transcriptional regulator, TetR family  35.38 
 
 		 215 aa  53.5  0.000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.588864  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1988  TetR family transcriptional regulator  48 
 
 		 208 aa  53.5  0.000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0109  TetR family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 207 aa  53.5  0.000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2710  transcriptional regulator, TetR family  31.58 
 
 		 218 aa  53.5  0.000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.448517  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5420  TetR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 202 aa  53.1  0.000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.66162  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0440  TetR family transcriptional regulator  38.39 
 
 		 207 aa  53.1  0.000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1665  transcriptional regulator, TetR family  44.62 
 
 		 223 aa  53.1  0.000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.117381  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0429  TetR family transcriptional regulator  51.02 
 
 		 213 aa  53.1  0.000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0148562 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1244  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 206 aa  52.8  0.000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0290  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 198 aa  52  0.000007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0919  TetR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 215 aa  52.4  0.000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.563199 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30200  transcriptional regulator, TetR family  34.38 
 
 		 231 aa  52  0.000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.296423  normal  0.124528 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1515  TetR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 213 aa  51.2  0.00001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0428  transcriptional regulator, TetR family  33.98 
 
 		 211 aa  51.6  0.00001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5494  transcriptional regulator, TetR family  50 
 
 		 141 aa  51.6  0.00001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.769028  normal  0.39499 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0412  TetR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 216 aa  51.2  0.00001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.742667  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0452  TetR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 212 aa  51.2  0.00001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.681881  decreased coverage  0.00000297509 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2248  TetR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 222 aa  51.6  0.00001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0660336  normal  0.0152181 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11350  transcriptional regulator  39.34 
 
 		 220 aa  51.6  0.00001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4247  TetR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 212 aa  51.2  0.00001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0639864  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0871  TetR family transcriptional regulator  48.94 
 
 		 202 aa  51.2  0.00001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3151  TetR family transcriptional regulator  48.94 
 
 		 202 aa  51.2  0.00001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06720  transcriptional regulator, TetR family  32.21 
 
 		 221 aa  51.6  0.00001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0710  transcriptional regulator, TetR family  41.67 
 
 		 248 aa  51.2  0.00001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3296  transcriptional regulator, TetR family  28.95 
 
 		 200 aa  51.6  0.00001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.791383 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2856  TetR family transcriptional regulator  49.12 
 
 		 194 aa  51.2  0.00001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.661308  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4333  TetR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 212 aa  51.2  0.00001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.771402  normal  0.443044 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1218  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 206 aa  51.2  0.00001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2089  transcriptional regulator, TetR family  45.76 
 
 		 220 aa  51.2  0.00001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0021127  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0395  regulatory protein TetR  33.98 
 
 		 211 aa  51.6  0.00001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.796791 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4626  TetR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 212 aa  51.2  0.00001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.734291 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0081  transcriptional regulator, TetR family  45.1 
 
 		 202 aa  50.4  0.00002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3666  TetR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 187 aa  50.8  0.00002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.356922  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4306  TetR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 202 aa  50.4  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.651969  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2292  transcriptional regulator, TetR family  32.14 
 
 		 186 aa  50.8  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.030142  hitchhiker  0.00610108 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13360  transcriptional regulator, TetR family  37.5 
 
 		 215 aa  50.8  0.00002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0417905  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0175  TetR family transcriptional regulator  22.58 
 
 		 232 aa  50.8  0.00002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000233696  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3127  TetR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 187 aa  50.4  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3212  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 223 aa  50.4  0.00002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.59703  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4876  transcriptional regulator, TetR family  41.41 
 
 		 209 aa  50.4  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.217727  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2400  regulatory protein TetR  31.19 
 
 		 198 aa  50.8  0.00002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.133792  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0483  TetR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 225 aa  50.4  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3252  TetR family transcriptional regulator  48.94 
 
 		 200 aa  50.8  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3503  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 200 aa  50.8  0.00002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4208  TetR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 213 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.826614 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4778  TetR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 217 aa  50.8  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8267  putative transcriptional regulator, TetR family  31.37 
 
 		 209 aa  50.8  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.124724 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>