56 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1701 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_1701  import inner membrane translocase, subunit Tim44  100 
 
 		 331 aa  657    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4404  import inner membrane translocase subunit Tim44  79.18 
 
 		 337 aa  423  1e-117  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.583271  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3768  import inner membrane translocase, subunit Tim44  87.24 
 
 		 338 aa  391  1e-107  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2567  import inner membrane translocase, subunit Tim44  62.42 
 
 		 312 aa  315  6e-85  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1526  import inner membrane translocase, subunit Tim44  68.15 
 
 		 332 aa  310  2e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.496585  normal  0.854494 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2165  hypothetical protein  60.91 
 
 		 312 aa  303  2.0000000000000002e-81  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.810394 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5490  hypothetical protein  59.47 
 
 		 325 aa  281  1e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.255501  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0334  import inner membrane translocase subunit Tim44  43.9 
 
 		 321 aa  178  1e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.602198  normal  0.137155 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2211  import inner membrane translocase subunit Tim44  48.17 
 
 		 318 aa  177  2e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.895169  normal  0.192893 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2207  import inner membrane translocase subunit Tim44  47.13 
 
 		 329 aa  173  3.9999999999999995e-42  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5842  import inner membrane translocase subunit Tim44  48.59 
 
 		 318 aa  170  3e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2529  import inner membrane translocase subunit Tim44  47.7 
 
 		 319 aa  166  5.9999999999999996e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2254  import inner membrane translocase subunit Tim44  47.7 
 
 		 319 aa  166  5.9999999999999996e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.349216  normal  0.0696359 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6540  import inner membrane translocase subunit Tim44  39.94 
 
 		 332 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.398166  normal  0.199544 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6128  import inner membrane translocase subunit Tim44  40 
 
 		 331 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.418522  normal  0.280335 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0551  import inner membrane translocase subunit Tim44  56.64 
 
 		 324 aa  162  7e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0031829 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3268  import inner membrane translocase subunit Tim44  42.44 
 
 		 325 aa  158  1e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5103  import inner membrane translocase subunit Tim44  56.92 
 
 		 316 aa  151  1e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0178074 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1921  import inner membrane translocase subunit Tim44  37.01 
 
 		 348 aa  152  1e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.464054  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1269  hypothetical protein  38.05 
 
 		 342 aa  147  2.0000000000000003e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.753871  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3590  hypothetical protein  51.16 
 
 		 270 aa  136  6.0000000000000005e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.20856  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0311  import inner membrane translocase subunit Tim44  48.94 
 
 		 320 aa  134  3e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.470069  normal  0.0470868 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1858  import inner membrane translocase subunit Tim44  48.85 
 
 		 333 aa  129  5.0000000000000004e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.767036  normal  0.41098 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0901  import inner membrane translocase, subunit Tim44  28.92 
 
 		 314 aa  86.7  5e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000201824  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1927  import inner membrane translocase, subunit Tim44  36.8 
 
 		 322 aa  84.3  0.000000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000885618  normal  0.873638 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1788  import inner membrane translocase, subunit Tim44  27.23 
 
 		 341 aa  82  0.00000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.0000825798  normal  0.448103 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1284  import inner membrane translocase subunit Tim44  29.77 
 
 		 318 aa  82  0.00000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.45671e-16 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1091  putative lipoprotein  36.43 
 
 		 321 aa  81.6  0.00000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000494647  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3295  import inner membrane translocase, subunit Tim44  29.09 
 
 		 318 aa  80.1  0.00000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00081668  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3566  import inner membrane translocase, subunit Tim44  25.1 
 
 		 317 aa  77  0.0000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.00000000205074  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0785  import inner membrane translocase, subunit Tim44  30.69 
 
 		 314 aa  77  0.0000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0683467  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3250  import inner membrane translocase subunit Tim44  32.76 
 
 		 321 aa  70.9  0.00000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2938  import inner membrane translocase subunit Tim44  31.62 
 
 		 318 aa  69.3  0.00000000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000555932  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1010  import inner membrane translocase subunit Tim44  30.4 
 
 		 322 aa  67.8  0.0000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0482  import inner membrane translocase, subunit Tim44  34.68 
 
 		 331 aa  67.4  0.0000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.110353  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1898  import inner membrane translocase subunit Tim44  29.38 
 
 		 295 aa  67  0.0000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.859506  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0375  import inner membrane translocase subunit Tim44  32.02 
 
 		 331 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.473985 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2731  import inner membrane translocase, subunit Tim44  29.66 
 
 		 343 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.767216  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2758  import inner membrane translocase subunit Tim44  29.66 
 
 		 343 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.778073  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2119  import inner membrane translocase, subunit Tim44  29.66 
 
 		 343 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.434025  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0544  import inner membrane translocase subunit Tim44  24.24 
 
 		 295 aa  59.7  0.00000007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0214  import inner membrane translocase, subunit Tim44  24.8 
 
 		 306 aa  58.9  0.0000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.525387  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2861  import inner membrane translocase subunit Tim44  25.9 
 
 		 308 aa  55.5  0.000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2649  import inner membrane translocase subunit Tim44  29.18 
 
 		 344 aa  51.6  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.331938  normal  0.299083 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2096  hypothetical protein  25.81 
 
 		 318 aa  51.2  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0739383  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0554  Tim44-like domain-contain protein  26.47 
 
 		 340 aa  50.8  0.00003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2780  hypothetical protein  27.03 
 
 		 273 aa  50.8  0.00003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.300996 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2782  import inner membrane translocase, subunit Tim44  28.88 
 
 		 344 aa  50.8  0.00004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6058  putative transporter  28.79 
 
 		 344 aa  50.1  0.00005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5066  import inner membrane translocase, subunit Tim44  26.05 
 
 		 281 aa  49.7  0.00007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5646  import inner membrane translocase, subunit Tim44  24.23 
 
 		 292 aa  48.5  0.0001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0169336 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5517  hypothetical protein  25 
 
 		 280 aa  48.9  0.0001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1110  import inner membrane translocase subunit Tim44  25.83 
 
 		 298 aa  47.4  0.0003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.354142  normal  0.0303721 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0650  import inner membrane translocase subunit Tim44  30.68 
 
 		 330 aa  46.2  0.0008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.983868 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3047  import inner membrane translocase, subunit Tim44  25.57 
 
 		 272 aa  45.8  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72930  hypothetical protein  26.02 
 
 		 285 aa  43.5  0.005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>